簡稱新。全區轄2個地級市、7個地區、5個自治州（合計14個地級行政單位），11個市轄區、22個縣級市、62個縣、6個自治縣（合計101個縣級行政單位），162個街道、262個鎮、559個鄉、42個民族鄉（另有1個區公所，合計1026個鄉級行政單位）。首府烏魯木齊。

縣級以上行政區劃一覽（標注下劃線為上一級政府或行政公署所在地）
烏魯木齊市　轄7個市轄區、1個縣
　天山區（幸福路街道）　　　　沙依巴克區（揚子江路街道）　新市區（北京路街道）
　水磨溝區（水磨溝街道）　　　頭屯河區（火車西站街道）　　達坂城區（達坂城鎮）
　米東區（古牧地鎮）
　烏魯木齊縣（烏魯木齊市水磨溝區南湖南路街道）
克拉瑪依市　轄4個市轄區
　獨山子區（西寧路街道）　　　克拉瑪依區（昆侖路街道）　　白堿灘區（中興路街道）
　烏爾禾區（柳樹街街道）
吐魯番地區　轄1個縣級市、2個縣
　吐魯番市（老城路街道）
　鄯善縣（鄯善鎮）　　　　　　托克遜縣（托克遜鎮）
哈密地區　轄1個縣級市、1個縣、1個自治縣
　哈密市（東河區街道）
　巴里坤哈薩克自治縣(巴里坤鎮)　伊吾縣（伊吾鎮）
昌吉回族自治州　轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣
　昌吉市（延安北路街道）　　　阜康市（博峰街道）
　呼圖壁縣（呼圖壁鎮）　　　　瑪納斯縣（瑪納斯鎮）　　　　奇臺縣（奇臺鎮）
　吉木薩爾縣（吉木薩爾鎮）　　木壘哈薩克自治縣（木壘鎮）
博爾塔拉蒙古自治州　轄2個縣級市、2個縣
　博樂市（青得里街道）　　　　阿拉山口市（阿拉套街道）
　精河縣（精河鎮）　　　　　　溫泉縣（博格達爾鎮）
巴音郭楞蒙古自治州　轄1個縣級市、7個縣、1個自治縣
　庫爾勒市（薩依巴格街道）
　輪臺縣（輪臺鎮）　　　　　　尉犁縣（尉犁鎮）　　　　　　若羌縣（若羌鎮）
　且末縣（且末鎮）　　　　　　焉耆回族自治縣（焉耆鎮）　　和靜縣（和靜鎮）
　和碩縣（特吾里克鎮）　　　　博湖縣（博湖鎮）
阿克蘇地區　轄1個縣級市、8個縣
　阿克蘇市（英巴扎街道）
　溫宿縣（溫宿鎮）　　　　　　庫車縣（庫車鎮）　　　　　　沙雅縣（沙雅鎮）
　新和縣（新和鎮）　　　　　　拜城縣（拜城鎮）　　　　　　烏什縣（烏什鎮）
　阿瓦提縣（阿瓦提鎮）　　　　柯坪縣（柯坪鎮）
克孜勒蘇柯爾克孜自治州　轄1個縣級市、3個縣
　阿圖什市（光明路街道）
　阿克陶縣（阿克陶鎮）　　　　阿合奇縣（阿合奇鎮）　　　　烏恰縣（烏恰鎮）
喀什地區　轄1個縣級市、10個縣、1個自治縣
　喀什市（恰薩街道）
　疏附縣（托克扎克鎮）　　　　疏勒縣（疏勒鎮）　　　　　　英吉沙縣（英吉沙鎮）
　澤普縣（澤普鎮）　　　　　　莎車縣（莎車鎮）　　　　　　葉城縣（喀格勒克鎮）
　麥蓋提縣（麥蓋提鎮）　　　　岳普湖縣（岳普湖鎮）　　　　伽師縣（巴仁鎮）
　巴楚縣（巴楚鎮）　　　　　　塔什庫爾干塔吉克自治縣（塔什庫爾干鎮）
和田地區　轄1個縣級市、7個縣
　和田市（努爾巴格街道）
　和田縣(和田市古江巴格街道)　墨玉縣（喀拉喀什鎮）　　　　皮山縣（固瑪鎮）
　洛浦縣（洛浦鎮）　　　　　　策勒縣（策勒鎮）　　　　　　于田縣（木尕拉鎮）
　民豐縣（尼雅鎮）
伊犁哈薩克自治州　轄2個地區；直轄2個縣級市、7個縣、1個自治縣
　（自治州直轄）
　　伊寧市（艾蘭木巴格街道）　奎屯市（團結街街道）
　　伊寧縣（吉里于孜鎮）　　　察布查爾錫伯自治縣（察布查爾鎮）
　　霍城縣（水定鎮）　　　　　鞏留縣（鞏留鎮）　　　　　　新源縣（新源鎮）
　　昭蘇縣（昭蘇鎮）　　　　　特克斯縣（特克斯鎮）　　　　尼勒克縣（尼勒克鎮）
　塔城地區　轄2個縣級市、4個縣、1個自治縣
　　塔城市（和平街道）　　　　烏蘇市（虹橋街道）
　　額敏縣（額敏鎮）　　　　　沙灣縣（三道河子鎮）　　　　托里縣（托里鎮）
　　裕民縣（哈拉布拉鎮）　　　和布克賽爾蒙古自治縣（和布克賽爾鎮）
　阿勒泰地區　轄1個縣級市、6個縣
　　阿勒泰市（金山路街道）
　　布爾津縣（布爾津鎮）　　　富蘊縣（庫額爾齊斯鎮）　　　福海縣（福海鎮）
　　哈巴河縣（阿克齊鎮）　　　青河縣（青河鎮）　　　　　　吉木乃縣（托普鐵熱克鎮）
自治區直轄縣級行政區劃　　6個縣級市
　石河子市（紅山街道）　　　　阿拉爾市（金銀川路街道）　　圖木舒克市（齊干卻勒街道）
　五家渠市（人民路街道）　　　北屯市（北屯鎮）　　　　　　鐵門關市（興疆路）

★2012年12月17日，《國務院關于同意新疆維吾爾自治區設立縣級阿拉山口市的批復》（國函[2012]205號）：一、同意設立縣級阿拉山口市，管轄艾比湖街道、阿拉套街道，市人民政府駐阿拉套街道天山西街8號。阿拉山口市由博爾塔拉蒙古自治州管轄。二、阿拉山口市行政區域界線走向為：自中哈國界喀拉達坂起，向東南經1506．2、1370．1、1279高程點、蘇金賽達坂至吐孜薩依溝，沿吐孜薩依溝向南至北緯44°54′08″、東經82°29′39″，然后向東偏北至北緯45°01′56″、東經82°52′08″，再折向東南過200高程點后向南至北緯40°51′12″、東經83°15′16″至奎屯河，沿奎屯河向東北至博爾塔拉蒙古自治州與伊犁哈薩克自治州(塔城地區烏蘇市)行政區域界線。
　2012年12月24日，《新疆維吾爾自治區人民政府轉發〈國務院關于同意新疆維吾爾自治區設立縣級阿拉山口市批復〉的通知》（新政發[2012]103號）：一、阿拉山口市由博爾塔拉蒙古自治州管轄，市人民政府駐阿拉套街道天山西街8號。二、其他未盡事宜待阿拉山口市掛牌后按有關法律程序研究辦理。
★2012年12月17日，《國務院關于同意新疆維吾爾自治區設立縣級鐵門關市的批復》（國函[2012]206號）：一、同意設立縣級鐵門關市。鐵門關市人民政府駐興疆路1號。二、鐵門關市由新疆維吾爾自治區直轄，管理方式按有關文件規定執行。三、鐵門關市行政區域界線走向為：1．東起314國道南側496公里處北緯41°51′03″、東經85°44′34″，向東南行至二十九團園藝二連處與十八團渠相交，順十八團渠東行至國家農作物原種場西界，順此界線南行至一支干排渠，再沿一支干排渠南行至毛拉溝，順毛拉溝南行接孔雀河西岸防洪堤西側北緯41°39′14″、東經85°46′44″，折向西沿塔里木河古河道、過二十九團東揚排渠、西揚排渠，再沿塔里木河古道西行至北緯41°44′57″、東經85°21′10″，折向北到石油伴行公路南側北緯41°49′40″、東經85°22′02″，沿石油伴行公路南側東行11．778公里，折向北沿三十團與庫爾楚園藝場交界天然洪水溝北行至314國道南側，折向東沿314國道南側與起點閉合。2．東起二十八團南北排渠東側與庫爾勒市恰爾巴格鄉上闊什巴格村界北緯41°47′44″、東經86°05′45″，沿南北排渠南行至北緯41°46′06″、東經86°05′12″，折向西沿庫爾勒市蘭干鄉貢拉堤村北界至二十八團五斗排渠，折向北沿蘭干鄉新村民族隊東界北行，再折向西沿蘭干鄉新村漢族隊北界西行，再折向南沿蘭干鄉新村漢族隊西界至蘭干鄉新村漢族隊與結帕爾村交界點，再折向西沿結帕爾村北界西行，再沿蘭干鄉直屬二隊北界西行至二十八團一總排渠，再沿和什力克鄉薩依勒克村北界西行至北緯41°45′31″、東經85°53′13″，折向北沿和什力克鄉薩依勒克村東界北行、北界西行至上戶鎮哈拉蘇村與薩依勒克村交界點，再折向北，沿哈拉蘇村東界北行至北緯41°49′16″、東經85°53′34″，折向東沿二十八團東西排渠北側與起點閉合。3．東起二十九團磚廠南疆鐵路南側北緯41°56′12″、東經85°27′02″，沿天然洪水溝南行至北緯41°55′34″、東經85°26′18″，折向西沿天然洪水溝至北緯41°56′07″、東經85°24′41″，折向北沿庫爾楚園藝場綠寶農場南北路東側北行至314國道、再北行至南疆鐵路南側北緯41°56′57″、東經85°25′23″，折向東沿南疆鐵路向東與起點閉合。
　2012年12月24日，《新疆維吾爾自治區人民政府轉發〈國務院關于同意新疆維吾爾自治區設立縣級鐵門關市批復〉的通知》（新政發[2012]104號）：一、鐵門關市由自治區直轄，市人民政府駐興疆路1號，管理方式按有關文件規定執行。二、其他未盡事宜待鐵門關市掛牌后按有關法律程序研究辦理。