余姚歷史見于文獻(xiàn)記載從虞舜開始，先后有“舜耕歷山”、“禹藏秘圖”之說。春秋時期余姚屬越國，戰(zhàn)國中期余姚成為楚國轄地。余姚得名，說法不一：一、舜后支庶所封之地，舜姓姚，故“余姚”(見《元和郡縣圖志》、《史記正義》)；二、夏少康封少子無余于會稽，以奉禹記，姚乃其屬邑，故云余姚（見明萬歷《紹興府志》、《余姚縣志》)；三、“考余姚帝舜所生之地，故其江曰姚江，南有句余山、合山水之名為余姚”(見康熙新修余姚縣志，乾隆《余姚縣志》，黃宗羲《孟子師說·舜生諸馮章》和《四明山志》；四、“余姚”古越語。(見清李慈銘《越謾堂日記》)。“余”即“鹽”，越人謂鹽曰余(見《越絕書》)，又臨姚江，故稱余姚。
秦時置余姚縣（一說漢置），屬會稽郡。東漢建安五年（200）始筑縣城，為浙東古縣城之一。據(jù)《太平寰宇記》所載：唐初“余姚之境東包明州，西轄上虞，為越州巨鎮(zhèn)”。隋開皇九年（589）余姚并入句章縣，唐武德四年（621）置姚州。開元廿六年（738）余姚東北境白沙湖（白洋湖）、鳴鶴鄉(xiāng)劃入明州慈溪縣。長慶元年（821）上虞縣并入余姚縣，次年又從余姚劃出。宋為“望縣”，“東南最名邑”。宋時余姚境域，東西寬60里，南北長260里，自余姚縣城起，東至慶元（今寧波）府慈溪縣，府以桐下湖為界；西至上虞縣，以新橋為界；南至嵊縣以梨洲山為界；北至海。此后歷經(jīng)元、明、清，余姚境域無多大變化。
元元貞元年（1295年）改為余姚州。明洪武二年（1369年）廢州復(fù)縣。1911年11月8日（清宣統(tǒng)三年九月十八日）余姚“光復(fù)”。1949年1月1日，國民黨政府劃余姚南部四明山區(qū)以及上虞、鄞縣、嵊縣、奉化縣共15個鄉(xiāng)為四明縣；5月23日余姚解放；四明縣撤銷，各鄉(xiāng)還屬原各縣。1950年余姚縣庵東鹽區(qū)劃為縣級特區(qū)，直屬寧波專區(qū)，1953年7月庵東復(fù)為普通區(qū)，歸余姚縣管轄，1954年4月又劃寧波專區(qū)直接管轄。1954年10月寧波專員公署《關(guān)于劃建棉區(qū)縣和機(jī)場特區(qū)及調(diào)整余姚、慈溪、鎮(zhèn)海縣界草案》，余姚縣與慈溪縣調(diào)整縣界。余姚縣大沽塘以北產(chǎn)棉區(qū)整體劃給慈溪縣，計有逍林區(qū)15個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、滸山區(qū)16個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、周朝區(qū)17個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、周巷區(qū)5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、臨山區(qū)4個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、泗門區(qū)個8鄉(xiāng)鎮(zhèn)等共65個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。慈溪縣南部稻區(qū)、山區(qū)劃給余姚縣，計有城關(guān)區(qū)（慈城鎮(zhèn)）10個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、莊橋區(qū)2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、丈亭區(qū)9個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、陸埠區(qū)12個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、云山區(qū)9個鄉(xiāng)鎮(zhèn)等共42個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
1955年，余姚縣烏山鄉(xiāng)的虞家和金山庵2個自然村劃給慈溪縣；慈溪縣新界鄉(xiāng)所屬塘北、東頭庵跟2個自然村劃給余姚歷山鄉(xiāng)。1956年4月，上虞縣城關(guān)區(qū)（豐惠）永興鄉(xiāng)后陳、橫岙等村劃入余姚讓賢鄉(xiāng)，下管區(qū)四宅鄉(xiāng)黃家莊、董郭鄉(xiāng)大山嶺頂自然村劃歸余姚大嵐鄉(xiāng)。余姚縣大隱鄉(xiāng)所屬旭光、山前、星光、接勝、岐山、岐陽等11個農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社劃歸鄞縣。1960年奉化縣梨洲、北溪、平坑、唐田、茶塘、壺潭6個生產(chǎn)大隊，上虞縣的大山、龍?zhí)丁規(guī)r、溪山、陰地、糜山、戴王、長弄等8個生產(chǎn)大隊，嵊縣的棠溪、宓家山、楊湖等3個生產(chǎn)大隊劃給余姚縣；余姚縣慈城人民公社所轄的慈城鎮(zhèn)、乍山、鞍山、妙山、獅東、裘市劃歸寧波市。1979年9月20日，省革委會決定調(diào)整慈溪與余姚的部分行政區(qū)劃，余姚縣龍南區(qū)所屬的橫河、龍南、石堰、彭橋、彭東、樟樹、民主、橋頭等8個公社劃歸慈溪縣管轄；慈溪縣泗門區(qū)所屬泗門鎮(zhèn)、曹娥、朗海、鎮(zhèn)海、萬圣、夾塘、湖北、橫塘、臨海、蘭海、塘后等1鎮(zhèn)10公社劃歸余姚縣管轄。
1985年7月26日余姚撤縣設(shè)市，由寧波市代管。設(shè)9區(qū)、8個鎮(zhèn)、63個鄉(xiāng)。1996年，余姚市面積1527平方千米，人口約82.7萬人，轄20鎮(zhèn)2鄉(xiāng)：余姚鎮(zhèn)、黃家埠鎮(zhèn)、臨山鎮(zhèn)、泗門鎮(zhèn)、小曹娥鎮(zhèn)、朗霞鎮(zhèn)、低塘鎮(zhèn)、牟山鎮(zhèn)、馬渚鎮(zhèn)、老方橋鎮(zhèn)、丈亭鎮(zhèn)、三七市鎮(zhèn)、肖東鎮(zhèn)、梁輝鎮(zhèn)、陸埠鎮(zhèn)、河姆渡鎮(zhèn)、大隱鎮(zhèn)、梁弄鎮(zhèn)、大嵐鎮(zhèn)、四明山鎮(zhèn)、洪山鄉(xiāng)、鹿亭鄉(xiāng)。市政府駐余姚鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，余姚市總?cè)丝?52719人，其中：余姚鎮(zhèn)226425人、臨山鎮(zhèn)41929人、黃家埠鎮(zhèn)38574人、小曹娥鎮(zhèn)28306人、泗門鎮(zhèn)61334人、低塘鎮(zhèn)64319人、朗霞鎮(zhèn)39273人、馬渚鎮(zhèn)49111人、老方橋鎮(zhèn)14704人、牟山鎮(zhèn)19200人、丈亭鎮(zhèn)30952人、三七市鎮(zhèn)29493人、河姆渡鎮(zhèn)21104人、肖東鎮(zhèn)26537人、梁輝鎮(zhèn)39843人、大隱鎮(zhèn)8754人、陸埠鎮(zhèn)33853人、粱弄鎮(zhèn)30297人、大嵐鎮(zhèn)11433人、四明山鎮(zhèn)9928人、洪山鄉(xiāng)14153人、鹿亭鄉(xiāng)13197人。
2001年9月20日，浙政函[2001]189號批復(fù)同意余姚市部分行政區(qū)劃調(diào)整：撤銷余姚鎮(zhèn)、梁輝鎮(zhèn)、肖東鎮(zhèn)建制，改由余姚市政府直轄并設(shè)立東北、西北、東南、西南街道辦事處，作為余姚市政府的派出機(jī)構(gòu)：（1）東北街道辦事處：管理原余姚鎮(zhèn)姚江以北，中江、新建路以東的10村、11居，定址陽明東路401號。（2）西北街道辦事處：管理原余姚鎮(zhèn)姚江以北，中江、新建路以西的12村、20居，駐長安路22號（原余姚鎮(zhèn)址）。（3）東南街道辦事處：管理原余姚鎮(zhèn)姚江以南，南雷路、中山河以東和原梁輝鎮(zhèn)的20村、9居，駐山苑西路25號（原梁輝鎮(zhèn)址）。（4）西南街道辦事處：管理原余姚鎮(zhèn)姚江以南、南雷路、中山河以西和原肖東鎮(zhèn)的13村、8居，駐石婆橋中路39號（原肖東鎮(zhèn)址）。調(diào)整后城區(qū)面積從原108平方千米增加到248.11平方千米，常住人口從18.8萬人增加到29.27萬人。9月26日，4個街道辦事處正式掛牌成立。
2001年末，余姚市面積1346平方千米，總?cè)丝?2.80萬人，其中非農(nóng)業(yè)人口15.64萬人，轄4個街道、17個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)，83個居委會、269個行政村，市政府駐西南街道。2002年末，余姚市面積1346平方千米，總?cè)丝?2.60萬人，其中非農(nóng)業(yè)人口16.27萬人，轄4個街道、17個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)，59個居委會、269個行政村。
2003年4月29日，浙江省政府（浙政函[2003]67號）批復(fù)，同意余姚市部分行政區(qū)劃調(diào)整：（1）撤銷洪山鄉(xiāng)建制，并入陸埠鎮(zhèn)。調(diào)整后，陸埠鎮(zhèn)轄20個村、2個居委會，鎮(zhèn)政府駐地不變（鐘山東路）。（2）撤銷郎霞鎮(zhèn)建制，大廟周、水閣周2個村并入泗門鎮(zhèn)。調(diào)整后，泗門鎮(zhèn)轄16個村、4個居委會，鎮(zhèn)政府駐地不變（府前路18號）。（3）撤銷低塘鎮(zhèn)建制，和原郎霞鎮(zhèn)的其余行政區(qū)域改由余姚市政府直轄。在此區(qū)域內(nèi)設(shè)置郎霞、低塘2個街道辦事處，作為余姚市政府的派出機(jī)構(gòu)：①郎霞街道辦事處：管理范圍為原郎霞鎮(zhèn)的其余行政區(qū)域（新南王、趙家、新新、熊家街、干家路、郎霞、楊家、天華、天中等9個村，郎霞居委會）和原低塘鎮(zhèn)的部分行政區(qū)域（鎮(zhèn)西、邵巷、西墟、龍王堂等4個村），共13個村、1個居委會，辦事處駐朝陽路38號（原郎霞鎮(zhèn)政府駐地）。②低塘街道辦事處：管理范圍為原低塘鎮(zhèn)的其余行政區(qū)域（洋山、歷山、黃湖、黃清堰、蘆城、低塘、湯家閘、姆湖、鏌劍山、鄭巷、西鄭巷等11個村，低塘、直河路、歷山、鄭巷等4個居委會），共11個村、4個居委會，辦事處駐鎮(zhèn)北路98號（原低塘鎮(zhèn)政府駐地）。（4）調(diào)整西北街道辦事處：撤銷老方橋鎮(zhèn)建制，將其行政區(qū)域并入西北街道辦事處。調(diào)整后，西北街道辦事處共管理17個村、9個居委會（社區(qū)），辦事處駐地不變（長安路22號）。低塘、朗霞和東北、西北、東南、西南6個街道組成余姚中心城區(qū)，面積350平方千米，人口32.52萬人。2003年末，余姚市面積1346平方千米，人口82.43萬，其中非農(nóng)業(yè)人口16.44萬。轄6個街道、14個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)，52個居委會、269個行政村。
2004年末，余姚市總面積1346平方千米，總?cè)丝?2.59萬人。轄6個街道、14個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)：東北街道、西北街道、東南街道、西南街道、朗霞街道、低塘街道、小曹娥鎮(zhèn)、泗門鎮(zhèn)、臨山鎮(zhèn)、黃家埠鎮(zhèn)、低塘鎮(zhèn)、朗霞鎮(zhèn)、馬渚鎮(zhèn)、牟山鎮(zhèn)、丈亭鎮(zhèn)、三七市鎮(zhèn)、陸埠鎮(zhèn)、河姆渡鎮(zhèn)、梁弄鎮(zhèn)、大嵐鎮(zhèn)、四明山鎮(zhèn)、大隱鎮(zhèn)、鹿亭鄉(xiāng)。共有22個社區(qū)、31個居民區(qū)、268個行政村。
2005年11月15日，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，原東北街道更名為鳳山街道，西北街道更名為陽明街道，東南街道更名為梨洲街道，西南街道更名為蘭江街道。12月21日，余姚市人民政府公布老城區(qū)四街道更名公告（2006年1月1日正式更名）。2005年末，余姚市戶籍人口82.58萬人。轄6個街道、14個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)：鳳山街道、陽明街道、梨洲街道、蘭江街道、郎霞街道、低塘街道；臨山鎮(zhèn)、泗門鎮(zhèn)、馬渚鎮(zhèn)、牟山鎮(zhèn)、丈亭鎮(zhèn)、梁弄鎮(zhèn)、陸埠鎮(zhèn)、大隱鎮(zhèn)、大嵐鎮(zhèn)、河姆渡鎮(zhèn)、四明山鎮(zhèn)、小曹娥鎮(zhèn)、黃家埠鎮(zhèn)、三七市鎮(zhèn)；鹿亭鄉(xiāng)。共有52個居委會、265個村委會。市政府駐北蘭江路1號。