歷史上隸屬海陵縣。清乾隆三十三年（1768年）置東臺縣。1987年12月17日，國務院批復（國函[1987]202號）同意撤銷東臺縣，設立東臺市（縣級）。由地級市鹽城市代管。1988年3月，經國務院批準，東臺市列為沿海開放區范圍。8月17日，省人民政府批準，東臺市從1989年起實行計劃單列，享有省轄市同等計劃管理權限，并承擔相當的義務和責任，行政隸屬關系不變。
新中國建立后，縣以下設區，區轄鄉鎮。1958年“大躍進”時期撤區鄉建置改為公社，下轄生產大隊、生產隊。1983年農村實行經濟體制改革，政社分設重新恢復鄉鎮村組制。1987年，東臺市轄12個鎮、18個鄉，735個行政村。
1996年，東臺市面積2308平方千米，人口117萬人。轄22個鎮、8個鄉：東臺鎮、弶（jiang）港塘、唐洋鎮、時堰鎮、五烈鎮、南沈灶鎮、頭灶鎮、四灶鎮、后港鎮、三倉鎮、臺東鎮、梁垛鎮、曹丿鎮、安豐鎮、富安鎮、溱東鎮、新街鎮、許河鎮、海豐鎮、富東鎮、范公鎮、臺南鎮、新曹鄉、新東鄉、新農鄉、海堤鄉、八里鄉、廣山鄉、六灶鄉、廉貽鄉。市政府駐東臺鎮。
2000年第五次人口普查，東臺市總人口1164653人，其中（28個鎮）：東臺鎮147979人，溱東鎮43072人，時埝鎮42344人，后港鎮30479人，臺南鎮41757人，廣山鎮24233人，廉貽鎮35413人，五烈鎮33532人，范公鎮26002人，臺東鎮46938人，梁垛鎮43913人，安豐鎮53755人，南沈灶鎮53386人，富安鎮66833人，富東鎮31569人，唐洋鎮51973人，新街鎮44060人，許河鎮50830人，三倉鎮55608人，新農鎮20812人，新曹鎮21019人，曹丿鎮32404人，六灶鎮25059人，頭灶鎮22553人，四灶鎮39116人，海豐鎮25808人，新東鎮10832人，弶港鎮19565人，新曹農場17741人，弶港農場6068人。
2004年末，全市總人口115.94萬人。溱東鎮面積75.744平方千米，人口43493人。時堰鎮面積58.666平方千米，人口42912人。后港鎮面積43.618平方千米，人口30612人。臺南鎮面積63.413平方千米，人口43138人。廣山鎮面積36.448平方千米，人口23897人。廉怡鎮面積53.561平方千米，人口35295人。五烈鎮面積44.129平方千米，人口32868人。梁垛鎮面積68.800平方千米，人口44072人。安豐鎮面積71.214平方千米，人口53331人。南沈灶鎮面積103.239平方千米，人口54588人。富安鎮面積105.737平方千米，人口67835人。富東鎮面積64.248平方千米，人口31512人。唐洋鎮面積107.481平方千米，人口51921人。新街鎮面積102.892平方千米，人口43881人。許河鎮面積106.878平方千米，人口49672人。三倉鎮面積157.080平方千米，人口74410人。新曹鎮面積69.034平方千米，人口19077人。曹撇鎮面積83.663平方千米，人口31804人。頭灶鎮面積123.161平方千米，人口47248人。四灶鎮面積77.803平方千米，人口38842人。海豐鎮面積61.318平方千米，人口25680人。弶港鎮面積105.879平方千米，人口27787人。東臺鎮面積138.253平方千米，人口219787人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）
2008年末，全市戶籍人口114.6萬人。轄溱東、時堰、后港、臺南、廣山、廉貽、五烈、梁垛、安豐、南沈灶、富安、富東、唐洋、新街、許河、三倉、新曹、曹丿、頭灶、四灶、海豐、弶港、東臺鎮23個鎮，共有392個行政村、42個居委會，3517個村民小組。境內駐有江蘇省屬弶港農場、新曹農場。
2009年末，東臺市總面積3221平方千米、總人口41.41萬戶、113.77萬人。其中：溱東鎮面積75.74平方千米、人口42723人，時堰鎮面積58.66平方千米、人口41540人，后港鎮面積43.62平方千米、人口29122人，臺南鎮面積63.41平方千米、人口42778人，廣山鎮面積36.45平方千米、人口23365人，廉貽鎮面積53.56平方千米、人口34757人，五烈鎮面積44平方千米、人口31843人，梁垛鎮面積68.8平方千米、人口42508人，安豐鎮面積71.21平方千米、人口52244人，南沈灶鎮面積103.23平方千米、人口52628人，富安鎮面積105.74平方千米、人口65972人，富東鎮面積64.24平方千米、人口30068人，唐洋鎮面積107.48平方千米、人口50519人，新街鎮面積102.89平方千米、人口42029人，許河鎮面積106.98平方千米、人口47985人，三倉鎮面積157平方千米、人口70563人，新曹鎮面積69.03平方千米、人口18131人，曹丿鎮面積83.66平方千米、人口30626人，頭灶鎮面積123.16平方千米、人口46815人，四灶鎮面積77.80平方千米、人口38186人，海豐鎮面積61.32平方千米、人口24835人，彌港鎮面積105.88平方千米、人口27114人，東臺鎮面積164平方千米、人口226670人。（數據來源于《江蘇省統計年鑒》）