三國吳永安三年（260年）析侯官縣置東安縣，縣治在今豐州。晉太康三年（282年）析建安郡置晉安郡，改東安縣為晉安縣，隸屬晉安郡。南朝梁天監年間（502—519年）析晉安郡南部置南安郡，以保持閩疆南部安定取稱，治所在今豐州鎮，領晉安等三縣，轄今之廈門、莆田、泉州、漳州一帶。隋開皇九年（589年）改郡為縣，轄地為今泉州市（德化除外）、莆田市、廈門市的大部分及長泰縣。

唐武德五年（622年）置豐州，州治在今豐州鎮，并析南安縣置莆田縣；豐州下轄莆田、南安、龍溪三縣。貞觀元年（627年）豐州并入泉州（州治今福州）。嗣圣初年（684）分出南安、莆田、龍溪三縣置武榮州，南安縣城豐州為武榮州治（故南安又別稱武榮）。久視元年（700年）又于南安縣置武榮州，州治遷往縣東南十五里處（今鯉城），下轄南安、莆田、龍溪、清流四縣。景云二年（711年），泉州改為閩州（治設今福州），武榮州改稱泉州（治設今福州）。開元六年（718年），析南安縣東南地置晉江縣。貞元十九年（803年），析南安西南四鄉置大同場。長慶二年（822年），析南安西北二鄉置桃林場。咸通五年（864年），析南安西二鄉置小溪場。乾符三年（876年）析南安縣武德鄉置武德場（后改武勝場、武安場）。

五代后梁開平二年（908年），封王審知為瑯琊王。翌年四月，梁封王審知為閩王，泉州為閩王國地。后唐長興四年（933年）升桃林場為桃源縣（938年改為永春縣）。后晉天福四年（939年），升大同場為同安縣。后晉開運二年（945年）九月，王繼勛以泉州降南唐。后漢乾佑二年（949年），南唐升泉州為清源軍。后周顯德二年（955年），升小溪場為清溪縣（1121年改為安溪縣）；升武安場為長泰縣，清源軍轄有九縣：南安、晉江、莆田、仙游、同安、德化、永春、清溪、長泰。宋乾德二年（964年），隸屬由清源軍改為平海軍。太平興國三年（978年），陳洪進占據閩南，乃復為泉州，屬威武軍。雍熙二年（985年），泉州改屬福建路，南安隸焉。

元朝至元十五年（1278年），置泉州路總管府，下轄南安等七個縣。大德元年（1297年）改福建行省為平海行中書省。至正十八年（1358年）設立泉州分省，明洪武二年（1369年），改泉州路為泉州府，南安仍隸泉州。清雍正十二年（1734年），永春縣升為直隸州，轄有德化、大田二縣。南安仍與晉江、惠安、同安、安溪等縣合為泉州。民國元年（1912年），廢府設道，南安屬南路道（民國3年屬廈門道）。民國14年，廢道，南安直屬福建省。民國23年，南安屬第五行政督察區；民國36年屬第四區。1931年，縣治曾遷于洪瀨兩個月，后又遷返豐州。1937年7月（一說1937年初）縣治遷縣治遷往溪美【豐州古城，系明朝嘉靖三十八年（1559年）南安知縣夏汝礪為防倭寇而筑。筑城之前，環城植柳為界，故別稱“柳城”。縣治遷溪美后，溪美別稱沿用“柳城”】。

1949年8月14日南安解放，先后屬泉州專區、晉江專區（地區）、泉州市。（1949年9月起屬福建省第五行政督察專員公署。1950年4月至1967年中，公署先后改稱泉州行政督察專員公署、晉江區專員公署、晉江專區專員公署，南安分別隸屬之。1967年中至1985年底，南安分別隸屬于晉江專區軍事管制委員會、晉江專區革命委員會、晉江地區革命委員會、晉江地區行政公署。1986年1月以后，南安隸屬泉州市人民政府）。1993年5月12日，國務院批準南安撤縣設市（縣級），以原南安縣的行政區域為南安市的行政區域。同年10月16日，南安市政府正式掛牌成立。南安市由福建省直轄，委托泉州市代管。