夏朝屬酆（豐）域之地；殷商、西周為蜀地。春秋時屬楚之酆地，戰(zhàn)國時歸楚郇陽地。秦時屬漢中郡轄地。西漢時屬漢中郡西城縣轄地。東漢末期（188年—220年）屬益州漢中郡。三國時屬郇陽轄地。西晉泰始二年（266年），分京兆南部及平陽北部設(shè)置豐陽縣，屬上洛郡，轄今山陽、鎮(zhèn)安、柞水。東晉建武元年（317年）撤豐陽縣，今鎮(zhèn)安屬上洛郡轄地。北魏太安二年（456年）復(fù)設(shè)豐陽縣，屬上庸郡。
武則天通天元年（696年）分豐陽西（即今柞水縣界牌灣以南、寧陜縣的東北部及鎮(zhèn)安縣轄地）置安業(yè)縣，屬商州。鎮(zhèn)安從此時起開始設(shè)縣。唐景龍二年（708年）安業(yè)縣屬京兆府，景云元年（710年）改屬商州。乾元元年（758年）改名乾元縣，屬京兆府，繼還屬商州。后漢乾佑二年（949年）改名乾佑縣，屬京兆府。北宋開寶九年（976年）屬永興軍路，南宋紹興十二年（1142年）屬京兆府路京兆府。金朝廢縣，降為乾佑鎮(zhèn)，入咸寧縣隸屬西安府。
元代，咸寧屬陜西行省；至元二十九年（1292年）復(fù)設(shè)乾佑縣，屬金州轄。明洪武八年（1375年），復(fù)為乾佑巡檢司，屬咸寧縣轄。景泰三年（1452年）秋，因咸寧、長安二縣民居分散，故在乾佑巡檢司北置鎮(zhèn)安縣，屬西安府，故治在今柞水縣南下梁鄉(xiāng)夜珠坪。天順七年（1463年）遷治謝家灣（即今永樂鎮(zhèn)）。成化十三年（1477年），改屬商州。清雍正三年（1725年）屬陜西省商州。
民國二年（1913年）屬漢中道。民國22年（1933年）廢除道的建制后，鎮(zhèn)安由陜西省直轄。民國24年（1935年）改屬陜西省第四行政督察專員公署管轄，至1949年。1949年11月，鎮(zhèn)安縣全境解放。中共縣委、縣政府駐地縣城前街原國民黨鎮(zhèn)安縣銀行（現(xiàn)鎮(zhèn)安縣工商銀行址），隸屬商洛地委、商洛行政督察專員公署領(lǐng)導(dǎo)。1958年12月，柞水縣并入。1961年9月，恢復(fù)柞水縣。1969年屬商洛地區(qū)。2001年屬商洛市。
1950年7月，全縣共組建10個區(qū)公所、101個鄉(xiāng)政權(quán)組織；8月，原金鳳區(qū)（鳳鎮(zhèn)）下轄仙人廟、獅子口、牛槽溝、穆家莊、瓦房口和原乾佑區(qū)轄下梁、東坪、石甕子等地劃歸柞水縣管轄。1952年3月鎮(zhèn)安縣進(jìn)行建國后第一次調(diào)整行政區(qū)劃，原以地名命名的區(qū)公所改為以阿拉伯?dāng)?shù)字的數(shù)序命名，并對部分鄉(xiāng)做了調(diào)整，縣轄10個區(qū)、93個鄉(xiāng)人民政府。1953年6月，鎮(zhèn)安縣進(jìn)行第二次行政區(qū)劃調(diào)整，增設(shè)肖臺（今柞水轄）、大坪、兩河、廟溝、余師5個區(qū)公所，新增棗園、李碥、霍臺、羅家、文家、大西、大寨、磨石8個鄉(xiāng)，撤銷馬鹿鄉(xiāng)（一半并入鐵廠鄉(xiāng)，一半并入兩河鄉(xiāng)）；縣轄15個區(qū)、100個鄉(xiāng)。
1955年4月，縣委、政府決定取消以數(shù)字為序名的稱謂，縣人民政府改稱為“鎮(zhèn)安縣人民委員會”，鄉(xiāng)人民政府改稱“鄉(xiāng)人民委員會”，全縣轄15個區(qū)、100個鄉(xiāng)。1956年3月，鎮(zhèn)安縣進(jìn)行第三次行政區(qū)劃調(diào)整，撤銷城關(guān)、霍臺、米糧、兩河、余師、廟溝6個區(qū)建制，撤并鄉(xiāng)35個；調(diào)整后縣轄9個區(qū)、65個鄉(xiāng)；5月，木王區(qū)后池鄉(xiāng)及栗扎鄉(xiāng)四政村劃歸寧陜縣管轄。1958年4月省人民委員會批準(zhǔn)把鎮(zhèn)安縣青銅區(qū)梅花鄉(xiāng)鎮(zhèn)旬24戶及轄區(qū)劃歸旬陽縣小河區(qū)管轄。
1958年12月，鎮(zhèn)安縣與柞水縣合并后，開展第四次行政區(qū)劃調(diào)整，擴(kuò)大公社規(guī)模，區(qū)公所改稱“公社”，鄉(xiāng)人民委員會改稱“管理區(qū)委員會”；同時，原縣直轄的4個鄉(xiāng)鎮(zhèn)也隨之撤銷；縣轄20個公社、104個管理區(qū)委員會。1961年8月，鎮(zhèn)安縣依照省、地《關(guān)于調(diào)整縣、社行政區(qū)劃的通知》，縮小公社轄區(qū)，成立黨的“區(qū)工作委員會”，區(qū)級不設(shè)行政機(jī)構(gòu)，管理區(qū)改稱“公社”，撤并部分區(qū)、社，縣轄13個區(qū)、82個公社。1961年9月，撤銷鎮(zhèn)安大縣，恢復(fù)鎮(zhèn)安、柞水縣建制與原行政區(qū)劃，將鎮(zhèn)安縣原轄的鳳鎮(zhèn)區(qū)劃歸柞水縣，柞水縣原轄的東川區(qū)劃歸鎮(zhèn)安；至此，鎮(zhèn)安縣轄8個區(qū)，45個公社，5個縣直轄公社。
1962年1月至5月，縣委、縣人民委員會按照商洛地委、專署《關(guān)于調(diào)整社、隊(duì)規(guī)模的通知》要求，共增設(shè)了老奄、青山等10個公社。1963年8月，為了便于管理，中共鎮(zhèn)安縣委、縣人民委員會遵照省人民委員會批復(fù)，從東川、柴坪和縣直屬公社劃出結(jié)子、云和鎮(zhèn)、蒿坪、紅洞、雙廟等5個公社增設(shè)云蓋區(qū)委、區(qū)公所，縣共轄9個區(qū)、60個公社。1966年5月，鎮(zhèn)安縣達(dá)仁區(qū)轄太平、紫荊兩個公社劃歸安康縣管轄；至此，鎮(zhèn)安縣境域：東62.5千米接山陽縣地界，南45千米接旬陽縣界，西113千米接寧陜縣界，北27.5千米接柞水縣界，下轄9個區(qū)、58個公社。1984年6月，將公社改為鄉(xiāng)，生產(chǎn)大隊(duì)、生產(chǎn)隊(duì)更名為行政村、村民小組。1984年12月，按照陜西省人民政府《關(guān)于同意成立鎮(zhèn)安縣永樂區(qū)的批復(fù)》精神，設(shè)立永樂區(qū)，將原回龍、午峪、城關(guān)3個縣直轄鄉(xiāng)與青銅區(qū)的長哨鄉(xiāng)、柴坪區(qū)的錫銅鄉(xiāng)劃歸永樂區(qū)管轄。
1996年，鎮(zhèn)安縣面積3477平方千米，人口28.3萬人，其中回族占3.4%。轄2鎮(zhèn)56鄉(xiāng)（含3個回族鄉(xiāng)）：永樂鎮(zhèn)、云蓋寺鎮(zhèn)、午峪鄉(xiāng)、回龍鄉(xiāng)、錫銅鄉(xiāng)、長哨鄉(xiāng)、鐵銅鄉(xiāng)、鐵廠鄉(xiāng)、張家鄉(xiāng)、高峰鄉(xiāng)、和坪鄉(xiāng)、西溝鄉(xiāng)、熨斗鄉(xiāng)、米糧鄉(xiāng)、白塔鄉(xiāng)、靈龍鄉(xiāng)、三義鄉(xiāng)、龍灣鄉(xiāng)、大坪鄉(xiāng)、巖屋鄉(xiāng)、程家回族鄉(xiāng)、西鎮(zhèn)鄉(xiāng)、 甘溝回族鄉(xiāng)、茅坪回族鄉(xiāng)、關(guān)坪河鄉(xiāng)、梅花鄉(xiāng)、銅關(guān)鄉(xiāng)、龍勝鄉(xiāng)、東坪鄉(xiāng)、月西鄉(xiāng)、結(jié)子鄉(xiāng)、紅洞鄉(xiāng)、雙廟鄉(xiāng)、蒿坪鄉(xiāng)、東河鄉(xiāng)、太白鄉(xiāng)、高河鄉(xiāng)、黃家灣鄉(xiāng)、崇家溝鄉(xiāng)、月河鄉(xiāng)、甘岔河鄉(xiāng)、東瓜鄉(xiāng)、柴坪鄉(xiāng)、松柏鄉(xiāng)、廟溝鄉(xiāng)、余師鄉(xiāng)、老庵鄉(xiāng)、紅廟鄉(xiāng)、象園鄉(xiāng)、雙河鄉(xiāng)、楓坪鄉(xiāng)、玉泉鄉(xiāng)、桃園鄉(xiāng)、朝陽鄉(xiāng)、鎮(zhèn)坪鄉(xiāng)、栗扎鄉(xiāng)、楊泗鄉(xiāng)、文家鄉(xiāng)。縣政府駐永樂鎮(zhèn)。
1997年5月，撤銷鐵廠、米糧、西口、青銅、永樂、云鎮(zhèn)、東川、柴坪、達(dá)仁、木王等10個區(qū)公所建制，撤銷長哨鄉(xiāng)、午峪鄉(xiāng)、錫銅鄉(xiāng)并入永樂鎮(zhèn)，撤銷紅洞鄉(xiāng)并入云蓋寺鎮(zhèn)，撤銷銅關(guān)鄉(xiāng)、梅花鄉(xiāng)、東坪鄉(xiāng)合并設(shè)立青銅關(guān)鎮(zhèn)，撤銷鐵廠鄉(xiāng)、鐵銅鄉(xiāng)合并設(shè)立鐵廠鎮(zhèn)，撤銷回龍鄉(xiāng)設(shè)立回龍鎮(zhèn)，撤銷高峰鄉(xiāng)、和坪鄉(xiāng)合并設(shè)立高峰鎮(zhèn)，撤銷大坪鄉(xiāng)、龍灣鄉(xiāng)、巖屋鄉(xiāng)合并設(shè)立大坪鎮(zhèn)，撤銷白塔鄉(xiāng)、米糧鄉(xiāng)、熨斗鄉(xiāng)合并設(shè)立米糧鎮(zhèn)，撤銷紅廟鄉(xiāng)、象園鄉(xiāng)、雙河鄉(xiāng)合并設(shè)立達(dá)仁鎮(zhèn)，撤銷東河鄉(xiāng)、高河鄉(xiāng)合并設(shè)立東川鎮(zhèn)，撤銷柴坪鄉(xiāng)、東瓜鄉(xiāng)、松柏鄉(xiāng)合并設(shè)立柴坪鎮(zhèn)，撤銷鎮(zhèn)坪鄉(xiāng)、朝陽鄉(xiāng)、栗扎鄉(xiāng)合并設(shè)立木王鎮(zhèn)，撤銷甘溝回族鄉(xiāng)（將其石景村劃歸西口回族鎮(zhèn)）、茅坪回族鄉(xiāng)合并設(shè)立茅坪回族鎮(zhèn)，撤銷西鎮(zhèn)鄉(xiāng)、程家回族鄉(xiāng)與甘溝回族鄉(xiāng)的石景村合并設(shè)立西口回族鎮(zhèn)，撤銷蒿坪鄉(xiāng)并入雙廟鄉(xiāng)，撤銷三義鄉(xiāng)并入靈龍鄉(xiāng)，撤銷老庵鄉(xiāng)、桃園鄉(xiāng)并入余師鄉(xiāng)，撤銷甘岔河鄉(xiāng)并入楊泗鄉(xiāng)，撤銷玉泉鄉(xiāng)并入楓坪鄉(xiāng)，撤銷崇家溝鄉(xiāng)、太白鄉(xiāng)并入黃家灣鄉(xiāng)。原有2鎮(zhèn)56鄉(xiāng)，只有2鎮(zhèn)15鄉(xiāng)建制保持不變（其中張家、西溝、關(guān)坪河、月西、龍勝、結(jié)子、月河、廟溝、文家9個鄉(xiāng)行政區(qū)劃保持不變），撤銷41個鄉(xiāng)，新設(shè)12個鎮(zhèn)。調(diào)整后，鎮(zhèn)安縣轄14個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)。
2000年第五次人口普查，鎮(zhèn)安縣常住總?cè)丝?76488人，其中：永樂鎮(zhèn)46093人、回龍鎮(zhèn)10270人、鐵廠鎮(zhèn)12818人、大坪鎮(zhèn)16616人、米糧鎮(zhèn)21170人、茅坪回族鎮(zhèn)8236人、西口回族鎮(zhèn)12309人、高峰鎮(zhèn)10821人、青銅關(guān)鎮(zhèn)13250人、柴坪鎮(zhèn)11263人、達(dá)仁鎮(zhèn)8489人、木王鎮(zhèn)8775人、東川鎮(zhèn)5896人、云蓋寺鎮(zhèn)12487人、靈龍鄉(xiāng)11381人、西溝鄉(xiāng)2867人、關(guān)坪河鄉(xiāng)5947人、張家鄉(xiāng)9194人、月西鄉(xiāng)3199人、龍勝鄉(xiāng)2942人、余師鄉(xiāng)5302人、楓坪鄉(xiāng)3636人、文家鄉(xiāng)3096人、楊泗鄉(xiāng)2639人、月河鄉(xiāng)2160人、黃家灣鄉(xiāng)6543人、廟溝鄉(xiāng)6559人、雙廟鄉(xiāng)3796人、結(jié)子鄉(xiāng)8734人。
2001年11月，根據(jù)陜西省民政廳《關(guān)于鎮(zhèn)安縣撤并鄉(xiāng)、鎮(zhèn)方案的批復(fù)》：撤銷月西鄉(xiāng)，并入青銅關(guān)鎮(zhèn)；撤銷雙廟鄉(xiāng)，并入廟溝鄉(xiāng)；撤銷文家鄉(xiāng)，并入余師鄉(xiāng)；撤銷楓坪鄉(xiāng)，并入達(dá)仁鎮(zhèn)。調(diào)整后，鎮(zhèn)安縣轄14個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)：永樂鎮(zhèn)、回龍鎮(zhèn)、鐵廠鎮(zhèn)、大坪鎮(zhèn)、米糧鎮(zhèn)、茅坪回族鎮(zhèn)、西口回族鎮(zhèn)、高峰鎮(zhèn)、青銅關(guān)鎮(zhèn)、柴坪鎮(zhèn)、達(dá)仁鎮(zhèn)、木王鎮(zhèn)、東川鎮(zhèn)、云蓋寺鎮(zhèn)、靈龍鄉(xiāng)、西溝鄉(xiāng)、關(guān)坪河鄉(xiāng)、張家鄉(xiāng)、龍勝鄉(xiāng)、余師鄉(xiāng)、楊泗鄉(xiāng)、月河鄉(xiāng)、黃家灣鄉(xiāng)、廟溝鄉(xiāng)、結(jié)子鄉(xiāng)。
2002年8月，鎮(zhèn)安縣政府決定，將原422個村調(diào)整為206個村，原2356個村民小組調(diào)整為1060個村民小組，設(shè)3個社區(qū)。2004年6月，全縣轄25個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，204個村、3個社區(qū)，1060個村民小組。2004年末，全縣總?cè)丝?8.3312萬人，其中漢族占95.8%，回族占近4.0%。2006年12月，鎮(zhèn)安縣轄14個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，3個社區(qū)、204個行政村，1060個村民小組。
2010年第六次人口普查，鎮(zhèn)安縣常住總?cè)丝?75862人，其中：永樂鎮(zhèn)63859人，回龍鎮(zhèn)10464人，鐵廠鎮(zhèn)12368人，大坪鎮(zhèn)13257人，米糧鎮(zhèn)18795人，茅坪回族鎮(zhèn)7991人，西口回族鎮(zhèn)10842人，高峰鎮(zhèn)8951人，青銅關(guān)鎮(zhèn)16548人，柴坪鎮(zhèn)10707人，達(dá)仁鎮(zhèn)11247人，木王鎮(zhèn)7320人，東川鎮(zhèn)5132人，云蓋寺鎮(zhèn)13079人，靈龍鄉(xiāng)10326人，西溝鄉(xiāng)2446人，關(guān)坪河鄉(xiāng)5587人，張家鄉(xiāng)8756人，龍勝鄉(xiāng)2930人，余師鄉(xiāng)7624人，楊泗鄉(xiāng)2236人，月河鄉(xiāng)1993人，黃家灣鄉(xiāng)6104人，廟溝鄉(xiāng)8995人，結(jié)子鄉(xiāng)8305人。
2011年，撤銷龍勝鄉(xiāng)并入青銅關(guān)鎮(zhèn)，撤銷西溝鄉(xiāng)并入米糧鎮(zhèn)，撤銷關(guān)坪河鄉(xiāng)并入茅坪回族鎮(zhèn)和西口回族鎮(zhèn)管轄，撤銷結(jié)子鄉(xiāng)并入永樂鎮(zhèn)，撤銷黃家灣鄉(xiāng)并入東川鎮(zhèn)，撤銷余師鄉(xiāng)并入柴坪鎮(zhèn)；撤銷廟溝鄉(xiāng)、張家鄉(xiāng)、靈龍鄉(xiāng)、月河鄉(xiāng)、楊泗鄉(xiāng)鄉(xiāng)的建制，相應(yīng)設(shè)立鎮(zhèn)的建制。調(diào)整后，鎮(zhèn)安縣轄19個鎮(zhèn)：永樂鎮(zhèn)、回龍鎮(zhèn)、鐵廠鎮(zhèn)、大坪鎮(zhèn)、米糧鎮(zhèn)、茅坪回族鎮(zhèn)、西口回族鎮(zhèn)、高峰鎮(zhèn)、青銅關(guān)鎮(zhèn)、柴坪鎮(zhèn)、達(dá)仁鎮(zhèn)、木王鎮(zhèn)、東川鎮(zhèn)、云蓋寺鎮(zhèn)、靈龍鎮(zhèn)、張家鎮(zhèn)、楊泗鎮(zhèn)、月河鎮(zhèn)、廟溝鎮(zhèn)。
2012年末，鎮(zhèn)安縣面積3487.9平方千米，戶籍人口298897人，常住人口27.59萬人。2013年末，鎮(zhèn)安縣轄19個鎮(zhèn)，共有6個社區(qū)、202個行政村，縣政府駐永樂鎮(zhèn)。
根據(jù)陜民發(fā)[2014]57號、陜民發(fā)[2015]9號、商政民發(fā)[2015]15號文件，撤銷永樂鎮(zhèn)，設(shè)立永樂街道，街道辦事處駐興隆寺；撤銷靈龍鎮(zhèn)，并入米糧鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐七里峽，將靈龍鎮(zhèn)三義村劃歸大坪鎮(zhèn)；撤銷張家鎮(zhèn)，并入高峰鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐兩河街；撤銷楊泗鎮(zhèn)，并入木王鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐木王街；撤銷合并月河鎮(zhèn)、東川鎮(zhèn)，鎮(zhèn)名月河鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐東川街；將柴坪鎮(zhèn)米糧寺、文家廟村劃歸木王鎮(zhèn)；在原靈龍鎮(zhèn)、月河鎮(zhèn)、楊泗鎮(zhèn)政府所在地分別設(shè)立便民服務(wù)中心；全縣撤并54個村，保留148個村、6個社區(qū)居委會。調(diào)整后，鎮(zhèn)安縣轄永樂街道1個街道和米糧、青銅關(guān)、茅坪回族、西口回族、云蓋寺、大坪、鐵廠、達(dá)仁、高峰、回龍、柴坪、木王、月河、廟溝鎮(zhèn)14個鎮(zhèn)，共有148個行政村、6個社區(qū)。