2006年，新疆維吾爾自治區轄2個地級市、7個地區、5個自治州；11個市轄區、20個縣級市、62個縣、6個自治縣。

縣級以上行政區劃一覽
烏魯木齊市　　轄7個市轄區、1個縣。市政府駐天山區克拉瑪依東路1316號。
　天山區　　　　　　　　沙依巴克區　　　　　　新市區　　　　　　　　水磨溝區　　　　　　　頭屯河區
　達坂城區（達坂城鎮）　東山區
　烏魯木齊縣（烏魯木齊市水磨溝區）
克拉瑪依市　　轄4個市轄區。市政府駐克拉瑪依區天山路42號。
　克拉瑪依區　　　　　　獨山子區　　　　　　　白堿灘區　　　　　　　烏爾禾區
直轄行政單位　　4個縣級市
　石河子市　　　　　　　阿拉爾市　　　　　　　圖木舒克市　　　　　　五家渠市
吐魯番地區　　轄1個縣級市、2個縣。地區行署駐吐魯番市柏孜克里克路4號。
　吐魯番市
　托克遜縣（托克遜鎮）　鄯善縣（鄯善鎮）
哈密地區　　轄1個縣級市、1個縣、1個自治縣。地區行署駐哈密市建國南路28號。
　哈密市
　伊吾縣（伊吾鎮）　　　巴里坤哈薩克自治縣（巴里坤鎮）
和田地區　　轄1個縣級市、7個縣。地區行署駐和田市塔納依北路2號。
　和田市
　和田縣　　　　　　　　洛浦縣（洛浦鎮）　　　民豐縣（尼雅鎮）　　　皮山縣（固瑪鎮）
　策勒縣（策勒鎮）　　　于田縣（木尕拉鎮）　　墨玉縣（喀拉喀什鎮）
阿克蘇地區　　轄1個縣級市、8個縣。地區行署駐阿克蘇市西大街3號。
　阿克蘇市
　溫宿縣（溫宿鎮）　　　沙雅縣（沙雅鎮）　　　拜城縣（拜城鎮）　　　阿瓦提縣（阿瓦提鎮）
　庫車縣（庫車鎮）　　　柯坪縣（柯坪鎮）　　　新和縣（新和鎮）　　　烏什縣（烏什鎮）
喀什地區　　轄1個縣級市、10個縣、1個自治縣。地區行署駐喀什市解放北路46號。
　喀什市
　巴楚縣（巴楚鎮）　　　澤普縣（澤普鎮）　　　伽師縣（巴仁鎮）　　　葉城縣（喀格勒克鎮）
　岳普湖縣（岳普湖鎮）　疏勒縣（疏勒鎮）　　　麥蓋提縣（麥蓋提鎮）　英吉沙縣（英吉沙鎮）
　莎車縣（莎車鎮）　　　疏附縣（托克扎克鎮）　塔什庫爾干塔吉克自治縣（塔什庫爾干鎮）
克孜勒蘇柯爾克孜自治州　　轄1個縣級市、3個縣。州政府駐阿圖什市帕米爾西三院。
　阿圖什市
　阿合奇縣（阿合奇鎮）　烏恰縣（烏恰鎮）　　　阿克陶縣（阿克陶鎮）
巴音郭楞蒙古自治州　　轄1個縣級市、7個縣、1個自治縣。州政府駐庫爾勒市巴音東路。
　庫爾勒市
　和靜縣（和靜鎮）　　　尉犁縣（尉犁鎮）　　　和碩縣（特吾里克鎮）　且末縣（且末鎮）
　博湖縣（博湖鎮）　　　輪臺縣（輪臺鎮）　　　若羌縣（若羌鎮）　　　焉耆回族自治縣（焉耆鎮）
昌吉回族自治州　　轄3個縣級市、4個縣、1個自治縣。州政府駐昌吉市延安北路10號。
　昌吉市　　　　　　　　阜康市　　　　　　　　米泉市
　奇臺縣（奇臺鎮）　　　瑪納斯縣（瑪納斯鎮）　吉木薩爾縣（吉木薩爾鎮）
　呼圖壁縣（呼圖壁鎮）　木壘哈薩克自治縣（木壘鎮）
博爾塔拉蒙古自治州　　轄1個縣級市、2個縣。州政府駐博樂市青得里大街201號。
　博樂市
　精河縣（精河鎮）　　　溫泉縣（博格達爾鎮）
伊犁哈薩克自治州　　轄2個地區；直轄2個縣級市、7個縣、1個自治縣。州政府駐伊寧市斯大林街60號。
　★（自治州直轄）
　伊寧市　　　　　　　　奎屯市
　伊寧縣（吉里于孜鎮）　特克斯縣（特克斯鎮）　　尼勒克縣（尼勒克鎮）　　昭蘇縣（昭蘇鎮）
　新源縣（新源鎮）　　　霍城縣（水定鎮）　　　　鞏留縣（鞏留鎮）
　察布查爾錫伯自治縣（察布查爾鎮）
　★塔城地區　　轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣。地區行署駐塔城市新華路169號。
　塔城市　　　　　　　　烏蘇市
　額敏縣（額敏鎮）　　　裕民縣（哈拉布拉鎮）　　沙灣縣（三道河子鎮）　　托里縣（托里鎮）
　和布克賽爾蒙古自治縣（和布克賽爾鎮）
　★阿勒泰地區　　轄1個縣級市、6個縣。地區行署駐阿勒泰市解放路341號。
　阿勒泰市
　青河縣（青河鎮）　　　吉木乃縣（托普鐵熱克鎮）　富蘊縣（庫額爾齊斯鎮）　布爾津縣（布爾津鎮）
　福海縣（福海鎮）　　　哈巴河縣（阿克齊鎮）

縣級以上行政區劃變更情況
◎將洛浦縣吉亞鄉、玉龍喀什鎮與和田縣吐沙拉鄉劃歸和田市管轄。