古為羌地，從西漢至清代，歷屬臨羌、西都、鄯城、西寧等縣，民國十九年（1930年）從西寧縣析置互助縣。1949年仍設互助縣屬省直轄。1953年改設互助土族自治區，1955年改為互助土族自治縣，1960年劃歸西寧市，1962年復歸省直轄，1978年劃歸海東地區。2013年屬地級海東市管轄。

1949年9月12日，互助解放，建立了人民政權，互助縣人民政府正式成立。從這時起至1951年元月，全縣設5個區、32個鄉（鎮）。1951年元月29日，劃為8個區、49個鄉（鎮）。1952年劃為12個區69個鄉（鎮）。1955年2月，全縣12個區統一更換名稱：第一區為卻藏灘區；第二區為五峰寺區；第三區為雙樹區；第四區為沙塘川區；第五區為哈拉直溝區；第六區為紅崖子溝區；第七區為丹麻區；第八區為威遠堡區；第九區為塘巴區；第十區為賀爾川區；第十一區為李二家堡區；第十二區為北山藏族自治區。

1956年10月18日，撤區并鄉，全縣原屬的12個區、69個鄉（鎮）合并成為29個鄉（鎮）。1958年5月17日，全縣由29個鄉（鎮）縮編為12個鄉（鎮）。

（根據《政區大典》整理，1996年左右資料）全縣面積3380平方千米，人口36萬人，以漢族為多，土族占總人口的17％，還有藏族、回族等。轄1個鎮、20個鄉（其中4個民族鄉）：威遠鎮、西山鄉、蔡家堡鄉、五峰鄉、雙樹鄉、沙塘川鄉、東山鄉、哈拉直溝鄉、紅崖子溝鄉、五十鄉、丹麻鄉、東溝鄉、東和鄉、林川鄉、臺子鄉、邊灘鄉、南門峽鄉、松多藏族鄉、加定藏族鄉、巴扎藏族鄉、高寨回族鄉。縣政府駐威遠鎮。（共有294個行政村）

1999年末，互助土族自治縣面積3320平方千米，人口368106人（根據青海省志），轄1個鎮和20個鄉。

2000年第五次人口普查，互助土族自治縣總人口357089人，其中：威遠鎮51318人、雙樹鄉18264人、沙塘川鄉19293人、高寨回族鄉12170人、紅崖子溝鄉17909人、五十鄉17527人、哈拉直溝鄉14657人、松多藏族鄉6837人、東山鄉11328人、丹麻鄉21033人、東和鄉17478人、東溝鄉20186人、林川鄉12579人、邊灘鄉13538人、南門峽鄉19993人、臺子鄉21690人、五峰鄉22511人、西山鄉18036人、蔡家堡鄉8214人、加定藏族鄉7426人、巴扎藏族鄉5102人。

2001年3月19日，青海省政府青政函[2001]20號文批復：撤銷高寨回族鄉、加定藏族鄉、南門峽鄉和丹麻鄉，分別設立高寨鎮、加定鎮、南門峽鎮和丹麻鎮。

2001年末，互助土族自治縣轄5個鎮、16個鄉（其中2個民族鄉）：威遠鎮、丹麻鎮、高寨鎮、南門峽鎮、加定鎮、雙樹鄉、沙塘川鄉、紅崖子溝鄉、五十鄉、哈拉直溝鄉、松多藏族鄉、東山鄉、東和鄉、東溝鄉、林川鄉、邊灘鄉、臺子鄉、五峰鄉、西山鄉、蔡家堡鄉、巴扎藏族鄉。共有2個社區、295個行政村。

2006年8月，互助縣撤銷邊灘鄉，并入林川鄉；撤銷五十鄉，設立五十鎮；撤銷五峰鄉，設立五峰鎮；撤銷雙樹鄉、沙塘川鄉，合并設立塘川鎮（鎮政府駐原沙塘川鄉駐地）。調整后，全縣轄8個鎮、11個鄉（其中2個民族鄉）：威遠鎮、丹麻鎮、高寨鎮、南門峽鎮、加定鎮、五十鎮、五峰鎮、塘川鎮、紅崖子溝鄉、哈拉直溝鄉、松多藏族鄉、東山鄉、東和鄉、東溝鄉、林川鄉、臺子鄉、西山鄉、蔡家堡鄉、巴扎藏族鄉。