1996年，瀾滄拉祜族自治縣轄2個鎮、21個鄉：勐朗鎮、上允鎮、安康佤族鄉、文東佤族鄉、富東鄉、雪林佤族鄉、東河鄉、大山鄉、木戛鄉、富幫鄉、謙六彝族鄉、新城鄉、竹塘鄉、南嶺鄉、拉巴鄉、東朗哈尼族鄉、雅口鄉、東回鄉、酒井哈尼族鄉、惠民哈尼族鄉。縣政府駐勐朗鎮。

2000年第五次人口普查，瀾滄拉祜族自治縣常住總人口464016人，其中：勐朗鎮45278人，上允鎮45090人，東朗哈尼族鄉20463人，謙六彝族鄉20693人，新城鄉23850人，東河鄉11964人，大山鄉20256人，南嶺鄉22888人，雅口鄉20658人，謙邁鄉11993人，酒井哈尼族鄉12740人，惠民哈尼族鄉14614人，東回鄉14635人，拉巴鄉13967人，竹塘鄉34683人，富邦鄉20464人，安康佤族鄉12669人，文東佤族鄉15233人，富東鄉16069人，雪林佤族鄉13782人，木戛鄉17560人，發展河哈尼族鄉14561人，糯福鄉16906人。

2000年末，全縣轄勐朗、上允2個鎮和東朗、東回、拉巴、謙六、新城、東河、大山、南嶺、雅口、謙邁、酒井、惠民、竹塘、富邦、安康、文東、富東、雪林、木戛、發展河、糯福21個鄉（其中民族鄉8個），下設157個村民委員會。總人口46.46萬人，其中農業人口40.64萬人，非農業人口5.82萬人。縣內居住著拉祜、漢、佤、哈尼等民族，少數民族人口35.89萬人，占總人口的77.3%，其中主體民族拉祜族19.85萬人，占總人口的42.7%。

2001年8月29日，經云南省人民政府批準，雅口鄉更名為糯扎渡鄉。2001年末，全縣轄2個鎮、13個鄉、8個民族鄉：勐朗鎮、上允鎮、富邦鄉、大山鄉、新城鄉、拉巴鄉、糯扎渡鄉、糯福鄉、竹塘鄉、富東鄉、木戛鄉、東河鄉、南嶺鄉、東回鄉、謙邁鄉、酒井哈尼族鄉、發展河哈尼族鄉、文東佤族鄉、雪林佤族鄉、惠民哈尼族鄉、東朗哈尼族鄉、安康佤族鄉、謙六彝族鄉。

2006年，撤銷勐郎鎮、東郎哈尼族鄉和謙邁鄉，設立新的勐朗鎮，新設立的勐朗鎮管轄原勐朗鎮、東朗哈尼族鄉管轄的行政區域范圍和原謙邁鄉看馬山、布老、包麥地3個村委會，鎮政府駐地不變；撤銷糯扎渡鄉，設立糯扎渡鎮，新設立的糯扎渡鎮管轄原糯扎渡鄉管轄的行政區域范圍和原謙邁鄉竜山、謙邁、落水洞3個村委會，鎮政府駐原糯扎渡鄉政府駐地；撤銷新城鄉，其行政區域并入謙六彝族鄉，謙六彝族鄉政府駐地不變（省政府2006年1月20日批準）。調整后，全縣轄3個鎮、17個鄉（其中7個民族鄉）：勐朗鎮、上允鎮、糯扎渡鎮、謙六彝族鄉、東河鄉、大山鄉、南嶺鄉、酒井哈尼族鄉、惠民哈尼族鄉、東回鄉、拉巴鄉、竹塘鄉、富邦鄉、安康佤族鄉、文東佤族鄉、富東鄉、雪林佤族鄉、木戛鄉、發展河哈尼族鄉、糯福鄉，以及勐根農場。共有3個居委會、155個行政村。縣政府駐勐朗鎮。

2010年第六次人口普查，瀾滄拉祜族自治縣常住總人口491884人，其中：勐朗鎮86877人，上允鎮44918人，糯扎渡鎮29703人，發展河哈尼族鄉15483人，謙六彝族鄉48090人，糯福鄉18529人，東河鄉14771人，大山鄉15980人，南嶺鄉24059人，雪林佤族鄉14158人，木戛鄉16180人，酒井哈尼族鄉13716人，惠民哈尼族鄉17303人，東回鄉15380人，拉巴鄉14636人，竹塘鄉35766人，富邦鄉21828人，安康佤族鄉13236人，文東佤族鄉14517人，富東鄉16754人。

2012年末，云南省政府批復同意撤銷東回鄉，設立東回鎮（云政復[2012]82號）；撤銷惠民哈尼族鄉，設立惠民鎮（云政復[2012]83號）。調整后，全縣轄5個鎮、15個鄉（其中6個民族鄉）：勐朗鎮、上允鎮、糯扎渡鎮、惠民鎮、東回鎮、謙六彝族鄉、東河鄉、大山鄉、南嶺鄉、酒井哈尼族鄉、拉巴鄉、竹塘鄉、富邦鄉、安康佤族鄉、文東佤族鄉、富東鄉、雪林佤族鄉、木戛鄉、發展河哈尼族鄉、糯福鄉。