1993年，巴縣撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)（川府民政[1993]49號(hào)）：撤銷(xiāo)銅罐驛、白市驛、虎溪、青木關(guān)、長(zhǎng)生橋、不洞、姜家、接龍、一品、界石等十個(gè)區(qū)公所。撤銷(xiāo)元明等六十個(gè)鄉(xiāng)和白沙沱鎮(zhèn)。新建陶家等三十六個(gè)鎮(zhèn)。擴(kuò)大五個(gè)鎮(zhèn)和一個(gè)鄉(xiāng)的行政區(qū)域。保留銅罐驛等六鎮(zhèn)和石板等十三鄉(xiāng)，其政府駐地和行政區(qū)域不變。
1995年，撤銷(xiāo)巴縣，設(shè)立重慶市巴南區(qū)，巴南區(qū)轄原巴縣的魚(yú)洞、鹿角、惠民、林洞、青山、豐盛、雙河口、麻柳嘴、二圣、五布、樂(lè)泉、姜家、天星寺、天賜、接龍、小觀、花石、石龍、石灘、一品、安瀾、跳石、圣燈山、百節(jié)、界石、南彭、公平27個(gè)鎮(zhèn)和清溪、清和、白鶴塘、涼水、雙新、和平橋、龍崗、陳家、仁流、南龍、忠興、石崗12個(gè)鄉(xiāng)，從九龍坡區(qū)劃入的李家沱、土橋2個(gè)街道辦事處和花溪、南泉2個(gè)鎮(zhèn)，區(qū)政府駐魚(yú)洞鎮(zhèn)。
2000年，巴南區(qū)轄李家沱、土橋2個(gè)街道，魚(yú)洞、鹿角、惠民、木洞、青山、豐盛、二圣、雙河口、麻柳嘴、五布、東泉、姜家、天星寺、天賜、接龍、小觀、花石、石龍、石灘、一品、安瀾、跳石、圣燈山、百節(jié)、界石、南彭、公平、花溪、南泉29個(gè)鎮(zhèn)和清溪、清和、白鶴塘、涼水、雙新、和平橋、龍崗、陳家、仁流、南龍、忠興、石崗12個(gè)鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，巴南區(qū)常住總?cè)丝?86447人，其中：李家沱街道43032人、土橋街道38518人、魚(yú)洞鎮(zhèn)139575人、花溪鎮(zhèn)53123人、南泉鎮(zhèn)19307人、界石鎮(zhèn)27951人、公平鎮(zhèn)14164人、百節(jié)鎮(zhèn)15539人、一品鎮(zhèn)21159人、鹿角鎮(zhèn)25649人、惠民鎮(zhèn)28148人、青山鎮(zhèn)21728人、木洞鎮(zhèn)25403人、雙河口鎮(zhèn)20371人、麻柳嘴鎮(zhèn)17222人、豐盛鎮(zhèn)22293人、天賜鎮(zhèn)9196人、東泉鎮(zhèn)13685人、五布鎮(zhèn)11876人、二圣鎮(zhèn)23564人、姜家鎮(zhèn)18348人、天星寺鎮(zhèn)14597人、接龍鎮(zhèn)23729人、石灘鎮(zhèn)11300人、花石鎮(zhèn)11111人、石龍鎮(zhèn)20312人、小觀鎮(zhèn)13658人、安瀾鎮(zhèn)11705人、圣燈山鎮(zhèn)8463人、跳石鎮(zhèn)19792人、南彭鎮(zhèn)25142人、清溪鄉(xiāng)10644人、白鶴塘鄉(xiāng)5577人、清和鄉(xiāng)6572人、和平橋鄉(xiāng)9108人、雙新鄉(xiāng)7884人、涼水鄉(xiāng)9116人、龍崗鄉(xiāng)11021人、南龍鄉(xiāng)11404人、仁流鄉(xiāng)9348人、陳家鄉(xiāng)8081人、石崗鄉(xiāng)14054人、忠興鄉(xiāng)13978人。
2001年行政區(qū)劃調(diào)整后，全區(qū)轄李家沱、魚(yú)洞2個(gè)街道和花溪、南泉、惠民、木洞、麻柳嘴、雙河口、豐盛、東泉、姜家、天星寺、二圣、接龍、石灘、石龍、一品、安瀾、跳石、界石、南彭19個(gè)鎮(zhèn)。
2002年11月20日，重慶市政府（渝府[2002]193號(hào)）批復(fù)同意將石龍鎮(zhèn)后溝村劃歸石灘鎮(zhèn)管轄。2002年末，巴南區(qū)戶籍總?cè)丝?5.73萬(wàn)人，其中非農(nóng)業(yè)人口23.71萬(wàn)人。轄2個(gè)街道、19個(gè)鎮(zhèn)，76個(gè)居委會(huì)、341個(gè)行政村。
2008年6月16日，重慶市政府（渝府[2008]79號(hào)）批準(zhǔn)同意南泉鎮(zhèn)政府駐地由南泉正街68號(hào)遷至鹿角社區(qū)富源街67號(hào)。2008年末，全區(qū)轄2個(gè)街道、19個(gè)鎮(zhèn)：魚(yú)洞街道、李家沱街道、花溪鎮(zhèn)、南泉鎮(zhèn)、界石鎮(zhèn)、一品鎮(zhèn)、南彭鎮(zhèn)、惠民鎮(zhèn)、安瀾鎮(zhèn)、跳石鎮(zhèn)、木洞鎮(zhèn)、雙河口鎮(zhèn)、麻柳嘴鎮(zhèn)、豐盛鎮(zhèn)、二圣鎮(zhèn)、東泉鎮(zhèn)、姜家鎮(zhèn)、天星寺鎮(zhèn)、接龍鎮(zhèn)、石灘鎮(zhèn)、石龍鎮(zhèn)。區(qū)政府駐魚(yú)洞街道。
2009年3月2日，重慶市政府（渝府[2009]33號(hào)）批準(zhǔn)同意撤銷(xiāo)花溪鎮(zhèn)、南泉鎮(zhèn)、南彭鎮(zhèn)、惠民鎮(zhèn)、一品鎮(zhèn)，設(shè)立花溪街道、南泉街道、南彭街道、惠民街道、一品街道；調(diào)整魚(yú)洞街道、李家沱街道的行政區(qū)域范圍，新設(shè)立龍洲灣街道。調(diào)整后，全區(qū)轄8個(gè)街道、14個(gè)鎮(zhèn)：魚(yú)洞街道、李家沱街道、龍洲灣街道、花溪街道、南泉街道、南彭街道、惠民街道、一品街道、界石鎮(zhèn)、安瀾鎮(zhèn)、跳石鎮(zhèn)、木洞鎮(zhèn)、雙河口鎮(zhèn)、麻柳嘴鎮(zhèn)、豐盛鎮(zhèn)、二圣鎮(zhèn)、東泉鎮(zhèn)、姜家鎮(zhèn)、天星寺鎮(zhèn)、接龍鎮(zhèn)、石灘鎮(zhèn)、石龍鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，巴南區(qū)常住總?cè)丝?18692人，其中：龍洲灣街道42786人，魚(yú)洞街道171363人，花溪街道130637人，李家沱街道89213人，南泉街道53056人，一品街道21648人，南彭街道46786人，惠民街道23017人，界石鎮(zhèn)47636人，安瀾鎮(zhèn)31546人，跳石鎮(zhèn)28825人，木洞鎮(zhèn)36704人，雙河口鎮(zhèn)12739人，麻柳嘴鎮(zhèn)18847人，豐盛鎮(zhèn)13649人，二圣鎮(zhèn)16461人，東泉鎮(zhèn)29134人，姜家鎮(zhèn)16518人，天星寺鎮(zhèn)8383人，接龍鎮(zhèn)48018人，石灘鎮(zhèn)11295人，石龍鎮(zhèn)20431人。