2006年底，黑龍江省轄12地級市、1地區，64市轄區、18縣級市、45縣、1自治縣。
縣級以上行政區劃一覽
哈爾濱市 轄8個市轄區、7個縣，代管3個縣級市。市政府駐松北區世紀大道。
松北區 道里區 南崗區 平房區
香坊區 道外區 呼蘭區 阿城區
尚志市（尚志鎮） 雙城市（雙城鎮） 五常市（五常鎮）
方正縣（方正鎮） 賓 縣（賓州鎮） 依蘭縣（依蘭鎮） 巴彥縣（巴彥鎮）
通河縣（通河鎮） 木蘭縣（木蘭鎮） 延壽縣（延壽鎮）
齊齊哈爾市 轄7個市轄區、8個縣，代管1個縣級市。市政府駐龍沙區。
龍沙區 昂昂溪區 鐵鋒區 建華區
富拉爾基區 碾子山區 梅里斯達斡爾族區
訥河市（訥河鎮）
富裕縣（富裕鎮） 拜泉縣（拜泉鎮） 甘南縣（甘南鎮） 依安縣（依安鎮）
克山縣（克山鎮） 泰來縣（泰來鎮） 克東縣（克東鎮） 龍江縣（龍江鎮）
鶴 崗 市 轄6個市轄區、2個縣。市政府駐興山區。
興山區 工農區 南山區 興安區
向陽區 東山區
蘿北縣（鳳翔鎮） 綏濱縣（綏濱鎮）
雙鴨山市 轄4個市轄區、4個縣。市政府駐尖山區。
尖山區 嶺東區 四方臺區 寶山區
集賢縣（福利鎮） 寶清縣（寶清鎮） 友誼縣（友誼鎮） 饒河縣（饒河鎮）
雞 西 市 轄6個市轄區、1個縣，代管2個縣級市。市政府駐雞冠區。
雞冠區 恒山區 城子河區 滴道區
梨樹區 麻山區
密山市（密山鎮） 虎林市（虎林鎮）
雞東縣（雞東鎮）
大 慶 市 轄5個市轄區、3個縣、1個自治縣。市政府駐薩爾圖區。
薩爾圖區 紅崗區 龍鳳區 讓胡路區
大同區（大同鎮）
林甸縣（林甸鎮） 肇州縣（肇州鎮） 肇源縣（肇源鎮） 杜爾伯特蒙古族自治縣（泰康鎮）
伊 春 市 轄15個市轄區、1個縣，代管1個縣級市。市政府駐伊春區。
伊春區 帶嶺區 南岔區（聯合街道） 金山屯區
西林區 美溪區 烏馬河區 翠巒區
友好區 上甘嶺區 五營區 紅星區
新青區 湯旺河區 烏伊嶺區
鐵力市（鐵力鎮）
嘉蔭縣（朝陽鎮）
牡丹江市 轄4個市轄區、2個縣，代管4個縣級市。市政府駐愛民區。
愛民區 東安區 陽明區 西安區
綏芬河市（綏芬河鎮） 寧安市（寧安鎮） 海林市（海林鎮） 穆棱市（八面通鎮）
林口縣（林口鎮） 東寧縣（東寧鎮）
佳木斯市 轄4個市轄區、4個縣，代管2個縣級市。市政府駐前進區。
前進區 向陽區 東風區 郊 區
同江市（同江鎮） 富錦市（富錦鎮）
樺川縣（悅來鎮） 撫遠縣（撫遠鎮） 樺南縣（樺南鎮） 湯原縣（湯原鎮）
七臺河市 轄3個市轄區、1個縣。市政府駐桃山區。
桃山區 新興區 茄子河區
勃利縣（勃利鎮）
黑 河 市 轄1個市轄區、3個縣，代管2個縣級市。市政府駐愛輝區。
愛輝區
北安市 五大連池市（青山鎮）
遜克縣（邊疆鎮） 嫩江縣（嫩江鎮） 孫吳縣（孫吳鎮）
綏 化 市 轄1個市轄區、6個縣，代管3個縣級市。市政府駐北林區。
北林區
安達市（安達鎮） 肇東市（肇東鎮） 海倫市（海倫鎮）
綏棱縣（綏棱鎮） 蘭西縣（蘭西鎮） 明水縣（明水鎮） 青岡縣（青岡鎮）
慶安縣（慶安鎮） 望奎縣（望奎鎮）
大興安嶺地區 轄3個縣。地區公署駐加格達奇。
呼瑪縣（呼瑪鎮） 塔河縣（塔河鎮） 漠河縣（西林吉鎮）
行政區劃變更情況
★2006年7月27日，《國務院關于同意黑龍江省調整佳木斯市部分行政區劃的批復》（國函[2006]63號）：同意撤銷佳木斯市永紅區，將其所轄行政區域劃歸佳木斯市郊區管轄。郊區人民政府駐友誼路。
★2006年8月15日，《國務院關于同意黑龍江省調整哈爾濱市部分行政區劃的批復》（國函[2006]73號）：一、同意撤銷哈爾濱市動力區、香坊區，組建新的香坊區。以原動力區和香坊區的行政區域為新設香坊區的行政區域。香坊區人民政府駐香坊大街。二、將阿城市永源鎮、巨源鎮劃歸哈爾濱市道外區管轄。三、撤銷阿城市，設立哈爾濱市阿城區。以原阿城市（不包括永源鎮、巨源鎮）的行政區域為阿城區的行政區域。阿城區人民政府駐民權大街。
◎2006年4月5日，《黑龍江省民政廳關于對黑河市撤銷嫩江縣種畜場設立長江鄉請示的批復》（黑民辦函[2006]24號）：同意嫩江縣種畜場設立長江鄉，將聯興鄉的英山、金石村劃歸長江鄉管轄。長江鄉轄長江、福山、沿江、永福、清江、英山、金石7個村。鄉人民政府駐長江村。