瑪納斯縣位于新疆維吾爾自治區中北部，昌吉州最西部。地理坐標為東經85°34′至86°43′，北緯43°28′至45°38′。東接呼圖壁縣、西鄰石河子市，南與和靜縣為界，北鄰和布克賽爾蒙古自治縣。總面積9154.48平方千米，總人口17萬人（2012年）。有漢、哈薩克、維吾爾、回、蒙古族等民族。全縣轄7個鎮、4個鄉（其中3個民族鄉）：瑪納斯鎮、樂土驛鎮、包家店鎮、涼州戶鎮、北五岔鎮、六戶地鎮、蘭州灣鎮、廣東地鄉、清水河哈薩克族鄉、塔西河哈薩克族鄉、旱卡子灘哈薩克族鄉。境內有瑪電工業區、瑪納斯園藝場、瑪納斯平原林場、農科院瑪納斯試驗站、農六師新湖農場、農八師一四七團、農八師一四八團、農八師一四九團、農八師一五〇團。縣政府駐瑪納斯鎮，距石河子市15千米。
地處天山北麓中段、準噶爾盆地南緣，地勢自東南向西北緩緩傾斜，地貌主要分為三大類型：南部山區與丘陵地、中部平原區、北部為古爾班通古特沙漠的一部分。主要河流有瑪納斯河、塔西河兩大水系。屬中溫帶大陸性氣候，冬季長而嚴寒，夏季短而酷熱，晝夜溫差大。北疆鐵路、烏奎高速公路、312國道、石莫公路、呼克公路貫穿境內。名勝古跡有瑪納斯破城子（唐代烏宰守捉城遺址）、塔西河古堡遺址、西營古城遺址、陜西會館、神恩碑、五道埡、清水河風景段、塔西河瀑布、大白楊溝、小白楊溝、車內溝、北五岔沙漠景觀、十戶窯風景區以及火燒洼熱氣泉等。