明萬歷四十四年（1616年）建州女真首領(lǐng)愛新覺羅·努爾哈赤稱“汗”，定國(guó)號(hào)為金（史稱后金），建元天命，都于興京（赫?qǐng)D阿拉，今遼寧省新賓縣老城）。后金天命十年（1625年），努爾哈赤遷都沈陽(yáng)，定名盛京，并于寧古塔派兵戍守。清王朝定都北京后，對(duì)滿洲“龍興之地”的東北地區(qū)，視為特殊地區(qū)，采用了有別于內(nèi)地的“軍府制”，于盛京設(shè)置駐防內(nèi)大臣為盛京總管，統(tǒng)率八旗鎮(zhèn)守東北全境，逐步劃分為3個(gè)將軍轄區(qū)。
順治二年（1645年），清廷定文武官員品級(jí)，鎮(zhèn)守寧古塔總管為三品。順治十年（1653年），清廷將盛京昂邦章京（即總管）所轄的黑龍江、松花江、烏蘇里江流域，包括黑龍江上游的石勒喀河流域和庫(kù)頁(yè)島在內(nèi)的海中諸島，劃出設(shè)置寧古塔昂邦章京，駐寧古塔城（今海林市境內(nèi)寧古塔舊城）。至此，寧古塔昂邦章京轄區(qū)成為與盛京昂邦章京轄區(qū)并列的特別行政區(qū)。寧古塔，實(shí)無塔，乃“寧公特”之訛傳，為滿語(yǔ)。漢譯“寧公”為“六”或“六個(gè)”，“塔”為“居址”，合譯“六居址”。
康熙元年（1662年），寧古塔昂邦章京改為“鎮(zhèn)守寧古塔等處地方將軍”（簡(jiǎn)稱寧古塔將軍）。康熙五年（1666年），因?qū)幑潘浅Ｔ馑己蜑榭箵羯扯碛帽枰瑢幑潘䦟④娧瞄T移駐寧古塔新城（今寧安縣城）。康熙十五年（1676年），寧古塔將軍衙門移駐船廠后，由將軍主持修筑吉林烏拉城（今吉林省吉林市），豎木為墻，史稱“吉林木城”。乾隆二十二年二月二十三日（1757年4月11日），寧古塔將軍改稱“鎮(zhèn)守吉林等處地方將軍”（簡(jiǎn)稱吉林將軍）。
寧古塔將軍轄區(qū)范圍廣闊。據(jù)《大清一統(tǒng)志》記載：“東濱大海，西接邊墻，南峙白山，北逾黑水”。即東至大海3000余里，指北起鄂霍次克海，南至日本海的海面；西至柳條邊590余里，至盛京威遠(yuǎn)堡開原界；南至長(zhǎng)白山南圖們江、鴨綠江1300余里，與朝鮮分界；北逾黑龍江至外興安嶺。康熙二十二年（1683年），劃出黑龍江將軍轄區(qū)后，寧古塔將軍轄區(qū)范圍大為縮小。咸豐十年（1860年），不平等的《中俄北京條約》簽訂后，烏蘇里江以東40多萬平方公里中國(guó)領(lǐng)土被沙俄割占，吉林將軍轄區(qū)進(jìn)一步縮減，即東至烏蘇里江、松阿察河與俄羅斯分界；南至圖們江、鴨綠江與朝鮮分界；西至威遠(yuǎn)堡邊門開原界；北至松花江達(dá)黑龍江將軍轄區(qū)界。在轄區(qū)內(nèi)分地筑城，先后設(shè)置吉林、三姓、阿勒楚喀、伯都訥、琿春副都統(tǒng)鎮(zhèn)守。
康熙十三年（1674年），清朝政府為了鞏固邊疆和抗擊沙皇俄國(guó)入侵，在黑龍江左岸支流精奇里江口附近的明代忽里平寨舊址興建了璦琿木城（今俄羅斯維謝雪村），史稱“舊璦琿城”，移吉林烏拉水師分駐黑龍江地方。康熙二十二年九月（1683年10月），清廷決定在黑龍江地方屯田，“建城永戍”。同年12月，將寧古塔將軍所轄西北部地區(qū)劃出，設(shè)置“鎮(zhèn)守黑龍江等處地方將軍”（簡(jiǎn)稱黑龍江將軍）。以流經(jīng)境內(nèi)的黑龍江得名。黑龍江，古稱“黑水”、“弱水”、“完水”，《遼史》稱“黑龍江”，清初稱“薩哈連烏刺”，系滿語(yǔ)，薩哈連意為“黑”，烏刺意為“江”。
將軍衙門初駐璦琿舊城，后因該城僻處江東，與內(nèi)地往來諸多不便，遂于江西原達(dá)斡爾族屯寨托爾加城的廢墟上修筑璦琿新城（今黑河市愛輝鎮(zhèn)），康熙二十四年（1685年）將軍衙門移駐璦琿新城。因其瀕臨黑龍江畔，又稱作“黑龍江城”。黑龍江將軍最初駐扎在璦琿城，亦稱“璦琿將軍”。康熙二十九年（1690年），移駐墨爾根城（今嫩江縣城）。康熙三十八年（1699年），移駐齊齊哈爾城。
黑龍江將軍轄區(qū)初期，廣袤數(shù)千里。東至畢占河、南至松花江，與吉林將軍轄區(qū)接壤；北至外興安嶺與俄羅斯為界；西至喀爾喀接車臣汗部界。南北距3800余里，東西距3100余里。康熙二十八年（1689年），中俄簽訂《尼布楚議界條約》，確定了中俄兩國(guó)東段邊界，即以額爾古納河、外興安嶺至海為界。額爾古納河右岸為中國(guó)領(lǐng)土，左岸為俄國(guó)領(lǐng)土；外興安嶺至海，嶺南為中國(guó)領(lǐng)土，嶺北為俄國(guó)領(lǐng)土。外興安嶺與烏第河之間待定另議。進(jìn)入19世紀(jì)以后，俄國(guó)不斷入侵中國(guó)黑龍江中下游地區(qū)，非法霸占中國(guó)領(lǐng)土。咸豐八年（1858年）不平等的《中俄璦琿和約》（通稱《璦琿條約》）簽訂后，中俄兩國(guó)國(guó)界由外興安嶺分水嶺南移到黑龍江，沙俄攫取了黑龍江以北60多萬平方公里的中國(guó)領(lǐng)土，致使黑龍江將軍轄區(qū)總面積銳減。
在轄區(qū)內(nèi)分地筑城，劃分副都統(tǒng)轄區(qū)，派副都統(tǒng)或副都統(tǒng)銜總管駐守。初期，先后分設(shè)黑龍江、墨爾根、齊齊哈爾、呼倫貝爾（今海拉爾市）、布特哈（今莫力達(dá)瓦達(dá)斡爾族自治旗境內(nèi)）、呼蘭6城。至光緒年間，又先后增設(shè)興安城（今嫩江縣境內(nèi)）和通肯城（于海倫河北新建通肯城），史稱“黑龍江八城”。隨著清廷對(duì)東北封禁政策的解除，黑龍江地區(qū)逐步放荒招墾，人煙漸稠，民事日繁，遂陸續(xù)劃定區(qū)域添設(shè)民官。至光緒三十二年（1906年），黑龍江將軍轄區(qū)先后設(shè)置呼蘭府、綏化府、海倫直隸廳、黑水廳（今龍江縣）、大賚廳（今大安市）、肇州廳、安達(dá)廳、巴彥州、木蘭縣、蘭西縣、青岡縣、余慶縣（今慶安縣）、拜泉縣、大通縣（今通河縣）、湯原縣，計(jì)2府、5廳、1州、7縣。并于光緒三十一年添設(shè)黑龍江分巡道和綏蘭海兵備道，翌年將綏蘭海兵備道移至興安嶺以東改為興東兵備道。同時(shí)，鑒于齊齊哈爾、呼蘭、通肯副都統(tǒng)轄區(qū)已添設(shè)民官，“布特哈系打牲部落，牲丁無多”，黑龍江將軍奏請(qǐng)朝廷批準(zhǔn)，于光緒三十二年正月廿二（1906年2月15日），裁撤齊齊哈爾、呼蘭、通肯、布特哈四城副都統(tǒng)。其他各城副都統(tǒng)因地處邊防等因，仍依其舊制不變。
光緒三十三年三月初八日（1907年4月20日），清廷決定東三省改制，“裁將軍，設(shè)行省”，建立奉天、吉林、黑龍江行省。遂裁撤黑龍江將軍，改設(shè)黑龍江行省。黑龍江省的行政區(qū)域承襲黑龍江將軍轄區(qū)范圍，東南和南部與吉林省接壤，西南與奉天省毗連，西與蒙古為鄰，北以黑龍江與俄羅斯分界。全省總面積約57萬平方公里，人口127.3萬人。省會(huì)齊齊哈爾城。省以下分設(shè)府、廳、州、縣，并設(shè)道區(qū)分轄。光緒三十四年七月初九（1908年8月），裁撤墨爾根、呼倫貝爾、黑龍江（璦琿）副都統(tǒng)，將呼倫貝爾、璦琿兩處改設(shè)呼倫、璦琿兵備道。宣統(tǒng)三年（1911年），黑龍江全省共設(shè)3道（興東、璦琿、呼倫）、7府（龍江、呼蘭、綏化、海倫、嫩江、黑河、臚濱）、6廳（訥河、璦琿、呼倫、大賚、肇州、安達(dá)）、1州（巴彥）、7縣（蘭西、木蘭、余慶、青岡、拜泉、大通、湯原）、4旗（后郭爾羅斯、杜爾伯特、扎賚特、依克明安）。
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