截至2008年底，新疆維吾爾自治區(qū)轄2個地級市、7個地區(qū)、5個自治州，11個市轄區(qū)、19個縣級市、62個縣、6個自治縣，2個區(qū)公所、146個街道、229個鎮(zhèn)、582個鄉(xiāng)、43個民族鄉(xiāng)。

縣級以上行政區(qū)劃一覽
烏魯木齊市　　轄7個市轄區(qū)、1個縣。市政府駐天山區(qū)克拉瑪依東路1316號。
　天山區(qū)（幸福路街道）　　　　　　　沙依巴克區(qū)（揚子江路街道）　　　　新市區(qū)（北京路街道）
　水磨溝區(qū)（水磨溝街道）　　　　　　頭屯河區(qū)（火車西站街道）　　　　　達坂城區(qū)（達坂城鎮(zhèn)）
　米東區(qū)（古牧地鎮(zhèn)）
　烏魯木齊縣（烏魯木齊市水磨溝區(qū)）
克拉瑪依市　　轄4個市轄區(qū)。市政府駐克拉瑪依區(qū)天山路42號。
　獨山子區(qū)（西寧路街道）　　　　　　克拉瑪依區(qū)（昆侖路街道）　　　　　白堿灘區(qū)（中興路街道）
　烏爾禾區(qū)（柳樹街街道）
吐魯番地區(qū)　　轄1個縣級市、2個縣。地區(qū)行署駐吐魯番市柏孜克里克路4號。
　吐魯番市（老城路街道）
　鄯善縣（鄯善鎮(zhèn)）　　　　　　　　　托克遜縣（托克遜鎮(zhèn)）
哈密地區(qū)　　轄1個縣級市、1個縣、1個自治縣。地區(qū)行署駐哈密市建國南路28號。
　哈密市（東河區(qū)街道）
　巴里坤哈薩克自治縣（巴里坤鎮(zhèn)）　　伊吾縣（伊吾鎮(zhèn)）
昌吉回族自治州　　轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣。州政府駐昌吉市延安北路10號。
　昌吉市（延安北路街道）　　　　　　阜康市（博峰街道）
　呼圖壁縣（呼圖壁鎮(zhèn)）　　　　　　　瑪納斯縣（瑪納斯鎮(zhèn)）　　　　　　　奇臺縣（奇臺鎮(zhèn)）
　吉木薩爾縣（吉木薩爾鎮(zhèn)）　　　　　木壘哈薩克自治縣（木壘鎮(zhèn)）
博爾塔拉蒙古自治州　　轄1個縣級市、2個縣。州政府駐博樂市青得里大街201號。
　博樂市（青得里街道）
　精河縣（精河鎮(zhèn)）　　　　　　　　　溫泉縣（博格達爾鎮(zhèn)）
巴音郭楞蒙古自治州　　轄1個縣級市、7個縣、1個自治縣。州政府駐庫爾勒市巴音東路。
　庫爾勒市（薩依巴格街道）
　輪臺縣（輪臺鎮(zhèn)）　　　　　　　　　尉犁縣（尉犁鎮(zhèn)）　　　　　　　　　若羌縣（若羌鎮(zhèn)）
　且末縣（且末鎮(zhèn)）　　　　　　　　　焉耆回族自治縣（焉耆鎮(zhèn)）　　　　　和靜縣（和靜鎮(zhèn)）
　和碩縣（特吾里克鎮(zhèn)）　　　　　　　博湖縣（博湖鎮(zhèn)）
阿克蘇地區(qū)　　轄1個縣級市、8個縣。地區(qū)行署駐阿克蘇市西大街3號。
　阿克蘇市（英巴扎街道）
　溫宿縣（溫宿鎮(zhèn)）　　　　　　　　　庫車縣（庫車鎮(zhèn)）　　　　　　　　　沙雅縣（沙雅鎮(zhèn)）
　新和縣（新和鎮(zhèn)）　　　　　　　　　拜城縣（拜城鎮(zhèn)）　　　　　　　　　烏什縣（烏什鎮(zhèn)）
　阿瓦提縣（阿瓦提鎮(zhèn)）　柯坪縣（柯坪鎮(zhèn)）
克孜勒蘇柯爾克孜自治州　　轄1個縣級市、3個縣。州政府駐阿圖什市帕米爾西三院。
　阿圖什市（光明路街道）
　阿克陶縣（阿克陶鎮(zhèn)）　　　　　　　阿合奇縣（阿合奇鎮(zhèn)）　　　　　　　烏恰縣（烏恰鎮(zhèn)）
喀什地區(qū)　　轄1個縣級市、10個縣、1個自治縣。地區(qū)行署駐喀什市解放北路46號。
　喀什市（恰薩街道）
　疏附縣（托克扎克鎮(zhèn)）　　　　　　　疏勒縣（疏勒鎮(zhèn)）　　　　　　　　　英吉沙縣（英吉沙鎮(zhèn)）
　澤普縣（澤普鎮(zhèn)）　　　　　　　　　莎車縣（莎車鎮(zhèn)）　　　　　　　　　葉城縣（喀格勒克鎮(zhèn)）
　麥蓋提縣（麥蓋提鎮(zhèn)）　　　　　　　岳普湖縣（岳普湖鎮(zhèn)）　　　　　　　伽師縣（巴仁鎮(zhèn)）
　巴楚縣（巴楚鎮(zhèn)）　　　　　　　　　塔什庫爾干塔吉克自治縣（塔什庫爾干鎮(zhèn)）
和田地區(qū)　　轄1個縣級市、7個縣。地區(qū)行署駐和田市塔納依北路2號。
　和田市（努爾巴格街道）
　和田縣（和田市古江巴格街道）　　　墨玉縣（喀拉喀什鎮(zhèn)）　　　　　　　皮山縣（固瑪鎮(zhèn)）
　洛浦縣（洛浦鎮(zhèn)）　　　　　　　　　策勒縣（策勒鎮(zhèn)）　　　　　　　　　于田縣（木尕拉鎮(zhèn)）
　民豐縣（尼雅鎮(zhèn)）
伊犁哈薩克自治州　　轄2個地區(qū)；直轄2個縣級市、7個縣、1個自治縣。州政府駐伊寧市斯大林街60號。
　（自治州直轄）
　　伊寧市（艾蘭木巴格街道）　　　　奎屯市（團結街街道）
　　伊寧縣（吉里于孜鎮(zhèn)）　　　　　　察布查爾錫伯自治縣（察布查爾鎮(zhèn)）　霍城縣（水定鎮(zhèn)）
　　鞏留縣（鞏留鎮(zhèn)）　　　　　　　　新源縣（新源鎮(zhèn)）　　　　　　　　　昭蘇縣（昭蘇鎮(zhèn)）
　　特克斯縣（特克斯鎮(zhèn)）　　　　　　尼勒克縣（尼勒克鎮(zhèn)）
　塔城地區(qū)　　轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣。地區(qū)行署駐塔城市新華路169號。
　　塔城市（和平街道）　　　　　　　烏蘇市（虹橋街道）
　　額敏縣（額敏鎮(zhèn)）　　　　　　　　沙灣縣（三道河子鎮(zhèn)）　　　　　　　托里縣（托里鎮(zhèn)）
　　裕民縣（哈拉布拉鎮(zhèn)）　　　　　　和布克賽爾蒙古自治縣（和布克賽爾鎮(zhèn)）
　阿勒泰地區(qū)　　轄1個縣級市、6個縣。地區(qū)行署駐阿勒泰市解放路341號。
　　阿勒泰市（金山路街道）
　　布爾津縣（布爾津鎮(zhèn)）　　　　　　富蘊縣（庫額爾齊斯鎮(zhèn)）　　　　　　福海縣（福海鎮(zhèn)）
　　哈巴河縣（阿克齊鎮(zhèn)）　　　　　　青河縣（青河鎮(zhèn)）　　　　　　　　　吉木乃縣（托普鐵熱克鎮(zhèn)）
自治區(qū)直轄縣級行政區(qū)劃　　4個縣級市
　石河子市（紅山街道）　　　　　　　阿拉爾市（金銀川路街道）　　　　　圖木舒克市（齊干卻勒街道）
　五家渠市（人民路街道）

◎2008年6月30日，莎車縣撤銷所轄的7個區(qū)公所。