2001年，全自治區(qū)轄7地區(qū)、5自治州、2地級(jí)市，17縣級(jí)市、62縣、6自治縣、11市轄區(qū)，11區(qū)、218鎮(zhèn)、596鄉(xiāng)、43民族鄉(xiāng)、125街道。
縣級(jí)以上行政區(qū)劃一覽
烏魯木齊市 7區(qū)、1縣
天山區(qū) 沙依巴克區(qū) 新市區(qū) 水磨溝區(qū)
頭屯河區(qū) 南泉區(qū) 東山區(qū)
烏魯木齊縣（烏魯木齊市水磨溝區(qū)）
克拉瑪依市 4區(qū)
克拉瑪依區(qū) 獨(dú)山子區(qū) 白堿灘區(qū) 烏爾禾區(qū)
直轄行政單位
石河子市
吐魯番地區(qū) 駐吐魯番市 1市、2縣
吐魯番市
托克遜縣（托克遜鎮(zhèn)） 鄯善縣（鄯善鎮(zhèn)）
哈密地區(qū) 駐哈密市 1市、1縣、1自治縣
哈密市
伊吾縣（伊吾鎮(zhèn)） 巴里坤哈薩克族自治縣（巴里坤鎮(zhèn)）
和田地區(qū) 駐和田市 1市、7縣
和田市
和田縣（和田市） 墨玉縣（喀拉喀什鎮(zhèn)） 皮山縣（固瑪鎮(zhèn)） 洛浦縣（洛浦鎮(zhèn)）
策勤縣（策勤鎮(zhèn)） 于田縣（木尕拉鎮(zhèn)） 民豐縣（尼雅鎮(zhèn)）
阿克蘇地區(qū) 駐阿克蘇市 1市、8縣
阿克蘇市
溫宿縣（溫宿鎮(zhèn)） 庫車縣（庫車鎮(zhèn)） 沙雅縣（沙雅鎮(zhèn)） 新和縣（新和鎮(zhèn)）
拜城縣（拜城鎮(zhèn)） 烏什縣（烏什鎮(zhèn)） 阿瓦提縣（阿瓦提鎮(zhèn)） 柯坪縣（柯坪鎮(zhèn)）
喀什地區(qū) 駐喀什市 1市、10縣、1自治縣
喀什市
疏勒縣（托克扎克鎮(zhèn)） 疏附縣（疏附鎮(zhèn)） 英吉沙縣（英吉沙鎮(zhèn)） 澤普縣（澤普鎮(zhèn)）
莎車縣（莎車鎮(zhèn)） 葉城縣（喀格勒克鎮(zhèn)） 麥蓋提縣（麥蓋提鎮(zhèn)） 岳普湖縣（岳普湖鎮(zhèn)）
伽師縣（巴仁鎮(zhèn)） 巴楚縣（巴楚鎮(zhèn)） 塔什庫爾干塔吉克自治縣（塔什庫爾干鎮(zhèn)）
克孜勒蘇柯爾克孜自治州 駐阿圖什市 1市、3縣
阿圖什市
阿克陶縣（阿克陶鎮(zhèn)） 烏恰縣（烏恰鎮(zhèn)） 阿合奇縣（阿合奇鎮(zhèn)）
巴音郭楞蒙古自治州 駐庫爾勒市 1市、7縣、1自治縣
庫爾勒市
輪臺(tái)縣（輪臺(tái)鎮(zhèn)） 尉犁縣（尉犁鎮(zhèn)） 若羌縣（若羌鎮(zhèn)） 且末縣（且末鎮(zhèn)）
和靜縣（和靜鎮(zhèn)） 和碩縣（特吾里克鎮(zhèn)） 博湖縣（博湖鎮(zhèn)） 焉耆回族自治縣（焉耆鎮(zhèn)）
昌吉回族自治州 駐昌吉市 3市、4縣、1自治縣
昌吉市 阜康市 米泉市
呼圖壁縣（呼圖壁鎮(zhèn)） 瑪納斯縣（瑪納斯鎮(zhèn)） 奇臺(tái)縣（奇臺(tái)鎮(zhèn)） 吉木薩爾縣（吉木薩爾鎮(zhèn)）
木壘哈薩克族自治縣（木壘鎮(zhèn)）
博爾塔拉蒙古自治州 駐博樂市 1市、2縣
博樂市
溫泉縣（溫泉鎮(zhèn)） 精河縣（博格達(dá)爾鎮(zhèn)）
伊犁哈薩克自治州 駐伊寧市 2地區(qū)
★自治州直轄行政單位 2市、7縣、1自治縣
伊寧市 奎屯市
伊寧縣（吉里圩孜鎮(zhèn)） 霍城縣（水定鎮(zhèn)） 鞏留縣（鞏留鎮(zhèn)） 新源縣（新源鎮(zhèn)）
昭蘇縣（昭蘇鎮(zhèn)） 特克斯縣（特克斯鎮(zhèn)） 尼勒克縣（尼勒克鎮(zhèn)）
察布查爾錫伯自治縣（察布查爾鎮(zhèn)）
★塔城地區(qū) 駐塔城市 2市、4縣、1自治縣
塔城市 烏蘇市
額敏縣（額敏鎮(zhèn)） 沙灣縣（三道河子鎮(zhèn)） 托里縣（托里鎮(zhèn)） 裕民縣（哈拉布拉鎮(zhèn)）
和布克賽爾蒙古自治縣（和布克賽爾鎮(zhèn)）
★阿勒泰地區(qū) 駐阿勒泰市 1市、6縣
阿勒泰市
布爾津縣（布爾津鎮(zhèn)） 富蘊(yùn)縣（庫額爾齊斯鎮(zhèn)） 福海縣（福海鎮(zhèn)） 哈巴河縣（哈巴河鎮(zhèn)）
青河縣（青河鎮(zhèn)） 吉木乃縣（托普鐵熱克鎮(zhèn)）
縣級(jí)以上行政區(qū)劃變更情況
★2001年1月13日國務(wù)院【國函7號(hào)】批復(fù)：
1．同意將烏魯木齊縣的大灣鄉(xiāng)劃歸烏魯木齊市天山區(qū)管轄；二工鄉(xiāng)和地窩堡鄉(xiāng)劃歸烏魯木齊市新市區(qū)管轄；將大灣鄉(xiāng)倉房溝村和二工鄉(xiāng)九家灣村（不含八隊(duì)）劃歸烏魯木齊市沙依巴克區(qū)管轄；將地窩堡鄉(xiāng)的河南莊子村劃歸烏魯木齊市頭屯河區(qū)管轄；
2．將烏魯木齊縣七道灣鄉(xiāng)和烏魯木齊市東山區(qū)蘆草溝鄉(xiāng)的水磨溝村劃歸烏魯木齊市水磨溝區(qū)管轄；將七道灣鄉(xiāng)的卡子灣村劃歸東山區(qū)管轄。
★同意撤銷伊犁地區(qū)，將原伊犁地區(qū)的伊寧市、伊寧縣、霍城縣、鞏留縣、新源縣、昭蘇縣、特克斯縣、尼勒克縣、察布查爾錫伯自治縣劃歸伊犁哈薩克自治州管轄。（2001年10月6日國務(wù)院【國函125號(hào)】批復(fù)）