1959年底，青海省轄6自治州、1市、1行政委員會，31縣、5自治縣、5工作委員會。

縣級以上行政區劃一覽
西寧市　3區
　城中區　　　　　　　東郊區　　　　　　　西郊區
省轄單位
　樂都縣（碾伯）　　　大通縣（橋頭）　　　民和縣（上川口）　　湟源縣（城關鎮）
　湟中縣（魯沙爾）　　互助土族自治縣（威遠）　　　　　　　　　化隆回族自治縣（巴燕）
海北藏族自治州　駐亹源回族自治縣　3縣、1自治縣
　海晏縣（三角城）　　祁連縣（八寶）　　　岡察縣（沙柳河）　　門源回族自治縣（浩門鎮）
黃南藏族自治州　駐同仁縣　3縣、2自治縣
　同仁縣（隆務鎮）　　澤庫縣（鎖乃亥）　　尖扎縣（馬克唐）
　循化撒拉族自治縣（積石）　　　　　　　　河南蒙族自治縣（有干灘）
海南藏族自治州　駐共和縣　5縣
　共和縣（恰卜恰鎮）　興海縣（子科灘）　　貴德縣（河陰）　　　貴南縣（茫拉）
　瑪多縣（黃河沿）
果洛藏族自治州　駐吉邁　　6縣
　瑪沁縣（依蓋齊）　　甘德縣（甘德）　　　達日縣（達日）　　　久治縣（智清松多）
　班瑪縣（塞來唐）　　同德縣（尕巴松多）
玉樹藏族自治州　駐玉樹縣　8縣
　玉樹縣（結吉鎮）　　稱多縣（周筠）　　　囊謙縣（香達）　　　治多縣（加吉博洛格）
　雜多縣（薩呼騰）　　曲麻萊縣（色吾溝）
　江南縣（甘寧生多）　天河縣（卡隆云）
海西蒙藏哈薩克族自治州　駐大柴旦市　4縣
　都蘭縣（察汗烏蘇鎮）天峻縣（熱那亥）　　德令哈縣（巴音河）　烏蘭縣（希里溝）
柴達木行政委員會　駐大柴旦　5工作委員會
　茫崖臨時工作委員會（茫崖）　　　　　　　噶爾穆臨時工作委員會（噶爾穆）
　唐古拉山工作委員會（溫泉）　　　　　　　馬海臨時工作委員會（馬海）
　冷湖市臨時工作委員會（冷湖）

縣級以上行政區劃變更情況
★1959年1月22日國務院全體會議第84次會議決定：
　1．設立江南縣，縣的行政區域為玉樹、囊謙、雜多、治多4縣的部分地區。
　2．設立天河縣，縣的行政區域為稱多、治多2縣的部分地區。
　⊙將玉樹縣的拉秀3個鄉、安沖兩個鄉、哈秀、杰宋各一個鄉；囊謙縣的覺拉一個鄉；雜多縣的子格馬卡140戶；治多縣的百乎日俄河以東地區設置江南縣。將稱多縣的尕雜區的固岔、下年錯，札多區的林馬察河以北地區，永夏、珍秦區的白日馬多和治多縣的上年錯區，設置天河。（青海省人民委員會【民民字第0056號】通知）
◎原由省直轄的循化撒拉族自治縣、河南蒙族自治縣，交由黃南藏族自治州代管。（1959年1月15日青海省人民委員會第7次委員會通過，1959年3月22日國務院批準）
★撤銷茶卡工作委員會，將原工作委員會的行政區域全部設立烏蘭縣。（1959年3月22日國務院全體會議第86次會議決定）（1959年3月6日青海省人民委員會【民民字第0076號】通知）
★亹源回族自治縣改名為門源回族自治縣。（1959年4月30日國務院批復）（1959年3月24日青海省人民委員會第8次會議通過）
◎將海南藏族自治州的同德縣劃歸果洛藏族自治州領導；果洛藏族自治州的瑪多縣劃歸海南藏族自治州。（1959年4月30日國務院批復）
★青海省久治縣的康賽飛地（安姜區）劃歸四川省阿壩縣。（1959年4月30日國務院【國內楊字第114號】批復）
◎化隆回族自治縣人民委員會駐地由巴燕遷至群科。（國務院1959年9月18日批準）
★設立縣一級的冷湖市臨時工作委員會。（1958年9月26日國務院【國內柏字250號】批復）
◎柴達木行政委員會與海西蒙藏哈薩克族自治州人民委員會合署辦公。（1959年1月15日青海省人民委員會第7次會議通過，1959年10月31日國務院【國內曾字第274號】批復）
◎都蘭縣駐地由香日德鎮遷至察漢烏蘇。（國務院1959年10月31日批準）
◎西寧市設立縣一級城中區，轄后子河、多巴、總寨、小峽4個公社。（1959年12月7日實施，1960年1月4日國務院【國內曾字第2號】批復）
◎1959年貴南縣駐地由拉曲遷至茫拉。