境內袁贛兩水在蕭灘鎮合流后一段，波流澄澈，名為“清江”立縣后即以水名縣。樟樹市以樟樹鎮（江西四大古鎮之一）為名，以樹命名樟樹得名。
　　自西周至春秋戰國先后屬吳、越、楚。秦建新淦縣，縣治淦陽即今樟樹鎮（樟樹鎮1988年撤銷），樟樹地屬新淦。自漢高祖六年（前201年），樟樹地分屬新淦、建成、宜春三縣。至東漢中平二年，析宜春置漢平縣，縣治在今樟樹西南境的吳平圩，樟樹地分屬新淦、建成、漢平。三國時，孫吳改漢平為吳平。隋開皇九年（589年），省新渝入吳平；開皇十一年，省吳平入宜春；開皇十八年，復分宜春置新渝。唐武德五年（622年），改建成為高安。同年，以今樟樹西南境太平圩為縣治，置始平縣，武德七年廢，入新渝縣。這段時間，樟樹地屬新淦、建成（今高安市）的部分無重大變化，屬于宜春的部分則先后分劃為漢平、吳平、始平、新渝等縣。
　　五代南唐昇元二年（938年）八月，析高安的建安鄉、修德鄉，新淦的崇學鄉，置清江縣，治所蕭灘鎮（宋改臨江鎮），屬鎮南軍節度使。保大十年（952年），高安縣升為筠州，清江縣改隸筠州。
　　北宋淳化三年（992年），割清江、新淦、新喻三縣置臨江軍，清江為倚郭望縣。治平三年（1066年），割新淦茂才鄉、新喻思賢鄉入清江縣，縣境由三鄉增至五鄉。元至元十四年（1277年），臨江軍改臨江路，清江為上縣。明洪武二年（1369年），改臨江路為臨江府，轄清江、新淦、新喻三縣。清代府縣隸屬仍沿明制。
　　民國二年至民國十四年，屬廬陵道；民國十五年至二十年，直屬省；民國二十一年至民國三十八年，先后屬第一、二行政督察區。1930年10月至11月，在臨江鎮建立清江縣蘇維埃政府，屬湘鄂贛邊境特委領導。
　　1949年6月19日，在樟樹鎮建立清江縣人民政府，同年7月15日遷臨江鎮，1950年3月27日遷回樟樹鎮，屬南昌分區專員公署。1959年1月1日，改屬宜春專區1978年改稱宜春地區）。1987年12月清江縣實行省計劃單列。
　　1988年10月13日，民政部（民批[1988]41號）批復，經國務院批準，同意撤銷清江縣，設立樟樹市（縣級），以原清江縣的行政區域為樟樹市的行政區域。12月，樟樹市正式掛牌成立，由宜春地區代管。2000年5月22日，改由宜春市代管。

　　1985年3月15日，設置閣（閤）山鎮（贛府廳字[1985]158號）。1985年4月21日，設置黃土崗、永泰、經樓鎮（贛府廳字[1985]236號）。1985年6月21日，撤銷臨江鄉建制，將臨江鄉所屬各村劃歸臨江鎮管轄（贛府廳字[1985]332號）。
　　1989年1月13日，撤銷樟樹鎮，設立淦陽、鹿江、吳家巷、薛溪四個辦事處（贛民字[1989]10號批復）。1989年1月17日，山前鄉的堆上、路口、麾塘、湛溪、白路、沽塘、舉塘、上京八個行政村劃出，設置湛溪鄉（贛民字[1989]11號批復）。
　　1996年3月19日，撤銷店下鄉、昌傅鄉，設立店下鎮、昌傅鎮（贛民字[1996]50號批復）。1996年12月20日，撤銷張家山鄉，設立張家山鎮（贛民字[1996]287號批復）。至此，全市面積1286平方千米，人口51.6萬，轄4個街道、7個鎮、10個鄉：鹿江街道、淦陽街道、吳家巷街道、薛溪街道、臨江鎮、黃土崗鎮、經樓鎮、永泰鎮、昌傅鎮、張家山鎮、店下鎮、中洲鄉、義成鄉、山前鄉、湛溪鄉、洲上鄉、劉公廟鄉、洋湖鄉、大橋鄉、觀上鄉、閣山鄉。市政府駐城區藥都南大道19號。　　1999年5月31日，撤銷閤山鄉，設立閤山鎮。閤山鎮管轄原閤山鄉與從店下鎮劃入的關坊、薌溪、韶塘、孫家行政村的行政區域范圍（贛民字[1999]126號批復）。
　　2000年2月25日，撤銷劉公廟鄉、觀上鄉，設立劉公廟鎮、觀上鎮。觀上鎮政府駐地遷至潭埠街（贛民字[2000]37號批復）。至此，全市轄4個街道、10個鎮、7個鄉。
　　2000年，根據第五次人口普查數據，全市總人口527823人；其中：淦陽街道44127人、鹿江街道38780人、吳家巷街道17232人、薛溪街道9106人、臨江鎮41810人、永泰鎮16369人、黃土崗鎮24855人、經樓鎮24412人、昌傅鎮26386人、店下鎮19667人、張家山鎮48067人、劉公廟鎮19515人、觀上鎮23073人、閣山鎮18107人、中洲鄉16670人、義成鄉23324人、山前鄉12708人、湛溪鄉8997人、洲上鄉34675人、洋湖鄉27123人、大橋鄉26323人、雙金園藝場6497人。
　　2000年12月8日，撤銷義成鄉，設立義成鎮（贛民字[2000]378號批復）。
　　2002年6月6日，撤銷湛溪鄉、山前鄉，合并組建吳城鄉，鄉政府駐山前街（贛民字[2002]115號批復）。
　　2002年底，樟樹市面積1287平方千米，人口53.5萬人，其中非農業人口11.4萬人。轄4個街道辦事處、11個鎮、5個鄉，38個居委會、229個行政村。市政府駐藥都南大道。
　　2003年9月4日，撤銷大橋鄉建制，設立大橋街道辦事處；撤銷張家山鎮建制，與薛溪街道辦事處合并組建城北街道辦事處（贛民字[2003]215號批復）。2003年底，全市總人口53.6萬人，轄5個街道、10個鎮、4個鄉。
　　2005年12月13日，《關于樟樹市吳家巷街道辦事處更名為福城街道辦事處的批復》（贛民字[2005]144號）：同意吳家巷街道辦事處更名為福城街道辦事處。同日，《關于樟樹市調整部分行政區域的批復》（贛民字[2005]146號）：1、同意將城北街道辦事處所轄的荷湖、張家山、蓼洲、蛟湖、朱山、回龍、杏塘、沙埂、麻埠、袁贛行政村劃歸臨江鎮管轄；徐家堎、喻張、金岸、薛溪、洲上、光明、中坊、郭坊、楊林、棖湖、馬堎、槎市、雙林、禮洲、朱坊行政村劃歸經樓鎮管轄。2、同意將大橋街道辦事處所轄的土塘、大橋、枧頭、毗澤、彭澤行政村劃歸閤山鎮管轄；下汽、張家、湖坪、松湖、溪園、龍灣、灣里行政村劃歸觀上鎮管轄。
　　2005年末，樟樹市總人口536974人，其中非農業人口15.5萬人。城區面積由1987年設市時的12.6平方千米擴大到25.2平方千米，其中建成區面積由9.6平方千米擴大到18平方千米，城區人口由9.7萬人增加到19.3萬。
　　2006年末，樟樹市總人口537055人。轄5個街道、10個鎮、4個鄉：淦陽街道、鹿江街道、福城街道、大橋街道、城北街道、臨江鎮、永泰鎮、黃土崗鎮、經樓鎮、昌付鎮、店下鎮、閣山鎮、劉公廟鎮、觀上鎮、義成鎮、中洲鄉、洲上鄉、洋湖鄉、吳城鄉。
　　2007年9月4日，城北街道辦事處更名為張家山街道辦事處。