2000年第五次人口普查，蕭山市總?cè)丝?233348人，其中：城廂鎮(zhèn)256042人、樓塔鎮(zhèn)22889人、河上鎮(zhèn)25643人、戴村鎮(zhèn)24016人、浦陽鎮(zhèn)28560人、進(jìn)化鎮(zhèn)31621人、臨浦鎮(zhèn)54117人、義橋鎮(zhèn)20417人、所前鎮(zhèn)22558人、衙前鎮(zhèn)33285人、聞堰鎮(zhèn)25984人、寧圍鎮(zhèn)76124人、新街鎮(zhèn)58084人、坎山鎮(zhèn)48496人、瓜瀝鎮(zhèn)69564人、黨山鎮(zhèn)44143人、益農(nóng)鎮(zhèn)41723人、靖江鎮(zhèn)33812人、南陽鎮(zhèn)36254人、義盛鎮(zhèn)30637人、河莊鎮(zhèn)43254人、黨灣鎮(zhèn)37744人、新灣鎮(zhèn)20743人、頭蓬鎮(zhèn)23520人、新塘鄉(xiāng)19138人、來蘇鄉(xiāng)15211人、石巖鄉(xiāng)12912人、許賢鄉(xiāng)24560人、云石鄉(xiāng)9731人、歡潭鄉(xiāng)10851人、前進(jìn)鄉(xiāng)9917人、蕭山東片農(nóng)場(chǎng)3418人、蕭山西片農(nóng)場(chǎng)13152人、蕭山圍墾區(qū)5228人。2000年末，全市人口114.19萬人。轄24個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)，151個(gè)居委會(huì)、743個(gè)行政村。
2001年7月24日，浙政函[2001]141號(hào)批復(fù)同意杭州市蕭山區(qū)部分行政區(qū)劃調(diào)整：撤銷義盛鎮(zhèn)建制，與頭蓬鎮(zhèn)合并。頭蓬鎮(zhèn)轄25村、2居，駐蜜蜂村（原址）。撤銷云石鄉(xiāng)建制，并入戴村鎮(zhèn)。戴村鎮(zhèn)轄51村、1居，駐后鄭村（原址）。撤銷許賢鄉(xiāng)建制，并入義橋鎮(zhèn)。義橋鎮(zhèn)轄50村、5居，駐東方路（原址）。撤銷歡潭鄉(xiāng)建制，并入進(jìn)化鎮(zhèn)。進(jìn)化鎮(zhèn)轄55村，駐上盈湖畈（原址）。撤銷前進(jìn)鄉(xiāng)建制，并入新灣鎮(zhèn)。新灣鎮(zhèn)轄25村、1居，駐盛綾路（原址）。撤銷來蘇鄉(xiāng)建制，并入所前鎮(zhèn)。所前鎮(zhèn)轄38村、1居，駐塘下金村（原來蘇鄉(xiāng)址）。撤銷城廂鎮(zhèn)、石巖鄉(xiāng)、新塘鄉(xiāng)建制，改由蕭山區(qū)政府直轄并調(diào)整設(shè)立若干街道。7月25日，杭政發(fā)[2001]158號(hào)批復(fù)：設(shè)立蕭山區(qū)城廂街道辦事處，管理原城廂鎮(zhèn)西部69居、3村，駐文化路138號(hào)。設(shè)立蕭山區(qū)北干街道辦事處，管理原城廂鎮(zhèn)北部14居、9村，駐俞家潭。設(shè)立蕭山區(qū)蜀山街道辦事處，管理原城廂鎮(zhèn)南部和原石巖鄉(xiāng)2居、32村，駐魯公橋村。設(shè)立蕭山區(qū)新塘街道辦事處，管理原城廂鎮(zhèn)東部和原新塘鄉(xiāng)7居、37村，駐塘里陳村。調(diào)整后，蕭山區(qū)城廂、北干、蜀山、新塘4個(gè)街道和樓塔、河上、戴村、義橋、所前、浦陽、進(jìn)化、臨浦、新街、寧圍、聞堰、衙前、瓜瀝、黨山、坎山、益農(nóng)、黨灣、新灣、義蓬、靖江、南陽、河莊22個(gè)鎮(zhèn)，共有155個(gè)居民區(qū)、739個(gè)行政村。
2002年末，全區(qū)總面積1163平方千米，人口114.96萬人，轄22個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)街道，88個(gè)居委會(huì)、739個(gè)行政村。2003年末，全區(qū)共有60個(gè)社區(qū)、31個(gè)居民區(qū)、739個(gè)行政村。2004年末，全區(qū)共有79個(gè)社區(qū)、12個(gè)居民區(qū)、739個(gè)行政村。
2006年1月27日，浙江省人民政府（浙政函[2006]20號(hào)）批復(fù)同意杭州市蕭山區(qū)部分鎮(zhèn)行政區(qū)劃調(diào)整：調(diào)整河莊鎮(zhèn)行政區(qū)域。將委托蕭山圍墾指揮部管理的東至十工段、南接河莊鎮(zhèn)、西至四工段、北臨錢塘江，面積為29.81平方千米的區(qū)域劃歸河莊鎮(zhèn)。調(diào)整后的河莊鎮(zhèn)轄20個(gè)行政村，鎮(zhèn)政府駐地不變（同二村）。調(diào)整益農(nóng)鎮(zhèn)行政區(qū)域。將委托蕭山區(qū)農(nóng)業(yè)對(duì)外綜合開發(fā)辦管理的東臨錢塘江、東南界紹興縣、南接益農(nóng)鎮(zhèn)、西交農(nóng)墾一場(chǎng)、北至外十三工段橫河，面積為26.4平方千米的區(qū)域劃歸益農(nóng)鎮(zhèn)。調(diào)整后，益農(nóng)鎮(zhèn)轄19個(gè)行政村，鎮(zhèn)政府駐地不變（東沙村）。
2007年7月13日，浙政函[2007]96號(hào)批復(fù)同意杭州市蕭山區(qū)部分行政區(qū)劃調(diào)整：一、調(diào)整新灣鎮(zhèn)行政區(qū)劃。將蕭山區(qū)第一農(nóng)墾場(chǎng)、蕭山區(qū)第二農(nóng)墾場(chǎng)區(qū)域劃歸新灣鎮(zhèn)，其四至范圍為：東臨省水利圍墾綜合開發(fā)一場(chǎng)，南接益農(nóng)、黨灣兩鎮(zhèn)，西倚義蓬鎮(zhèn)，北靠河莊鎮(zhèn)，調(diào)整合，新灣鎮(zhèn)轄17個(gè)行政村、1個(gè)社區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（新宏路38號(hào)）。二、調(diào)整寧圍鎮(zhèn)行政區(qū)劃。將蕭山區(qū)錢江農(nóng)場(chǎng)區(qū)域劃歸寧圍鎮(zhèn)，其四至范圍為：東臨新街鎮(zhèn)，南接北干街道，西倚濱江區(qū)西興街道，北靠軍墾農(nóng)場(chǎng)。調(diào)整后，寧圍鎮(zhèn)轄15個(gè)行政村、7個(gè)社區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（振寧路228號(hào)）。三、調(diào)整新街鎮(zhèn)行政區(qū)劃。將蕭山區(qū)紅墾農(nóng)場(chǎng)區(qū)域劃歸新街鎮(zhèn)，其四至范圍為：東臨坎山鎮(zhèn)，南接衙前鎮(zhèn)、新塘街道，西倚寧圍鎮(zhèn)，北靠錢塘江，東北與紅山農(nóng)場(chǎng)相連。調(diào)整后，新街鎮(zhèn)轄15個(gè)行政村、4個(gè)社區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（府前路1號(hào)）。四、調(diào)整聞堰鎮(zhèn)行政區(qū)劃。將蕭山區(qū)湘湖農(nóng)場(chǎng)區(qū)域劃歸聞堰鎮(zhèn)，其四至范圍為：東臨蜀山街道，南接義橋鎮(zhèn)，西倚錢塘江，北靠濱江區(qū)浦沿、長(zhǎng)河街道。調(diào)整后，聞堰鎮(zhèn)轄6個(gè)行政村、1個(gè)社區(qū)，鎮(zhèn)政府駐地不變（風(fēng)情大道3368號(hào)）。（注：錢江農(nóng)場(chǎng)、紅墾農(nóng)場(chǎng)實(shí)際由蕭山經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)管理）
2009年8月23日，蕭山區(qū)宣布對(duì)大江東新城行政區(qū)域進(jìn)行區(qū)劃調(diào)整。撤銷靖江、南陽、河莊、義蓬、新灣5鎮(zhèn)，設(shè)立靖江、南陽、河莊、義蓬、新灣、臨江和前進(jìn)7個(gè)街道（浙政函[2009]110號(hào)，杭政函[2009]141號(hào)）。此次行政區(qū)劃調(diào)整后，蕭山區(qū)從4個(gè)街道、22個(gè)鎮(zhèn)調(diào)整為11個(gè)街道、17個(gè)鎮(zhèn)。
2013年8月28日，《浙江省人民政府關(guān)于杭州市蕭山區(qū)部分行政區(qū)劃調(diào)整的批復(fù)》（浙政函[2013]123號(hào)）：同意撤銷瓜瀝鎮(zhèn)、坎山鎮(zhèn)、黨山鎮(zhèn)建制，合并設(shè)立新的瓜瀝鎮(zhèn)。該鎮(zhèn)轄11個(gè)社區(qū)、63個(gè)行政村，鎮(zhèn)政府駐航塢路220號(hào)。（杭政函[2013]121號(hào)）行政區(qū)劃調(diào)整后，蕭山區(qū)轄15個(gè)鎮(zhèn)、11個(gè)街道。