新疆，古稱西域，意為中國的西部疆域。清統(tǒng)一其地，其北部稱回部、南部稱準部，合稱回疆，設伊犁將軍。光緒十年（1884年），清政府正式在新疆設省，并取“故土新歸”之意，改稱西域為“新疆”。
公元前60年，西漢中央政權在烏壘城（今輪臺縣境內）設立了“西域都護府”，新疆正式成為中國領土的一部分。 公元552年突厥統(tǒng)一了西域。640年，唐朝發(fā)兵攻下了高昌城，將此地改為西州，并在此設立了安西都護府，后遷至龜茲，下轄龜茲、疏勒、于闐、碎葉（焉耆），史稱“安西四鎮(zhèn)”，管轄天山以南廣大地區(qū)。702年，唐朝又在北庭（現(xiàn)吉木薩爾）設立了北庭都護府，管轄天山以北地區(qū)。
唐朝中后期，吐蕃政權加緊了對西域的進攻，一度占領了新疆大部分地區(qū)，由于回鶻汗國的西遷，866年吐蕃最終退出了西域。840年，回鶻由蒙古高原西遷而來，建立了以吐魯番為中心的西州回鶻政權和以喀什噶爾為中心的喀喇汗王朝，這兩個王朝與當時的于闐王國共同組成了西域地區(qū)三個并立的政權。1132年契丹人先后征服了這三個地方政權，統(tǒng)一了西域建立了西夏王朝。1218年成吉思汗率軍西征時，擊敗了西夏，統(tǒng)一了西域地區(qū)。1271年忽必烈建立了元朝，西域統(tǒng)歸元朝政府管理。
14世紀下半葉，明朝建立時，西域地區(qū)并存東察合臺國、吐魯番王國、葉爾羌汗國、哈密王國、瓦刺汗國等政權，均為蒙古貴族后裔，其中以東察合臺國最為強大，1543年葉爾羌汗國取代了東察合臺國的地位成為了西域地區(qū)的實際統(tǒng)治者。明朝政府為了統(tǒng)轄西域管理，特在哈密設衛(wèi)，哈密衛(wèi)作為明朝政府管理西域地區(qū)的最高行政和軍事機構起著一定的作用。
清朝初年，西域為蒙古準葛爾部所統(tǒng)治，其首領為噶爾丹，他利用武力兼并了蒙古和碩部和厄魯特部，并把土爾扈特部排擠到了俄國的伏爾加流域。18世紀初，準葛爾貴族乘機作亂，乾隆皇帝于1755年派出平叛大軍，最后徹底消滅了準葛爾汗國，統(tǒng)一了西域。準葛爾平定后，穆斯林教派的頭面人物伊敏和依沙克，史稱“大小和卓”與1757年又在庫車成立了“巴圖爾汗國”公開與清政府抗衡，干起了分裂祖國的勾當。1759年清政府派兵直搗大小和卓的大本營葉爾羌和喀什噶爾，再次平定了這次叛亂，統(tǒng)一新疆。1771年流放在伏爾加河流域的蒙古土爾扈特部落在其首領渥巴錫的帶領下，歷經八個月的磨難終于回到了祖國的懷抱，結束了長達近一個半世紀的流亡生活。
鴉片戰(zhàn)爭后，由于清政府無暇西顧，沙俄乘機對我國新疆地區(qū)進行了大肆的蠶食，他們通過武裝移民，建立軍事?lián)c和科學考察以及簽定不平等的條約等手段，非法侵占了中國西部領土44萬多平方公里。這時以阿古柏為首的中亞浩汗國在英、俄帝國主義的支持下，于1865年入侵新疆，他們首先進入喀什噶爾，并迅速占領了葉爾羌、和田、阿克蘇、庫車等七個城市，成立了反動的“哲德沙爾政權”。與此同時沙皇俄國也乘機侵占了伊犁地區(qū)。為了維護祖國的統(tǒng)一，清政府以左宗棠為首的塞防派，力主收復新疆，并于1875年率八萬大軍進軍新疆，于1878年終于收復了除伊犁地區(qū)以外的全部新疆領土。中俄《伊犁改訂條約》簽定后，清政府收回了伊犁地區(qū)大部分領土，但霍爾果斯以西的一萬多平方公里的土地仍歸俄國所有，并且留下了一個所謂的“帕米爾問題”。
為了使新疆達到長治久安的目的，在左宗堂的積極倡導下，新疆于1884年11月正式建省，省會也由伊犁遷至烏魯木齊迪化城，全疆分為四道（鎮(zhèn)迪道、阿克蘇道、喀什噶爾道、伊塔道）道以下設6府、10廳、3州、21個縣，2個分縣。
1949年新疆和平解放，1955年10月1日成立新疆維吾爾自治區(qū)。截至2009年末，新疆共有14個地級行政區(qū)劃單位（其中：2個地級市、7個地區(qū)、5個自治州），98個縣級行政區(qū)劃單位（其中：11個市轄區(qū)、19個縣級市、62個縣、6個自治縣），1005個鄉(xiāng)級行政區(qū)劃單位（其中：1個區(qū)公所、150個街道、234個鎮(zhèn)、577個鄉(xiāng)、43個民族鄉(xiāng)）。首府烏魯木齊市。