古為羌地，西漢時屬晉城郡，東漢屬西平郡，晉咸康元年（335年），在今群科鎮(zhèn)筑黃河城，并在今民和、化隆兩縣交界地區(qū)置黃河郡，管轄今化隆全境及黃河南岸部分地區(qū)（治黃河城），北魏時在今群科鎮(zhèn)古城置石城縣，轄今化隆縣西部地區(qū)，并在化隆東部置廣威縣（治今化隆縣甘都鎮(zhèn)），西魏改石城縣為化隆縣，隸湟河郡。

經(jīng)隋、唐、宋、元、明、清更名改隸。民國十八年（1929年）青海建省時更名巴燕縣，歸青海省轄。民國二十年（1931年）改為化隆縣。1949年9月4日化隆解放，化隆縣人民政府正式成立。1953年改設(shè)化隆回族自治區(qū)，1955年改稱自治縣，1978年劃歸海東地區(qū)。2013年屬地級海東市管轄。

1949年，全縣劃分為4個區(qū)，轄1個市、25個鄉(xiāng)，48個行政村，217個自然村。一區(qū)轄巴燕市、加合鄉(xiāng)、拉干鄉(xiāng)、金家莊鄉(xiāng)、謝家灘鄉(xiāng)、查主鄉(xiāng)、科沿溝鄉(xiāng)、塔白爾鄉(xiāng)；二區(qū)轄牙路乎鄉(xiāng)、拉木鄉(xiāng)、德恒倫鄉(xiāng)、阿什努鄉(xiāng)；三區(qū)轄多巴鄉(xiāng)、群科鄉(xiāng)、舍仁鄉(xiāng)、梅加鄉(xiāng)、昂思多鄉(xiāng)、德加鄉(xiāng)、二塘鄉(xiāng)、若力尕鄉(xiāng)；四區(qū)轄扎巴鄉(xiāng)、拉曲鄉(xiāng)、黑城鄉(xiāng)、查甫鄉(xiāng)、支扎鄉(xiāng)、下扎巴鄉(xiāng)。

全縣面積2740平方千米，人口21.4萬人（根據(jù)《政區(qū)大典》整理，1996年左右資料），其中回族占52％，還有藏族、漢族、撒拉族。轄3個鎮(zhèn)和18個鄉(xiāng)（其中5個藏族鄉(xiāng)）：巴燕鎮(zhèn)、群科鎮(zhèn)、甘都鎮(zhèn)、黑城鄉(xiāng)、德恒隆鄉(xiāng)、扎巴鄉(xiāng)、謝家灘鄉(xiāng)、加合鄉(xiāng)、二塘鄉(xiāng)、德加鄉(xiāng)、昂思多鄉(xiāng)、沙連堡鄉(xiāng)、阿什努鄉(xiāng)、石大倉鄉(xiāng)、初麻鄉(xiāng)、支扎藏族鄉(xiāng)、查甫藏族鄉(xiāng)、雄先藏族鄉(xiāng)、金源藏族鄉(xiāng)、塔加藏族鄉(xiāng)。縣政府駐巴燕鎮(zhèn)。

1996年末，全縣轄巴燕、群科、甘都3個鎮(zhèn)和牙什尕、扎巴、黑城、昂思多、德加、二塘、加合、謝家灘、德恒隆、沙連堡、阿什努、石大倉、初麻13個鄉(xiāng)及支扎、雄先、查甫、金源、塔加5個藏族鄉(xiāng)，共有368個行政村。1999年末，化隆回族自治縣面積2740平方千米，人口224584人。

2000年第五次人口普查，化隆回族自治縣總?cè)丝?13706人，其中：巴燕鎮(zhèn)19383人、群科鎮(zhèn)22440人、甘都鎮(zhèn)21899人、牙什尕鄉(xiāng)8846人、支扎藏族鄉(xiāng)2745人、雄先藏族鄉(xiāng)6255人、查甫藏族鄉(xiāng)6697人、扎巴鄉(xiāng)11270人、黑城鄉(xiāng)14047人、昂思多鄉(xiāng)10616人、德加鄉(xiāng)9159人、二塘鄉(xiāng)10896人、加合鄉(xiāng)14708人、謝家灘鄉(xiāng)7324人、德恒隆鄉(xiāng)13158人、沙連堡鄉(xiāng)6148人、阿什努鄉(xiāng)5310人、石大倉鄉(xiāng)6678人、初麻鄉(xiāng)6325人、金源藏族鄉(xiāng)6056人、塔加藏族鄉(xiāng)3746人。

2001年3月19日，青海省政府青政函[2001]20號文批復(fù)：撤銷化隆回族自治縣昂思多鄉(xiāng)，設(shè)立昂思多鎮(zhèn)；撤銷扎巴、黑城2鄉(xiāng)，其中將黑城鄉(xiāng)的12個村（四哈寧、乙沙東、拉曲一、拉曲二、香乙麻、扎讓、控隆溝、洛乎藏、大拉曲、阿卡拉、窯洞、拉讓灘）和扎巴鄉(xiāng)合并設(shè)立扎巴鎮(zhèn)；撤銷牙什尕鄉(xiāng)，與黑城鄉(xiāng)的6個村（上灘、城車、宗尕灘、拉公么、沙拉溝、完干灘）合并設(shè)立牙什尕鎮(zhèn)；撤銷加合鄉(xiāng)，并入巴燕鎮(zhèn)。2001年末，化隆回族自治縣轄6個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)（其中5個民族鄉(xiāng)），1個居委會、368個行政村。

2005年，化隆回族自治縣轄6個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)（其中5個民族鄉(xiāng)）：巴燕鎮(zhèn)、群科鎮(zhèn)、牙什尕鎮(zhèn)、甘都鎮(zhèn)、扎巴鎮(zhèn)、昂思多鎮(zhèn)、支扎藏族鄉(xiāng)、雄先藏族鄉(xiāng)、查甫藏族鄉(xiāng)、德加鄉(xiāng)、二塘鄉(xiāng)、謝家灘鄉(xiāng)、德恒隆鄉(xiāng)、沙連堡鄉(xiāng)、阿什奴鄉(xiāng)、石大倉鄉(xiāng)、初么鄉(xiāng)、金源藏族鄉(xiāng)、塔加藏族鄉(xiāng)；李家峽管委會、公伯峽管委會。

2006年8月，撤銷德加鄉(xiāng)，并入昂思多鎮(zhèn)；撤銷支扎藏族鄉(xiāng)，并入雄先藏族鄉(xiāng)。調(diào)整后，全縣轄6個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)（其中4個民族鄉(xiāng)）：巴燕鎮(zhèn)、群科鎮(zhèn)、牙什尕鎮(zhèn)、甘都鎮(zhèn)、扎巴鎮(zhèn)、昂思多鎮(zhèn)、雄先藏族鄉(xiāng)、初麻鄉(xiāng)、查甫藏族鄉(xiāng)、塔加藏族鄉(xiāng)、金源藏族鄉(xiāng)、二塘鄉(xiāng)、謝家灘鄉(xiāng)、德恒隆鄉(xiāng)、沙連堡鄉(xiāng)、阿什奴鄉(xiāng)、石大倉鄉(xiāng)；以及2個管委會：李家峽管委會、公伯峽管委會。