隋開皇十八年（598年）改廣陵為邗江縣，得名于春秋吳王夫差開鑿之邗溝（又名邗江）。大業元年改江陽縣。南唐復置廣陵縣。宋神宗熙寧五年并入江都縣。1956年從江都縣析置邗江縣。2000年12月21日，國務院批準同意撤銷邗江縣，設立揚州市邗江區，以原邗江縣的行政區域為邗江區的行政區域，區人民政府駐蔣王鎮【2001年1月12日，江蘇省政府《關于撤銷邗江縣設立揚州市邗江區的通知》（蘇政發[2001]7號）批復同意撤銷邗江縣設立揚州市邗江區】。
1996年，邗江縣面積838平方千米，人口56.4萬人。轄16個鎮、10個鄉：蔣王鎮、公道鎮、槐泗鎮、瓜洲鎮、方巷鎮、杭集鎮、李典鎮、酒甸鎮、施橋鎮、頭橋鎮、沙頭鎮、汊河鎮、揚壽鎮、紅橋鎮、霍橋鎮、黃玨鎮、運西鄉、楊廟鄉、漁業鄉、新壩鄉、泰安鄉、六圩鄉、甘泉鄉、赤岸鄉、濱湖鄉、八里鄉。縣政府駐蔣王鎮。
1998年，撤銷濱湖鄉并入公道鎮。？年，新壩撤鄉設鎮，泰安撤鄉設鎮，甘泉撤鄉設鎮，八里撤鄉設鎮。調整后，邗江縣轄20個鎮、5個鄉。
2000年第五次人口普查，全區總人口545458人，其中：楊壽鎮20532人，甘泉鎮27134人，公道鎮21168人，黃玨鎮21601人，方巷鎮22075人，酒甸鎮23981人，槐泗鎮22585人，太安鎮19445人，蔣王鎮46349人，汊河鎮人，26085瓜洲鎮17596人，施橋鎮18994人，八里鎮19310人，霍橋鎮22995人，杭集鎮40366人，李典鎮18470人，沙頭鎮20047人，頭橋鎮23189人，紅橋鎮21377人，新壩鎮19295人，楊廟鄉23085人，赤岸鄉13653人，運西鄉20021人，六圩鄉13748人，漁業鄉2357人。
2001年5月9日，邗江區將25個鄉鎮調整為21個鎮：撤銷六圩鄉，將其原轄區域并入施橋鎮，鎮政府駐施橋鎮；撤銷漁業鄉，按屬地就近原則，將原漁業鄉所轄的沿湖村劃入黃玨鎮，將沿江村新壩部分劃入新壩鎮，將駐揚部分并入蔣王鎮；撤銷運西鄉，將其原轄區域并入瓜洲鎮，鎮政府駐瓜洲鎮，同時將原漁業鄉所轄沿江村瓜洲漁業作業區劃入瓜洲鎮；撤銷赤岸鄉，將其原轄區域并入公道鎮，鎮政府駐公道鎮；撤銷楊廟鄉，以其原轄區域設立楊廟鎮，鎮政府駐楊家廟。其他各鎮區域和鎮政府駐地不變。
2002年1月14日，揚州市人民政府《關于明確市開發區和廣陵區、郊區、邗江區行政管理區域的通知》（揚府發[2002]7號）：根據省政府《關于同意調整揚州市市區部分行政區劃的批復》（蘇政復[2001]221號）文件精神，揚州市明確揚州經濟開發區和廣陵區、郊區、邗江區行政管理區域。將邗江區施橋鎮、八里鎮劃歸揚州經濟開發區代管。邗江區行政管理區域范圍為：外圍東部以邵伯湖、高水河、芒稻河、夾江與江都市分界，西北部與高郵市毗鄰，西部與儀征市交界，南部以長江與鎮江交界；中部分別與廣陵區、郊區和揚州經濟開發區毗鄰。其行政管理區域756.94平方千米，人口49.43萬人。
2002年末，邗江區面積824平方千米；轄1個街道、19個鎮：邗上街道、瓜洲鎮、李典鎮、杭集鎮、公道鎮、頭橋鎮、汊河鎮、方巷鎮、槐泗鎮、酒甸鎮、蔣王鎮、沙頭鎮、紅橋鎮、霍橋鎮、楊壽鎮、黃玨鎮、新壩鎮、甘泉鎮、泰安鎮、楊廟鎮，共有28個居委會、164個村委會。
2003年，撤銷蔣王鎮，以其原轄區域分別設立蔣王街道辦事處、邗上街道辦事處；撤銷汊河鎮，以其原轄區域設立汊河街道辦事處；甘泉鎮與楊壽鎮合并設立甘泉鎮，鎮政府駐甘泉；方巷鎮與黃玨鎮合并設立方巷鎮，鎮政府駐方巷；槐泗鎮與酒甸鎮合并設立槐泗鎮，鎮政府駐酒甸；頭橋鎮與紅橋鎮合并設立頭橋鎮，鎮政府駐紅橋；李典鎮與新壩鎮合并設立李典鎮，鎮政府駐李典；沙頭鎮與霍橋鎮合并設立沙頭鎮，鎮政府駐沙頭。
2003年底，邗江區面積824平方千米；轄3個街道、11個鎮：邗上街道、汊河街道、蔣王街道、瓜洲鎮、李典鎮、杭集鎮、公道鎮、頭橋鎮、槐泗鎮、沙頭鎮、甘泉鎮、泰安鎮、方巷鎮、楊廟鎮，共有28個居委會、160個村委會。
2004年末，邗江區位于江蘇省中部，環繞揚州市區，東與江都毗連，南瀕長江，與鎮江隔江相望，西與儀征接壤，北與高郵相接，面積824平方千米，總人口491372人，轄3個街道、11個鎮。（以下數據來源《江蘇省統計年鑒》，此處蔣王、汊河仍為鎮，實際已經改設街道）蔣王鎮19.80平方千米/23529人，汊河鎮23.90平方千米/22843人，公道鎮66.00平方千米/35611人，方巷鎮75.54平方千米/46822人，槐泗鎮60.85平方千米/45444人，瓜洲鎮46.18平方千米/41950人，杭集鎮34.64平方千米/47169人，李典鎮57.29平方千米/39990人，沙頭鎮63.94平方千米/44533人，頭橋鎮38.40平方千米/44265人，甘泉鎮76.80平方千米/47757人，泰安鎮32.43平方千米/19026人，楊廟鎮31.15平方千米/24024人。
2006年，邗江區設立新盛街道。2007年末，戶籍人口531757人（包括新盛街道），常住人口54萬人（根據邗江區2007年國民經濟和社會發展統計公報）。
2008年5月18日，江蘇省政府批復同意：（1）撤銷揚州市邗江區甘泉鎮，以所轄楊壽居委會和永和、愛國、寶女、新龍、東興、方集、墩留7個村委會區域設立邗江區楊壽鎮，鎮政府駐楊壽；以所轄甘泉居委會和長塘、公路集、雙山、老山、焦巷、五湖、雙塘、姚灣、香巷9個村委會區域設立甘泉街道辦事處，劃歸維揚區管轄。（2）將邗江區沙頭鎮的大眾村委會、高橋村委會和中興村委會的項一、項二組及霍橋居委會迎春河以北區域劃歸廣陵區湯汪鄉管轄。行政區劃調整后，邗江區行政區域面積776平方千米，人口58.11萬人，轄5個街道、13個鎮。其中，楊壽鎮行政區域面積39.3平方千米，人口2.1萬人，轄1個居委會、7個村委會。沙頭鎮行政區域面積55.5平方千米，人口3.7萬人，轄2個居委會、12個村委會。
2009年末，邗江區總面積703平方千米、總人口50.04萬人。其中：公道鎮106.05平方千米/35645人，方巷鎮89.36平方千米/46462人，槐泗鎮67.25平方千米/46516人，瓜洲鎮48.59平方千米/41094人，杭集鎮40.26平方千米/35207人，李典鎮70.44平方千米/42972人，沙頭鎮56.06平方千米/37496人，頭橋鎮64.21平方千米/43040人，楊壽鎮39.4平方千米/22388人，泰安鎮32.09平方千米/21608人，楊廟鎮31.02平方千米/22613人（《江蘇省統計年鑒》）。
2010年，邗江區轄4個街道、11個鎮：邗上街道、蔣王街道、汊河街道、新盛街道、公道鎮、方巷鎮、槐泗鎮、瓜洲鎮、杭集鎮、李典鎮、沙頭鎮、頭橋鎮、泰安鎮、楊廟鎮、楊壽鎮。其中新盛街道委托新城西區管理。區政府駐邗上街道。
2011年，將邗江區的李典、頭橋、沙頭、杭集、泰安5個鎮劃歸廣陵區管轄；撤銷維揚區，將原維揚區的行政區域并入邗江區。邗江區轄10個街道、10個鎮、3個鄉：邗上街道、蔣王街道、汊河街道、新盛街道、雙橋街道、梅嶺街道、甘泉街道、瘦西湖街道、揚子津街道、文匯街道、公道鎮、方巷鎮、槐泗鎮、瓜洲鎮、楊壽鎮、楊廟鎮、西湖鎮、施橋鎮、八里鎮、樸席鎮、平山鄉、雙橋鄉、城北鄉。區政府駐邗上街道。其中，新盛街道由新城西區管理，瘦西湖街道由瘦西湖新區管理；揚子津街道、文匯街道和施橋鎮、八里鎮、樸席鎮由揚州市開發區管理。
2013年1月，根據揚州市委、市政府關于對蜀岡—瘦西湖風景名勝區代管區域擴容的決定，將邗江區平山鄉（不含朱塘、荷葉、石油山莊社區）劃歸景區代管，平山鄉位于維揚開發區區域內的朱塘、荷葉、石油山莊社區劃歸維揚開發區管委會代管；將邗江區城北鄉（不含黃金、瓦窯村，竹西、安平社區）劃歸景區代管；將邗江區槐泗鎮的槐二村（不含原唐溝村6個村民小組）、槐子村和槐泗社區劃歸平山鄉代管（景區代管）。2014年2月15日，根據《揚州市人民政府關于設立竹西街道辦事處》，邗江區竹西街道正式成立，下轄竹西社區、安平社區、瓦窯村、黃金村。
邗江區現轄11個街道、10個鎮、3個鄉：邗上街道、蔣王街道、汊河街道、新盛街道、雙橋街道 、梅嶺街道、甘泉街道、瘦西湖街道、揚子津街道、文匯街道、竹西街道（物流集聚區）、公道鎮、方巷鎮、槐泗鎮、瓜洲鎮、楊壽鎮、楊廟鎮、西湖鎮、施橋鎮、八里鎮、樸席鎮、平山鄉、雙橋鄉、城北鄉。其中，新盛街道由新城西區代管，瘦西湖街道、平山鄉、城北鄉由蜀岡—瘦西湖風景名勝區代管；揚子津街道、文匯街道、施橋鎮、八里鎮、樸席鎮由揚州市開發區代管。區政府駐邗上街道。