1988年1月，區委、區政府決定將15個農村辦事處和4個城鎮街道辦事處改為9鎮8鄉。原辦事處下設的122個小鄉改為辦事處，辦事處下設536個村民委員會，居民委員會增為12個：1、劃出前金馬辦事處的五里、關上兩個鄉和原前衛辦事處的雙橋、日新兩個鄉新置關上鎮；2、劃出前龍泉辦事處的和平、花魚溝兩個鄉新置茨壩鎮；3、原龍泉、聯盟、金馬、前衛、大板橋5個辦事處改為鎮；4、云溪辦事處改為小板橋鎮，先鋒辦事處改為官渡鎮；5、雙哨、小河、小哨、雙龍、福海、矣六、六甲7個辦事處改為鄉，阿拉辦事處改為彝族鄉；6、市二農場的青龍大隊、市三農場的塔密大隊改為辦事處。

1990年第四次人口普查全區人口448515。1993年全區轄27個居委會，總人口511606人。1995年，全區總面積1025平方千米，總人口522896人，轄9鎮8鄉，122個農村辦事處。？年，官渡區面積1025平方千米，人口52.3萬人。轄9個鎮、8個鄉：關上鎮、茨壩鎮、龍泉鎮、聯盟鎮、金馬鎮、大板橋鎮、小板橋鎮、官渡鎮、前衛鎮、矣六鄉、六甲鄉、小河鄉、小哨鄉、雙龍鄉、福海鄉、雙哨鄉、阿拉彝族鄉。區府駐關上鎮。

2000年第五次人口普查，官渡區常住總人口1398305人，其中：關上鎮153755人，前衛鎮159650人，官渡鎮26765人，茨壩鎮48645人，金馬鎮260535人，龍泉鎮157992人，小板橋鎮52749人，大板橋鎮32255人，聯盟鎮189878人，阿拉鄉70153人，福海鄉143553人，矣六鄉37921人，六甲鄉30228人，小哨鄉17324人，雙龍鄉8445人，小河鄉4556人，雙哨鄉3901人。

2001年，全區轄9個鎮、7個鄉、1個民族鄉：關上鎮、前衛鎮、官渡鎮、茨壩鎮、金馬鎮、龍泉鎮、小板橋鎮、大板橋鎮、聯盟鎮、福海鄉、六甲鄉、小哨鄉、雙龍鄉、小河鄉、雙哨鄉、阿拉彝族鄉。2003年3月20日，云政復[2003]21號：撤銷官渡區關上、前衛、金馬、聯盟、龍泉、茨壩六鎮和福海鄉，設立關上、前衛、金馬、聯盟、龍泉、茨壩、福海街道辦事處。

2004年區劃調整前，官渡區位于昆明市東北部，東鄰宜良縣，南與呈貢縣接壤，北與嵩明縣交界，西北與西山區相連。東西寬41千米，南北長43千米，面積1025平方千米。轄關上、聯盟、金馬、前衛、龍泉、官渡、小板橋、大板橋、茨壩9個鎮及福海、六甲、矣六、阿拉彝族鄉、小哨、雙哨、雙龍、小河8個鄉，30個社區、92個行政村，694個生產合作社，545個自然村。

2004年6月3日，國務院批準（國函[2004]42號）調整昆明市市轄區行政區劃：調整昆明市五華區、盤龍區、官渡區、西山區的行政區劃。將原官渡區福海街道辦事處的河北社區居委會；龍泉街道辦事處的右營、崗頭2個社區居委會，北倉社區居委會部分；茨壩街道辦事處的和平社區居委會部分；原聯盟街道辦事處的虹山社區居委會，馬村、桃源2個社區居委會部分劃歸五華區。原官渡區龍泉、聯盟、茨壩（和平社區為部分）3個街道，雙龍、雙哨、小河3個鄉劃入盤龍區。原盤龍區太和街道、東站街道劃入官渡區。調整后，官渡區轄關上、金馬、東站、太和4個街道辦事處，大板橋、小板橋、官渡3個鎮，小哨、矣六、六甲3個鄉和阿拉彝族鄉。區劃調整后，官渡區面積552.21平方千米，轄4個街道、3個鎮、4個鄉，30個社區、60個行政村，建成區面積由區劃調整時的52平方千米增加到67平方千米。戶籍人口51萬人左右。

2006年1月20日，省政府批準撤銷小哨鄉，其行政區域并入大板橋鎮，鎮政府駐原大板橋鎮政府駐地；4月17日，省政府批準撤銷官渡鎮和小板橋鎮，分別設立官渡街道、小板橋街道。2007年末，全區戶籍人口49.4萬人，轄8個街道、1個鎮、1個鄉，53個社區、99個村（居）委會，189個自然村。2008年5月，將阿拉彝族鄉委托經開區托管。

2009年，大板橋鎮撤鎮改設街道。全區轄9個街道、1個民族鄉：關上街道、太和街道、東站街道、金馬街道、小板橋街道、官渡街道、大板橋街道、矣六街道、六甲街道、阿拉彝族鄉。其中，阿拉彝族鄉由昆明經濟技術開發區代管。2010年1月，阿拉彝族鄉撤鄉設立街道辦事處，仍由昆明經濟技術開發區代管。

2010年第六次人口普查，官渡區常住總人口853371人，其中：關上街道149039人，太和街道65309人，吳井街道73416人，金馬街道125032人，小板橋街道96588人，官渡街道72775人，矣六街道48593人，六甲街道55030人，大板橋街道70349人，阿拉街道58517人，昆明經濟技術開發區38723人。