跨境電商全流程需要采購供應、物流配送、電子支付、售后服務等環節的銜接配合，任何環節出問題都可能影響跨境電商的發展。
　　一是供貨渠道受限，難以保證貨源數量及品質。目前進口跨境電商貨源采購多由個人買手或者是專業團隊向國外零售商代購，再銷售給國內消費者。除了天貓國際、蘇寧易購等大型電商與海外直接洽談對接外，其他的跨境電商與海外品牌商家未能實現貨源上對接，很難取得國外品牌商或大型零售商的授權�？缇畴娚踢M貨渠道窄且不固定，對海外貨源掌控力弱，貨源品質得不到保證，造成供貨不及時，甚至成為假貨銷售的平臺。
　　二是物流瓶頸成為跨境電商切膚之痛。主要表現在兩個方面：一方面，國內物流企業與國際物流公司差距較大，難以有效滿足電商和消費者的需求。國內物流企業在全球的覆蓋范圍、物流倉儲設施、物流配送效率、物流信息處理、物流服務系統等方面尚處于低水平。依靠轉運公司完成跨境物流容易造成供應鏈斷裂，降低商品流轉速度。另一方面，海外建倉使電商告別傳統快遞模式，遠程掌控物流供應鏈，但同時也面臨巨大挑戰。海外倉庫更多地聚焦于提高庫存周轉、降低運營成本等問題，服務系統不完善，貨物轉倉信息登記不及時、貨物丟失、客戶信息泄露、倉庫與客服信息銜接不暢等問題時有發生。
　　三是電子支付面臨制度困境和技術風險�？缇畴娚讨Ц渡婕暗絿�際貿易、外匯管理等環節，復雜程度較高�？缇畴娚痰谌�方支付行業發展迅速，支付寶、易寶支付、錢寶、京東網銀等22家第三方支付公司已經獲得跨境電商外匯支付業務試點資格，擁有跨境支付牌照，被允許通過銀行為小額電子商務交易雙方提供跨境互聯網支付所涉及的外匯資金集中收付和相關結匯服務。但是第三方支付還是面臨不少現實困難。通關、退稅等跨境業務復雜，在一定程度上制約跨境支付的推進。境外買家支付美元不能直接到國內兌換成人民幣，企業資金回籠面臨外匯兌換問題。目前缺乏統一的法律法規制度對跨境支付加以規范，支付信用安全風險、跨境消費者和商戶身份認證技術性風險高，跨境交易資金流向監管難。
　　四是售后服務難題讓消費者望而卻步。對于國內消費者而言，海外購商品的售后服務面臨一系列的麻煩。由于涉及到跨境通關和物流，換貨后的商品很難有順暢的通道返回國內;物流等種種費用要消費者承擔，出現退貨費用嚴重超出貨品價值的現象;同時，跨境購的商品質量維權、貨品丟失處理、技術售后服務等都需要耗費巨大時間成本，讓消費者打消跨境購的念頭。