縣名因瑪納斯河而得名�，敿{斯一名，始見于《元史·耶律希亮傳》稱作“馬納思河”，清《西域圖志》作“瑪納斯郭勒”。據(jù)《西域水道記》，瑪納斯系蒙古語，意為“巡邏者”，因古代瑪納斯河岸有巡邏土兵而得名。

漢代為烏貪訾離國。隋為西突厥地，唐隸北庭都護府。宋屬高昌回鶻。明屬瓦剌。清初為準(zhǔn)噶爾部游牧地。乾隆二十八（1763年）筑綏來堡，三十三年（1768年）置綏來縣丞，四十三年（1778年）置綏來縣，屬迪化州，縣治由綏來堡遷康吉城。清光緒十年（1884年）康吉和綏寧二城筑墻連為一體，稱綏來城，縣治由原康吉移至原綏寧，隸屬迪化府。1914年隸迪化道，1943年隸迪化專員公署，1950年屬迪化專區(qū)。1954年改稱瑪納斯縣，屬烏魯木齊專區(qū)，1958年屬昌吉回族自治州。

1996年，瑪納斯縣轄6個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)、3個民族鄉(xiāng)：瑪納斯鎮(zhèn)、北五岔鎮(zhèn)、六戶地鎮(zhèn)、涼州戶鎮(zhèn)、包家店鎮(zhèn)、樂土驛鎮(zhèn)、頭工鄉(xiāng)、廣東地鄉(xiāng)、蘭州灣鄉(xiāng)、清水河哈薩克族鄉(xiāng)、塔西河哈薩克族鄉(xiāng)、旱卡子灘哈薩克族鄉(xiāng)。設(shè)有縣牧場、園藝場、試驗站。駐有新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團農(nóng)六師新湖農(nóng)場和農(nóng)八師147、148、149、150等5個團場和自治區(qū)南山林場、平原林場。

2000年第五次人口普查，瑪納斯縣常住總?cè)丝?70533人，其中：瑪納斯鎮(zhèn)30576人、樂土驛鎮(zhèn)10784人、包家店鎮(zhèn)16360人、涼州戶鎮(zhèn)6485人、北五岔鎮(zhèn)7672人、六戶地鎮(zhèn)6682人、頭工鄉(xiāng)13221人、廣東地鄉(xiāng)6137人、蘭州灣鄉(xiāng)13160人、清水河哈薩克民族鄉(xiāng)7505人、塔西河哈薩克民族鄉(xiāng)4764人、旱卡灘哈薩克民族鄉(xiāng)4426人、瑪納斯火力電廠3770人、縣園藝場2790人、兵團新湖農(nóng)場36201人。

2003年，瑪納斯縣總面積9154.48平方千米，總?cè)丝?67012人。轄7鎮(zhèn)、4鄉(xiāng)：瑪納斯鎮(zhèn)、樂土驛鎮(zhèn)、包家店鎮(zhèn)、涼州戶鎮(zhèn)、六戶地鎮(zhèn)、北五岔鎮(zhèn)、蘭州灣鎮(zhèn)、廣東地鄉(xiāng)、清水河哈薩克族鄉(xiāng)、塔西河哈薩克族鄉(xiāng)、旱卡子灘哈薩克族鄉(xiāng)�？h政府駐瑪納斯鎮(zhèn)。

2010年第六次人口普查，瑪納斯縣常住總?cè)丝?37558人，其中：瑪納斯鎮(zhèn)38077人，樂土驛鎮(zhèn)9802人，包家店鎮(zhèn)12502人，涼州戶鎮(zhèn)6662人，北五岔鎮(zhèn)6736人，六戶地鎮(zhèn)6357人，蘭州灣鎮(zhèn)11932人，頭工鄉(xiāng)10896人，廣東地鄉(xiāng)5798人，清水河子哈薩克族鄉(xiāng)6820人，塔西河哈薩克民族鄉(xiāng)3126人，旱卡子灘哈薩克民族鄉(xiāng)4475人，瑪電工業(yè)區(qū)3113人，園藝場2585人，自治區(qū)林業(yè)廳瑪納斯平原林場1796人，新疆農(nóng)科院瑪納斯試驗站1528人，兵團農(nóng)六師新湖農(nóng)場33645人，兵團一四七團14311人，兵團一四八團27302人，兵團一四九團15660人，兵團一五零團14435人。