先秦為昆明、殘部落，屬西南夷。西漢元鼎五年（前112），建越嶲郡，今鶴慶西北部屬之。元封二年（前109），設益州郡，今鶴慶東南部屬該郡葉榆縣。東漢明帝永平十二年（69），在哀牢地置哀牢、博南兩縣，并將益州葉榆6縣并入新設永昌郡，今鶴慶東南部屬益州永昌郡葉榆縣。三國蜀漢建興三年（225），諸葛亮平定南中后，從益州郡劃出弄棟縣，從永昌郡劃出葉榆等三縣，從越雟郡劃出遂久等三縣，合七縣設云南郡，今鶴慶全境屬益州云南郡葉榆縣。

西晉武帝泰始七年（271），劃出南中建寧、興古、云南、永昌四郡，設立寧州，今鶴慶屬寧州云南郡葉榆縣。光熙元年/成漢晏平元年（306），成國將寧州分為寧、交二州，今鶴慶屬寧州河陽郡葉榆縣。東晉穆帝永和三年/成漢嘉寧二年（347），東晉滅成漢國，重新統治寧州，本縣屬寧州東河陽郡葉榆縣。南朝屬寧州東河陽郡。北朝北魏延昌四年（515），改寧州為南寧州，今鶴慶屬南寧州轄之東河陽郡葉榆縣。隋開皇五年（585），設南寧州總管府，下轄恭州、協州和昆州，今鶴慶屬昆州。

唐初屬劍南道，麟德元年（664），設姚州都督府，本縣屬下轄13州中的野共州。這時，洱海地區有六詔，本縣又屬越析詔，稱漾共、鶴川。玄宗開元二十六年（738），南詔統一六詔后，在本縣置謀統部。太和年間（827～835），改為謀統郡，屬劍川節度轄地。昭宗天復二年/南詔中興五年（902），南詔清平官鄭買嗣奪取政權，建立大長和國。后唐天成三年/大天興尊圣元年（928），東川節度使楊千真殺鄭隆矗（鄭買嗣孫），立侍中趙善政，稱大天興國；次年楊干真自立，改國號大義寧國。頻繁更迭的這三個政權都先后占據謀統郡。

后晉天福二年/大義寧大明七年（937），通海節度使段思平建大理國，仍稱謀統郡。宋大理國時期（960～1127），在今縣城北官廂一帶筑土城，形如龜，謂之龜城，是境內最早的城市建筑，元末傾圮。乾德元年/大理段氏二十六年（963），改置謀統府，為大理國“八府”之一。南宋理宗寶佑元年/蒙古憲宗三年（1253），忽必烈攻克大理后，建立鶴州，因鶴川得名。寶祐五年/蒙古憲宗七年（1257），改設二千戶，仍稱謀統，隸屬大理上萬戶府。

元至元八年（1271），罷謀統千戶，置鶴慶路軍民總管。至元十一年（1274），又改置鶴州。至元十二年（1275），云南行省設立8處民屯，其中鶴慶路民屯，在籍編民共100戶，己業田400雙（每雙5畝）。至元二十一年（1284），升鶴州為鶴慶府，領劍川。至元二十三年（1286），罷府設鶴慶路，隸云南行省。至元二十七年（1290），置鶴慶路軍屯，有爨焚軍125戶，己業田608雙。明洪武十五年（1382），置鶴慶府，領劍川、蘭州、順州、北勝、蒗蕖、永寧6州（后蘭州改隸麗江府），洪武十九年（1386），北勝、蒗蕖、永寧三州改隸瀾滄衛。洪武二十一年（1388），設鶴慶御，領2所，屬大理衛。洪武三十年（1397）改鶴慶府為軍民府，下轄順州、劍川二州。洪武三十一年（1398），境內編戶為13里，每里110戶。

清初襲明制，稱鶴慶軍民府，下轄劍川州、順州。順治十七年（1660），在本縣設大鶴麗永鎮，轄大理、鶴慶、麗江、永勝。康熙四年（1665），撤去守御千總，歸府管理。康熙七年（1668）大鶴麗永鎮改為鶴麗鎮。康熙七年（1669）8月，撤銷順州并入鶴慶府。康熙二十二年（1683），廢除鶴慶土千戶長，土司指揮僉世職降為土通判。康熙三十七年（1698）10月析原順州地劃歸永北府。雍正五年（1727）4月將麗江府屬維西地置維西廳，中甸地置劍川州判，一并劃歸鶴慶府。雍正八年（1730），鶴慶隸屬迤西道。乾隆二十一年（1756）5月，析維西廳、中甸地還屬于麗江府。乾隆三十六年（1771），改鶴慶府為州，與所屬之劍川統轄麗江府。乾隆三十五年（1770）2月，鶴慶撤府改州，與原轄劍川州一并劃歸麗江府。

民國2年（1913）4月，改鶴慶州為縣，6月劃屬騰越道；縣以下仍設東、西、南、北，中5個區。民國18年（1929），廢除道直屬于省。民國33年（1944），屬麗江行政督察專區。民國37年（1948），麗江行政督察專署移駐鶴慶，改稱鶴慶行政督察專區，下轄鶴慶、麗江、劍川、永勝、華坪、寧蒗、中甸、維西、蘭坪、碧江、福貢、貢山等12個縣。民國38年（1949）初，專署復移麗江、鶴慶仍屬其轄。

1949年7月1日，鶴慶縣宣布解放；7月27日，建立鶴慶縣政務委員會；10月1日，成立鶴慶縣人民政府，屬滇西北人民行政專員公署（駐劍川縣）。12月28日，成立麗江專員公署（先駐鶴慶縣城，1950年3月遷至麗江縣城），鶴慶縣屬麗江專區。1953年3月20日，建立縣國營農場（1958年改為縣農業試驗站，1963年4月更名縣籽種繁殖場）；同年7月，第一次全國人口普查，全縣總人口為129820人；同年7月將鶴慶縣牛街區同幸邑村劃歸洱源縣。