縣因縣城所在地兩山夾水，澗水清澈見(jiàn)底而得名。北魏太和十一年（487年）今縣境設(shè)朔方縣，后多次更名移址。西魏大統(tǒng)初于今縣西北折家坪附近設(shè)綏德郡，大統(tǒng)十二年（546年）置綏德縣為郡治。隋開皇三年（583年）郡廢，隋末縣廢。唐武德二年（619年）復(fù)置。貞觀年間筑寬州城。五代時(shí)縣廢。
北宋康定元年（1040年）于秀延水東岸寬州舊城筑城（即今址），因秀延水宋時(shí)一名清澗水，賜名清澗城。據(jù)《寰宇通志》：“宋置為清澗城，取清澗川為名。”金大定二十二年（1182年）于城設(shè)清澗縣，屬綏德州【一說(shuō)，宋康定元年改寬州為青澗（縣），明洪武四年改為清澗縣】。明、清先后隸屬綏德州、延安府。
1914年屬榆林道。1928年直屬省。1935年1月成立清澗縣工農(nóng)蘇維埃政府。1940年2月成立清澗縣人民政府，屬陜甘寧邊區(qū)綏德分區(qū)。1950年屬綏德專區(qū)。1956年9月屬榆林專區(qū)。1958年12月撤銷清澗縣，轄地并入綏德縣，清澗改稱中心鄉(xiāng)。1961年10月復(fù)設(shè)清澗縣。1969年屬榆林地區(qū)。1999年屬榆林市。
1991年，清澗縣面積1841.48平方千米，人口19.3萬(wàn)人。轄秀延、解家溝、師家園則、高杰村等4鎮(zhèn)14鄉(xiāng)，641個(gè)行政村。縣政府駐秀延鎮(zhèn)。
1997年，玉家河鄉(xiāng)改為玉家河鎮(zhèn)，李家塔鄉(xiāng)改為李家塔鎮(zhèn)，店由溝鄉(xiāng)改為店家溝鎮(zhèn)，高杰村鄉(xiāng)改為高杰村鎮(zhèn)。調(diào)整后，清澗縣面積1881平方千米，人口20萬(wàn)人，轄8個(gè)鎮(zhèn)、10個(gè)鄉(xiāng)：秀延鎮(zhèn)、折家坪鎮(zhèn)、石嘴驛鎮(zhèn)、高杰村鎮(zhèn)、玉家河鎮(zhèn)、解家溝鎮(zhèn)、店則溝鎮(zhèn)、李家塔鎮(zhèn)、師家園則鄉(xiāng)、下廿里鋪鄉(xiāng)、樂(lè)堂堡鄉(xiāng)、郝家墕鄉(xiāng)、東拉河鄉(xiāng)、二郎山鄉(xiāng)、寨溝鄉(xiāng)、石盤鄉(xiāng)、老舍窠鄉(xiāng)、 雙廟河鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，全縣總?cè)丝?76644人，其中：秀延鎮(zhèn)16590人、石嘴驛鎮(zhèn)12000人、折家坪鎮(zhèn)14832人、玉家河鎮(zhèn)7913人、高杰村鎮(zhèn)10950人、李家塔鎮(zhèn)7528人、店則溝鎮(zhèn)9591人、解家溝鎮(zhèn)7147人、郝家墕鄉(xiāng)6868人、樂(lè)堂堡鄉(xiāng)8339人、師家園則鄉(xiāng)22970人、下廿里鋪鄉(xiāng)10268人、雙廟河鄉(xiāng)9938人、老舍窠鄉(xiāng)10267人、東拉河鄉(xiāng)6095人、二郎山鄉(xiāng)5135人、寨溝鄉(xiāng)3571人、石盤鄉(xiāng)6642人。
2001年，秀延鎮(zhèn)、師家園則鄉(xiāng)合并為寬州鎮(zhèn)，撤銷東拉河鄉(xiāng)并入李家塔鎮(zhèn)，撤銷寨溝鄉(xiāng)并入解家溝鎮(zhèn)。2001年底，清澗縣轄8個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：寬洲鎮(zhèn)、石嘴驛鎮(zhèn)、折家坪鎮(zhèn)、玉家河鎮(zhèn)、高杰村鎮(zhèn)、李家塔鎮(zhèn)、店則溝鎮(zhèn)、解家溝鎮(zhèn)、郝家墕鄉(xiāng)、樂(lè)堂堡鄉(xiāng)、下廿里鋪鄉(xiāng)、雙廟河鄉(xiāng)、老舍窠鄉(xiāng)、二郎山鄉(xiāng)、石盤鄉(xiāng)，以及1個(gè)街道辦事處，下設(shè)640個(gè)行政村、6個(gè)居委會(huì)。全縣共有59233戶、210315人，其中農(nóng)業(yè)人口19.1萬(wàn)人，非農(nóng)業(yè)人口1.93萬(wàn)人。
2003年，清澗縣轄寬州鎮(zhèn)、石嘴驛鎮(zhèn)、折家坪鎮(zhèn)、玉家河鎮(zhèn)、高杰村鎮(zhèn)、李家塔鎮(zhèn)、店則溝鎮(zhèn)、解家溝鎮(zhèn)8個(gè)鎮(zhèn)和郝家墕鄉(xiāng)、樂(lè)堂堡鄉(xiāng)、下廿里鋪鄉(xiāng)、雙廟河鄉(xiāng)、老舍窠鄉(xiāng)、二郎山鄉(xiāng)、石盤鄉(xiāng)7個(gè)鄉(xiāng)，640個(gè)行政村、4個(gè)社區(qū)。
2011年，撤銷二郎山鄉(xiāng)并入解家溝鎮(zhèn)，撤銷郝家墕鄉(xiāng)并入石嘴驛鎮(zhèn)，撤銷樂(lè)堂堡鄉(xiāng)并入寬州鎮(zhèn)。調(diào)整后，清澗縣轄8個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)：寬洲鎮(zhèn)、石嘴驛鎮(zhèn)、折家坪鎮(zhèn)、玉家河鎮(zhèn)、高杰村鎮(zhèn)、李家塔鎮(zhèn)、店則溝鎮(zhèn)、解家溝鎮(zhèn)、下廿里鋪鄉(xiāng)、雙廟河鄉(xiāng)、老舍窠鄉(xiāng)、石盤鄉(xiāng)。