聚合酶鏈式反應的常見問題：出現非特異性擴增帶：PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶 與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現，其原因：一是引物與靶序列不完全互補、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多有關。其次是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增。其對策有：必要時重新設計引 物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。序列間特異性聚合酶鏈反應放大簡單重復序列之間的區域，以產生擴增片段長度的獨特指紋。南京特殊樣本Real-time PCR網站

逆轉錄-聚合酶鏈反應的原理是：提取組織或細胞中的總RNA，以其中的mRNA作為模板，采用Oligo（dT）或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA。再以cDNA為模板進行PCR擴增，而獲得目的基因或檢測基因表達。完整RNA 的提取和純化，是進行RNA 方面的研究工作，如Nothern雜交、mRNA 分離、RT-PCR、定量PCR、cDNA合成及體外翻譯等的前提。所有ＲＮＡ的提取過程中都有五個關鍵點，即樣品細胞或組織的有效破碎；有效地使白復合體變性；對內源ＲＮＡ酶的有效抑制；有效地將ＲＮＡ從ＤＮＡ和蛋白混合物中分離；對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質的有效除去。但其中很關鍵的是抑制RNA酶活性。RNA 的提取目前階段主要可采用兩種途徑，提取總核酸，再用氯化鋰將RNA 沉淀出來；直接在酸性條件下抽提，酸性下DNA與蛋白質進入有機相而RNA 留在水相。種提取方法將導致小分子量RNA 的丟失，目前該方法的使用頻率已很低。南京特殊樣本Real-time PCR網站聚合酶鏈反應可用于產生突變基因，突變由科學家隨意選擇。

聚合酶鏈式反應準備：10×擴增緩沖液、4種dNTP混合物（終濃度）、引物（終濃度）、模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+（終濃度）、補加雙蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶以及Mg2+的加量（或濃度）可根據實驗調整，以上表格只提供大致參考值。PCR反應五要素：參加PCR反應的物質主要有五種即：引物(PCR引物為DN段，細胞內DNA復制的引物為一段RNA鏈）、酶、dNTP、模板和緩沖液（其中需要Mg2+）。引物有多種設計方法，由PCR在實驗中的目的決定，但基本原則相同。

聚合酶鏈反應也可以用作以下敏感試驗的一部分組織分型，對移植至關重要。截至2008年，甚至有人提議用聚合酶鏈反應檢測取代傳統的血型抗體檢測。許多形式的病癥涉及致病基因的改變。通過使用基于聚合酶鏈反應的測試來研究這些突變，醫治方案有時可以根據患者的不同而不同。聚合酶鏈反應可以早期診斷惡性疾病，如白血病和淋巴瘤，這是目前病癥研究中發展很快的，并且已經被常規使用。PCR檢測可以直接在基因組DNA樣品上進行，以檢測易位特異性惡性細胞，其靈敏度至少是其他方法的10，000倍。聚合酶鏈反應在醫學領域非常有用，因為它允許分離和擴增病癥抑制劑。例如，定量PCR可以用于量化和分析單細胞，以及識別DNA、mRNA和蛋白質的確認和組合。逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜，以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列。

聚合酶鏈式反應：因為PCR擴增了目的DNA區域，所以PCR可以用于分析極少量的樣品。這對于法醫檢定法，當時只有微量的DNA可作為證據。聚合酶鏈反應也可用于分析古代DNA那已經有數萬年的歷史了。這些基于聚合酶鏈反應的技術已經成功地應用于動物身上，例如四萬年前猛犸，以及人類DNA，應用范圍從分析埃及木乃伊識別一個俄羅斯沙皇和英國國王理查三世遺體的鑒定。定量聚合酶鏈反應或者實時聚合酶鏈反應不要與逆轉錄-聚合酶鏈反應方法混淆)允許估計樣品中存在的給定序列的量——這種技術通常用于定量確定基因表達的水平。定量PCR是一種已建立的DNA定量工具，用于測量每輪PCR擴增后DNA產物的積累。聚合酶鏈式反應（PCR）是一種用于放大擴增特定的DN段的分子生物學技術。南京特殊樣本Real-time PCR網站

嵌套聚合酶鏈反應：通過減少DNA非特異性擴增的背景，提高DNA擴增的特異性。南京特殊樣本Real-time PCR網站

聚合酶鏈式反應是80年代中期發展起來的體外核酸擴增技術。工具/原料：擴增緩沖液，四種dNTP，引物，模板DNA，Taq DNA聚合酶， Mg離子，蒸餾水。模板DNA的變性：模板DNA經加熱至93℃左右一定時間后，使模板DNA雙鏈或經PCR擴增形成的雙鏈DNA解離，使之成為單鏈，以便它與引物結合，為下輪反應作準備；模板DNA與引物的退火(復性)：模板DNA經加熱變性成單鏈后，溫度降至55℃左右，引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結合；引物的延伸：DNA模板--引物結合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP為反應原料，靶序列為模板，按堿基配對與半保留復制原理，合成一條新的與模板DNA 鏈互補的半保留復制鏈。重復循環變性--退火--延伸三過程，就可獲得更多的“半保留復制鏈”，而且這種新鏈又可成為下次循環的模板。南京特殊樣本Real-time PCR網站