夏、商、周時，為少數民族游牧地，史稱“戎狄居地”。戰國時秦在今鹽池縣置昫衍縣，與烏氏縣同為寧夏地區有行政設置之始。秦始皇統一中國后，實行郡縣制，昫衍屬北地郡，漢同秦制。三國時，鹽池曾先后屬前趙、后趙、前秦、后秦。公元407年匈奴鐵費部赫連勃勃建立夏國，鹽池為其腹地。北魏統一北方后，置西安州，鹽池屬其管轄。西魏改西安州為鹽州。北周時，鹽池大部屬鹽州五原郡。隋廢五原郡，改置鹽川郡，鹽池屬其管轄。唐代，改鹽川郡為鹽州，此期間于神龍年間（公元705年或706年）在今鹽池縣西南部惠安堡置溫池縣，先后屬靈州、威州。今鹽池縣大部分屬鹽州五原縣，北宋及西夏建國后，鹽州屬其管轄。元代，鹽州并入環州。明朝正統八年（1443年）在今鹽池置花馬池營，成化年間再筑花馬池城（今鹽池縣城），弘治六年（1493年）改置為花馬池守御千戶所，正德二年（1507年）又改為寧夏后衛。清雍正時，廢衛所改稱州縣，寧夏后衛改為靈州花馬池分州，屬甘肅省朔方道（亦稱寧夏道）。
中華民國建立后于民國二年（1913年）將花馬池分州改置為鹽池縣。此時亦將原屬靈州管轄的惠安、鹽積、隰寧、萌城四堡劃歸鹽池縣管轄。1929年寧夏省建立，鹽池縣屬其管轄。1936年中國工農紅軍解放了鹽池，建立了工農政權（亦稱蘇維埃），不久，改為抗日民主政權，屬陜甘寧邊區三邊分區。此時國民黨寧夏省在惠安堡建立鹽池縣政府，管轄當時已被紅軍解放不久后撤退放棄的惠安堡、萌城堡等地，形成兩個鹽池縣并存的局面。1947年，國民黨蔣介石部進攻陜甘寧邊區，寧夏馬鴻逵部出兵配合，侵占了鹽池縣的大部分地區。因此，陜甘寧邊區鹽池縣政府遷至縣境南部山區李塬畔時，國民黨寧夏省鹽池縣政府遷至鹽池縣城。1949年8月，陜甘寧邊區收復鹽池（此前在1947年7月曾恢復過一次，時僅月余又撤退）。鹽池縣政府由山區返回縣城。9月，寧夏全省解放，中華人民共和國成立，陜甘寧邊區撤銷，并存13年之久的兩個鹽池縣的局面結束。
1951年，寧夏省撤銷并入甘肅省，鹽池縣屬甘肅省河東回族自治區。1955年河東回族自治區改為吳忠回族自治州，鹽池縣屬該州。1958年，寧夏回族自治區成立，鹽池縣直屬自治區。1972年銀南地區成立，鹽池縣屬銀南地區。1998年銀南地區改為地級吳忠市。
（* 資料出處：《寧夏現代政區變遷沿革》，馮茂著，寧夏人民出版社，1998年9月第1版，銀川）