1961年，新疆維吾爾自治區轄6專區、5自治州、1省轄市，4市、73縣、6自治縣、5市轄區。

縣級以上行政區劃一覽
烏魯木齊市　　5區、1縣
　天山區　　　　　　　　沙依巴克區　　　　　　新市區　　　　　　　　水磨溝區
　頭屯河區
　烏魯木齊縣（烏魯木齊市）
自治區直轄單位
　克拉瑪依市
　吐魯番縣（吐魯番鎮）　鄯善縣（鄯善鎮）　　　托克遜縣（托克遜鎮）
哈密專區　專署駐哈密市　　1市、2縣、1自治縣
　哈密市
　哈密縣（哈密市）　　　伊吾縣（城區）　　　　巴里坤哈薩克族自治縣（巴里坤鎮）
喀什專區　專署駐喀什市　　1市、10縣、1自治縣
　喀什市
　疏附縣（疏附鎮）　　　疏勒縣（疏勒鎮）　　　巴楚縣（城區）　　　　英吉沙縣（英吉沙鎮）
　岳普湖縣（城區）　　　伽師縣（城區）　　　　莎車縣（莎車鎮）　　　澤普縣（澤普鎮）
　葉城縣（葉城鎮）　　　麥蓋提縣（城區）　　　塔什庫爾干塔吉克自治縣（城區）
和田專區　專署駐和田縣　　7縣
　和田縣（和田鎮）　　　策勤縣（策勤鎮）　　　皮山縣（城區）　　　　民豐縣（城區）
　洛浦縣（城區）　　　　于田縣（城區）　　　　墨玉縣（城區）
阿克蘇專區　專署駐阿克蘇縣　　8縣
　阿克蘇縣（阿克蘇鎮）　庫車縣（庫車鎮）　　　沙雅縣（沙雅鎮）　　　烏什縣（烏什鎮）
　新和縣（新和鎮）　　　阿瓦提縣（阿瓦提鎮）　柯坪縣（城區）　　　　拜城縣（拜城鎮）
克孜勒蘇柯爾克孜自治州　駐阿圖什縣　　4縣
　阿圖什縣（阿圖什鎮）　烏恰縣（城區）　　　　阿合奇縣（城區）　　　阿克陶縣（城區）
昌吉回族自治州　駐昌吉縣　　7縣、1自治縣
　昌吉縣（昌吉鎮）　　　米泉縣（城區）　　　　阜康縣（城區）　　　　奇臺縣（奇臺鎮）
　呼圖壁縣（呼圖壁鎮）　吉木薩爾縣（吉木薩爾鎮）瑪納斯縣（瑪納斯鎮）
　木壘河哈薩克自治縣（木壘鎮）
巴音郭楞蒙古自治州　駐庫爾勒縣　　7縣、1自治縣
　庫爾勒縣（庫爾勒鎮）　尉犁縣（尉犁鎮）　　　輪臺縣（輪臺鎮）　　　若羌縣（城區）
　且末縣（城區）　　　　和靖縣（和靖鎮）　　　和碩縣（城區）
　焉耆回族自治縣（焉耆鎮）
伊犁哈薩克自治州　駐伊寧市
　★自治州直轄單位　　1市、8縣、1自治縣
　伊寧市
　伊寧縣（吉里圩孜鎮）　特克斯縣（城區）　　　綏定縣（綏定鎮）　　　昭蘇縣（城區）
　新源縣（城區）　　　　鞏留縣（鞏留鎮）　　　霍城縣（霍城鎮）　　　尼勒克縣（城區）
　察布查爾錫伯族自治縣（察布查爾鎮）
　★塔城專區　專署駐塔城縣　　6縣、1自治縣
　塔城縣（塔城鎮）　　　沙灣縣（三道灣子鎮）　額敏縣（額敏鎮）　　　烏蘇縣（烏蘇鎮）
　裕民縣（城區）　　　托里縣（城區）
　和布克賽爾蒙古自治縣（城區）
　★阿勒泰專區　專署駐阿勒泰縣　　7縣
　阿勒泰縣（阿勒泰鎮）　福海縣（城區）　　　　吉木乃縣（城區）　　　青河縣（城區）
　哈巴河縣（城區）　　　富蘊縣（城區）　　　　布爾津縣（城區）
　★博爾塔拉蒙古自治州　駐博樂縣　　3縣
　博樂縣（城區）　　　　精河縣（城區）　　　　溫泉縣（城區）

縣級以上行政區劃變更情況
★設立哈密市，以哈密縣城鎮為基礎，即包括火車頭、鐵龍、鋼鐵、先行、紅旗５公社及火箭農場為哈密市的行政區域。（1961年1月25日國務院全體會議第108次會議決定）