16SrRNA基因測序以細菌16SrRNA基因測序為主,主要是研究樣品中的物種分類、物種豐度系統進化、功能預測以及微生物與環境互作關系等。16SrRNA基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因,長度約為1542bp,其分子大小適中,突變率小,是細菌系統分類學研究中常用和有用的標志。16SrRNA基因序列包括9個可變區和10個保守區,保守區序列反映了物種間的親緣關系,而可變區序列則能體現物種間的差異。16SrDNA是細菌染色體上編碼16SrRNA相對應的DNA序列,16srRNA是由16srDNA轉錄來的,一般擴增檢測和分析的對象都是16srDNA。上海沃本為您提供菌群檢測在內的全產業鏈服務!菌群移植供體配型
GenomeMedicine近期發表的文章,通過對RA病人的糞便菌群進行宏基因組測序分析,發現RA患者中存在與疾病活動指數——MCII相關的腸道菌群的分類和功能特征,且利用腸道菌群特征進行AI訓練預測哪些患者MCII狀態會發生改變,效果明顯。提示我們改變腸道菌群以提高臨床療效可能是RA未來改善的希望。①對1988年-2014年間診斷為RA的患者進行回顧性、觀察性隊列研究,收集64份糞便樣本進行宏基因組測序;②年齡是導致腸道菌群組成差異的比較大決定因素,其次是疾病活動指數——MCII狀態,且MCII+和MCII-患者的基線腸道菌群特征、功能性生化途徑都存在明顯差異;③基線檢查和隨訪中,取得臨床改善的患者腸道菌群的α多樣性較高;④神經網絡利用腸道菌群預測哪些患者MCII狀態會發生改變,被證明是非常有效的,證明了腸道菌群的潛在臨床實用性。菌群移植供體配型腸道菌群檢測可以做什么;
腸道微生物起源于哪?這些體外的生物都來自哪里?早期微生物接觸的證據表明,人類腸道微生物群是在子宮內形成的,這意味著我們的母體是微生物群接種體。接著從出生開始,通過三個途徑獲得:1.大部分是在出生時通過陰道產道獲得的;2.還有一些是通過母乳獲得的;3.有些則是嬰兒期通過外界接觸獲得的。三,影響腸道微生物平衡的主要因素有哪些?各種因素會影響微生物的定植,包括分娩方式,是否母乳喂養及飲食等。到三歲時,復雜的腸道微生物環境就已經建立并且在整個成年期都相對穩定。但是在整個生命中它都會被改變,比如細菌,吸煙,疾病等等,其中關鍵的影響因素是飲食和藥物的使用,比如膳食纖維會有利于腸道益生菌的生長,而藥物的使用則會破壞腸道菌群的生態穩定,引發疾病。
人體內的益生菌(共生菌)分布很廣,理論上,任何可以和環境接觸的地方都有它們的存在——皮膚,眼睛,呼吸道黏膜上都存在著不同的微生物。不過,它們大多數存在于消化系統,尤其是大腸里。這些益生菌與我們互利互惠,建立起雙贏的關系。一方面,我們溫暖濕潤的臟器為它們提供相對安全穩定的生活環境以及豐富的營養物質;另一方面,這些細菌參與食物消化代謝、幫助我們抵御外敵,對人體健康有著重要意義,所以有人把它們稱為“被遺忘的organ”。菌群檢測是一種能夠揭示人體內微生物生態變化的技術。
自從引入了細菌的基因組學分析以來,針對微生物的研究已經產生**性變化。16SrDNA測序和宏基因組測序兩種測序方法,常用于評估微生物組成機器相對豐度。16S測序可以以可變區域周圍的穩定區域為八項來檢測細菌基因組中高變異度區域的差異。這一技術的主要缺陷在于無法分辨種群之間的差異,因為這種差異通常很小。相反地,宏基因組測序能夠實時檢測所有生物的全基因組,這也造成針對意志和位置的微生物檢測的精度增加。本章闡述了與心血管疾病相關的腸道微生物組成的變化。 腸道菌群檢測--科研前沿的應用。菌群移植供體配型
腸道菌群檢測的流程。菌群移植供體配型
過去的研究已鑒定出多個類風濕關節炎(RA)相關的基因突變,而腸道菌群是RA的環境風險因素之一。The Lancet Rheumatology上發表的一項橫斷面研究,在非RA患者中發現,并在RA高危受試者中驗證,普氏菌屬與RA的遺傳風險明顯相關,普氏菌屬還與RA高危受試者的臨床前期癥狀相關。①納入1650名非RA雙胞胎,基于233個GWAS鑒定出的RA相關SNP,評估受試者的RA多基因風險評分(PRS);②在6776名受試者(包括2686名RA患者)中,基于邏輯回歸對RAPRS進行驗證;③對受試者的糞便菌群進行測序,分析菌群與RAPRS的關聯;④在非RA受試者中,普氏菌屬與RAPRS呈明顯正相關,在RA高危受試者(RA患者的直系親屬)中也存在這種關聯;⑤另外,包括普氏菌屬在內的7個菌屬與RA的臨床前期癥狀(ACPA或RF陽性等)相關。菌群移植供體配型