晉寧縣歷史悠久，為古滇國文化發祥地之一。漢武帝時設立益州郡，郡治設在滇池縣（今晉寧縣晉城鎮）；昆陽則屬于建伶縣。三國蜀漢建興三年（225年）改益州郡為建寧郡，郡治遷往味縣（今曲靖市內），滇池縣和建伶縣仍歸建寧郡管轄。西晉永嘉二年（308年）改益州郡為晉寧郡，郡治在滇池縣。

唐武德四年（621年）置晉寧州，屬昆州管轄。昆陽改稱望(一作萬)水縣，屬鉤州管轄。天寶后期，兩地為南詔所有，晉寧改稱晉川，昆陽改稱渠濫川。大理國時，晉寧稱陽城堡，昆陽叫巨橋城，同屬鄯闡府。元代設晉寧州和昆陽州，明、清襲用，直到民國初。1913年廢道改州為縣，設晉寧縣和昆陽縣。

1949年12月18日，成立昆陽縣人民政府，1950年1月27日，成立晉寧縣人民政府。兩縣同屬滇中區，后改玉溪專區。1958年2月，昆陽、晉寧兩縣合并，縣名為晉寧，縣城設在昆陽，屬玉溪專區。1960年劃歸昆明市。

1983年4月，撤銷公社建制，改建為3個鎮和8個鄉。即：二街、寶峰、雙河、夕陽、上蒜、六街、新街、化樂8個鄉及昆陽、晉城、古城3個鎮（這時，原縣直轄鎮并入昆陽公社建為昆陽鎮），原公社所轄133個大隊改為134個村民委員會。1983年6月建的8個鄉3個鎮，改為11個區公所和兩個區轄鎮。即：二街、河西、中和、寶峰、雙河、夕陽、六街、上蒜、晉城、化樂、新街區公所，晉城區轄晉城鎮，中和區轄昆陽鎮。原鄉轄134個村委員會改建為125個鄉、4個辦事處（兩城區）。

1987年4月（1988年1月），晉寧縣撤區改鄉，全縣設二街、中和、寶峰、雙河、夕陽、上蒜、六街、化樂、新街9個鄉，昆陽、晉城、古城3個鎮。下轄129個辦事處、4個居委會、596個農業合作社。（一說，原區公所下轄125個鄉改為辦事處，4個城鎮辦事處不變）

1996年，晉寧縣面積1230.9平方千米，人口約25.1萬。轄3個鎮、9個鄉：昆陽鎮、晉城鎮、古城鎮、二街鄉、化樂鄉、中和鄉、寶峰鄉、雙河彝族鄉、夕陽彝族鄉、上蒜鄉、六街鄉、新街鄉。縣政府駐昆陽鎮。

2000年第五次人口普查，晉寧縣常住總人口267739人，其中：昆陽鎮22521人，古城鎮24623人，晉城鎮40784人，二街鄉15035人，中和鄉37538人，寶峰鄉16518人，雙河鄉9682人，夕陽鄉10696人，上蒜鄉33388人，六街鄉12132人，化樂鄉13252人，新街鄉31570人。

2000年末，晉寧縣人口83916戶265812人。轄3個鎮、9個鄉（其中2個民族鄉），4個居委會，129個村委會，528個自然村，618個村民小組。

2001年，寶峰鄉撤鄉設鎮。2001年，全縣轄4個鎮、8個鄉（其中2個民族鄉）：昆陽鎮、晉城鎮、古城鎮、寶峰鎮、中和鄉、二街鄉、上蒜鄉、六街鄉、化樂鄉、新街鄉、雙河彝族鄉、夕陽彝族鄉。

2006年1月20日，省政府批準同意撤銷中和鄉及古城鎮，其行政區域并入昆陽鎮，鎮政府駐原中和鄉政府駐地；撤銷化樂鄉，其行政區域并入晉城鎮，晉城鎮政府駐地不變。調整后全縣轄3個鎮、6個鄉（其中2個民族鄉）：昆陽鎮、晉城鎮、寶峰鎮、二街鄉、新街鄉、雙河彝族鄉、夕陽彝族鄉、上蒜鄉、六街鄉。共有4個居委會、129個行政村。全縣總面積1391平方千米，總人口28.02萬人。

2009年7月，撤銷寶峰鎮，其行政區域并入昆陽鎮；12月1日，撤銷二街鄉，設立二街鎮。

2010年第六次人口普查，晉寧縣常住總人口283784人，其中：昆陽鎮111142人，晉城鎮62057人，二街鎮15350人，新街鎮34510人，上蒜鎮33287人，六街鎮11374人，雙河彝族鄉8538人，夕陽彝族鄉7526人。

全縣現轄1個街道、4個鎮、2個民族鄉：昆陽街道、晉城鎮、二街鎮、上蒜鎮、六街鎮、雙河彝族鄉、夕陽彝族鄉。縣政府駐昆陽街道。2014年，晉城鎮被列為全國重點鎮。