聚合酶鏈式反應的常見問題：陰性：需注意的是有時忘加Taq酶或溴乙錠。引物：引物質量、引物的濃度、兩條引物的濃度是否對稱，是PCR失敗或擴增條帶不理想、容易彌散的常見原因。有些批號的引物合成質量有問題，兩條引物一條濃度高，一條濃度低，造成低效率的不對稱擴增，對策為：選定一個好的引物合成單位。引物的濃度不但要看OD值，更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳，一定要有引物條帶出現，而且兩引物帶的亮度應大體一致，如一條引物有條帶，一條引物無條帶，此時做PCR有可能失敗，應和引物合成單位協商解決。如一條引物亮度高，一條亮度低，在稀釋引物時要平衡其濃度。引物應高濃度小量分裝保存，防止多次凍融或長期放冰箱冷藏部分，導致引物變質降解失效。引物設計不合理，如引物長度不夠，引物之間形成二聚體等。序列間特異性聚合酶鏈反應放大簡單重復序列之間的區域，以產生擴增片段長度的獨特指紋。上海分子生物學Real-time PCR技術服務

基于聚合酶鏈反應的遺傳(或脫氧核糖核酸)指紋圖譜協議的發展已在法醫學中得到較廣應用：遺傳指紋以其辨別力的形式，可以從世界上所有人群中獨特地區分任何一個人。微小的DNA樣本可以從犯罪現場，和比較的從嫌疑人那里，或者從DNA資料庫早期的證據或罪犯。這些測試的簡單版本通常用于在刑事調查中快速排除嫌疑人。幾十年前的犯罪證據可以被檢驗，確認或免責很初被定罪的人。脫氧核糖核酸指紋中較小的區別有助于親子鑒定，在親子鑒定中，一個人和他的近親相匹配。可以測試未知人類遺骸的DNA，并與可能的父母、兄弟姐妹或兒童進行比較。類似的測試可以用來確認被收養(或)孩子的親生父母。新生兒的實際生父也可以被確認(或排除)。上海分子生物學Real-time PCR技術服務熱啟動聚合酶鏈式反應：一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴增的技術。

聚合酶鏈式反應的常見問題：Mg2+濃度：Mg2+離子濃度對PCR擴增效率影響很大，濃度過高可降低PCR擴增的特 異性，濃度過低則影響PCR擴增產量甚至使PCR擴增失敗而不出擴增條帶。反應體積的改變：通常進行PCR擴增采用的體積為20ul、30ul、50ul。或100ul，應用多 大體積進行PCR擴增，是根據科研和臨床檢測不同目的而設定，在做小體積如20ul 后，再做大體積時，一定要模索條件，否則容易失敗。物理原因：變性對PCR擴增來說相當重要，如變性溫度低，變性時間短，極有可能出現假陰性；退火溫度過低，可致非特異性擴增而降低特異性擴增效率退火溫度過高影響引物與模板的結合而降低PCR擴增效率。有時還有必要用標準的溫度計，檢測一下擴增儀或水溶鍋內的變性、退火和延伸溫度，這也是PCR失敗的原因之一。

聚合酶鏈反應：等位基因特異性聚合酶鏈反應:基于單核苷酸變異的診斷或克隆技術(snv不要與 SNPs 混淆)(患者的單堿基差異)。它需要事先知道DNA序列，包括等位基因之間的差異，并使用3’端包含SNV的引物(通常包含SNV周圍的堿基對緩沖液)。在模板和引物不匹配的情況下，嚴格條件下的PCR擴增效率要低得多，因此用單核苷酸多態性特異性引物成功擴增表明序列中存在特異性單核苷酸多態性。有關更多信息，請參見單核苷酸多態性基因分型。裝配聚合酶鏈反應或者聚合酶循環組件:通過對具有短重疊片段的長寡核苷酸池進行PCR來人工合成長DNA序列。寡核苷酸在有義和反義方向之間交替，重疊片段決定聚合酶鏈反應片段的順序，從而選擇性地產生很終的長DNA產物。聚合酶鏈式反應：模板的制備，PCR的模板可以是DNA，也可以是RNA。

逆轉錄-聚合酶鏈反應的原理是：提取組織或細胞中的總RNA，以其中的mRNA作為模板，采用Oligo（dT）或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成cDNA。再以cDNA為模板進行PCR擴增，而獲得目的基因或檢測基因表達。完整RNA 的提取和純化，是進行RNA 方面的研究工作，如Nothern雜交、mRNA 分離、RT-PCR、定量PCR、cDNA合成及體外翻譯等的前提。所有ＲＮＡ的提取過程中都有五個關鍵點，即樣品細胞或組織的有效破碎；有效地使白復合體變性；對內源ＲＮＡ酶的有效抑制；有效地將ＲＮＡ從ＤＮＡ和蛋白混合物中分離；對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質的有效除去。但其中很關鍵的是抑制RNA酶活性。RNA 的提取目前階段主要可采用兩種途徑，提取總核酸，再用氯化鋰將RNA 沉淀出來；直接在酸性條件下抽提，酸性下DNA與蛋白質進入有機相而RNA 留在水相。種提取方法將導致小分子量RNA 的丟失，目前該方法的使用頻率已很低。聚合酶鏈反應五要素：參加PCR反應的物質主要有五種即：引物、酶、dNTP、模板和緩沖液。上海分子生物學Real-time PCR技術服務

PCR的很大特點是能將微量的DNA大幅增加。上海分子生物學Real-time PCR技術服務

聚合酶鏈式反應的試驗污染：PCR擴增產物污染：這是PCR反應中很主要很常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大（一般為1013拷貝/ml），遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可形成假陽性。還有一種容易忽視，很可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染。在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及污染進樣的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。據計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。上海分子生物學Real-time PCR技術服務

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