香格里拉縣原名中甸縣，藏語稱“建塘”，相傳與巴塘、理塘系藏王三個兒子的封地。“甸”，似為彝語，意為“壩子”、“平地”。一說中甸系納西語，為“土地”的音譯，意為“酋長住地”或“飼養牦犏牛的地方”。香格里拉，是迪慶藏語，意為“心中的日月”。1993年，詹姆斯·希爾頓在其長篇小說《失去的地平線》中，首次描繪了一個遠在東方群山峻嶺之中的永恒和平寧靜之地“香格里拉”。

漢時為牦牛羌地。晉時為馬兒敢地。南北朝屬黨項部。隋屬南寧州總管府。唐初屬吐蕃神州都督地，唐南詔國為劍川節度使地。宋大理國為旦當（今香格里拉），屬善巨郡。元代稱“大旦當”，至元三十年（1293）改屬宣政院轄地吐蕃等路宣慰司。明中葉后為忠甸，屬云南布政司麗江軍民府。清康熙年間吳三桂以中甸地予達賴喇嘛，雍正四年（1726）劃歸麗江府。雍正五年（1727）4月，移劍川州判駐中甸，并劃歸鶴慶軍民府。雍正八年（1730）7月，鶴慶府屬迤西道。乾隆二十一年（1756）5月，于中甸地置中甸廳，設同知，復屬迤西道麗江府。

民國2年（1913）4月，中甸廳改為中甸縣，迤西道改為滇西道，中甸縣屬滇西道。民國3年（1914），滇西道改為騰越道，中甸縣屬之。民國18年（1929），裁騰越道直屬省。民國31年（1942）屬云南省第七行政督察區（駐麗江縣）。民國37年（1948）屬云南省第十三行政督察區（駐維西縣）。民國38年（1949）屬云南省第十行政督察區（駐鶴慶縣）。1950年5月10日，中甸和平解放，屬麗江專區。1956年9月11日國務院全體會議第37次會議決定：設置迪慶藏族自治州，自治州人民委員會駐中甸縣城。1957年9月13日，迪慶藏族自治州正式成立。1961年由維西縣劃入五境區（鄉）。2001年12月17日，民政部批準（民發[2001]348號）將中甸縣更名為香格里拉縣。

1996年，中甸縣面積11613平方千米，人口約12.2萬人，其中藏族占41.2%。轄2鎮、8鄉、1民族鄉：建塘鎮、虎跳峽鎮、格咱鄉、上江鄉、三壩納西族鄉、洛吉鄉、尼西鄉、東旺鄉、小中甸鄉、五境鄉、金江鄉。

2000年第五次人口普查，中甸縣常住總人口147416人，其中：建塘鎮47577人、虎跳峽鎮18438人、上江鄉10915人、金江鄉16084人、三壩鄉16732人、洛吉鄉4458人、小中甸鄉9267人、尼西鄉6631人、格咱鄉6710人、東旺鄉6675人、五境鄉3929人。

2002年小中甸鄉撤鄉建鎮（省政府2002年7月16日批準）、金江鄉撤鄉建鎮（省政府2002年8月20日批準）。2005年格咱鄉駐地由翁上村遷至格咱村（省政府2005年11月8日批準）。

2006年，香格里拉縣總面積11613平方千米，總人口15.41萬人。轄4個鎮、7個鄉（其中1個民族鄉）：建塘鎮、小中甸鎮、虎跳峽鎮、金江鎮、上江鄉、三壩納西族鄉、洛吉鄉、尼西鄉、格咱鄉、東旺鄉、五境鄉。共有6個居委會、58個行政村。

2010年第六次人口普查，香格里拉縣常住總人口172988人，其中：建塘鎮65189人，小中甸鎮10169人，虎跳峽鎮19922人，金江鎮16738人，上江鄉10462人，三壩鄉18597人，洛吉鄉4724人，尼西鄉8111人，格咱鄉8384人，東旺鄉6505人，五境鄉4187人。