西周至戰國，轄境屬巴國地。周慎靚王五年（公元前316年）秦滅巴國，周赧王元年（公元前314年）秦在巴國舊域設縣治理，江州縣為其一，隸于巴郡。南齊永明五年（公元487年），改江州縣為墊江縣，北周武成三年（561年）又改墊江縣為巴縣，并廢枳縣入于巴縣。

巴縣新置時屬楚州巴郡，隋代屬渝州、巴郡，唐代屬渝州、南平郡、渝州，宋代屬渝州、恭州、重慶府。元代屬重慶路，明清時期屬重慶府；辛亥革命后由重慶蜀軍政府直轄，民國2年屬川東道（后改為東川道），民國17年屬四川省；解放初屬川東區巴縣專區，旋屬璧山專區，1951年1月改屬重慶市，1953年2月劃屬四川省江津專區，1958年11月回屬重慶市。1994年12月17日，國務院（國函[1994]138號）批準同意撤銷巴縣，設立重慶市巴南區。

1995年1月6日　四川省人民政府作出《關于同意調整重慶市行政區劃的批復》（川府函[1995]4號）：經省人民政府研究并報國務院批準，同意撤銷巴縣，設立巴南區。1月18日，重慶市人民政府發出《關于我市實施行政區劃調整的通知》（重府發[1995]7號）。《通知》明確涉及到原巴縣和新設立巴南區的調整是：將原巴縣位于長江以北的19個鄉鎮分別劃入沙坪壩、大渡口、九龍坡三區；將原巴縣的長生橋、迎龍、廣陽3鎮劃歸南岸區；新設立的巴南區轄原巴縣長江以南27個鎮、12個鄉及九龍坡區劃入的李家沱、土橋街道辦事處和花溪、南泉兩鎮；區政府駐魚洞。

【縣治、區政府所在地】自周赧王元年（公元前314年）起至民國28年（1939年）間，均設縣治于今重慶市渝中區解放東路，歷與郡、州、路、府同城而治，并為附廓大縣。此后治地多遷。民國28年，按國民政府令，縣政府遷至市外辦公，暫住人和鄉（今九龍坡區華巖鎮），民國30年遷駐新治李家沱馬王坪。解放后由于市縣界變動，于1952年10月暫遷南溫泉，1954年1月遷駐魚洞鎮。撤縣設區后，區政府仍駐魚洞鎮（2001年改為魚洞街道）。2009年11月16日，《國務院關于同意重慶市巴南區人民政府駐地遷移的批復》（國函[2009]136號）同意重慶市巴南區人民政府駐地由新市街遷至龍海大道。

【境域變遷】巴縣新置時，幅員遼闊，轄今之渝中區、江北區、沙坪壩區、九龍坡區、大渡口區、巴南區、南岸區、渝北區、北碚區大部、璧山縣、長壽縣和涪陵市枳城區、李渡區、南川市、武隆縣所屬區域。北周保定四年（564年），劃出今涪陵市枳城區、李渡區、武隆縣所屬區域，置涪陵鎮。唐武德元年（618年）、武德三年（620年）、貞觀四年（630年）、貞觀十一年（637年）、至德二年（757年），劃出今長壽縣、南川市所屬區域及中梁山以西大部分地區，先后分置永安、樂溫、溫山、南平、隆化、璧山諸縣。

元至元二十二年（1285年）廢壁山，其地并入。明成化十九年（1483年），劃出縉云山以西境域，復置璧山縣。清乾隆二十四年（1759年），劃出今江北區、渝北區所屬區域及北碚區所轄嘉陵江以北地區，置江北廳，又劃出祥里部分地區（宋代依來鄉）隸璧山縣。民國18年（1929年）重慶建市，自民國21年市縣劃界起至1960年的28年間，迭經市縣界變動和鄰縣縣界調整，先后劃出縣境中梁山與長江、嘉陵江之間除今跳蹬鎮以外的地區（含當時的重慶城區）、今歇馬鎮及其以北的地區、今南泉鎮及沿銅鑼山至峽口鎮的沿江地區、高歇和馬鬃兩鄉所屬區域。其間于1953年，原屬北碚市的關口鄉劃入巴縣。至1994年，縣境東西寬73千米，南北長70千米，幅員面積2551.26平方千米，仍三面環繞重慶市區。

1994年12月，改巴縣為重慶市巴南區，并在1995年2-3月間相應進行轄區調整，劃出原巴縣所轄長江以北的全部境域和長江以南的長生橋、迎龍、廣陽3鎮所屬區域，劃入九龍坡區所屬長江南岸的地區（除二塘村劃歸南岸區外），遂成今之巴南區域。