應用系統思想和分析研究物流問題并非始于今日，但把物流作為一個理論學科，置于系統論框架中的系統來研究，使讀者通過物流要素、結構分析，了解物流的作用和功能，理解物流是一個產業的提法和把“要素集成化”作為物流系統論的重點原理的論述，則是《物流系統論》的貢獻。后來，在此基礎上，有的學者通過建立“區域物流系統動力學模型”，把這種系統放在了一個區域范圍內進行了實證分析和研究。如有的學者將研究視角放在了供應鏈與物流管理的結合點上，從企業的產業鏈靜態層面和物流、信息流和價值流等動態層面，分析集成供應鏈的形成；有的學者把企業內外部物流集成化作為我國當今企業發展的新模式，推動了物流管理功能獨立的組織形式和職能的集成化。還有的學者根據供應鏈所涉及的研發、資源、制造、物流、信息和決策6個柔性子系統關系研究建立了供應鏈柔性系統集成模型。《物流一體化理論與方法研究—物流業務流程重組》（胡雙增，2001）一文，通過對我國物流案例的實證性分析，揭示了物流一體化具有社會性和技術性的二重性的本質，指出物流管理信息系統的發展方向是基于業務流程重組的管理信息系統，豐富了物流一體化重組理論。
當供應鏈還在物流縱向一體化的理念融入和深化時，20世紀末互聯網的發生，使大量的研究視角開始注意到電子商務在物流和供應鏈中的驚人作用，因為通過電子商務平臺，或者戰略聯盟，“橫向一體化形成了一條從供應商到制造商再到分銷商的貫穿所有企業的鏈”（宋華，2003），并把一體化物流鏈的研究推向了戰略采購、分銷、品類管理和庫存管理等內容。企業面對一體化的選擇，可以實施非核心業務外包的方法，以突出核心業務競爭力，最大限度地取得競爭優勢。所以說，從縱向一體化到橫向一體化的供應鏈研究是一次實踐與理論研究的飛躍，這是因為“全球制造鏈及由此產生的供應鏈管理是橫向一體化管理思想的一個典型代表”（馬士華，2000）。這樣，從供應鏈流程形式而言，“一體化物流或物流一體化包括三種形式：垂直一體化物流、水平一體化物流和物流網絡”。不僅如此，為了推進供應鏈管理的邊界研究，有學者提出實現“產品和服務與顧客的需求實現無縫連接，從而提高企業的柔性以及顧客價值”。
對物流戰略的研究主要集中在三個角度：一是從貨主物流需求的角度，研究即時物流戰略、協同或一體化物流戰略和高度化物流戰略，二是從競爭優勢的角度進行戰略選擇，探討物流戰略包括的內容對競爭戰略的影響及物流戰略選擇。在這個問題上，有的認為，戰略選擇可以直接導致其模式的差別，所以，物流戰略往往決定了物流模式的選擇。有的專門針對我國第三方物流存在的問題提出了精益物流、價值鏈聯盟、虛擬化戰略三種可供選擇的第三方物流企業發展戰略。還有的深入研究了第三方物流戰略的形成動機，認為它是“核心能力和資源外取理論的一種衍生形式”。三是從理論應用的角度，從物流與商貿流通的關系入手研究區域性商貿流通現代化進程的物流跨越式、社會化、一體化、集成化和專業化發展戰略及其規劃和選擇。有學者進一步提出，通過培育中國物流企業的核心能力，用品牌戰略構建中國物流業的競爭戰略。
