馬關(guān)縣因縣境內(nèi)有馬白關(guān)而得名。西漢元鼎六年（前111年），馬關(guān)屬牂牁郡進(jìn)桑縣。東漢屬益州牂牁郡進(jìn)乘縣。三國蜀漢建興三年（225），屬益州興古郡進(jìn)乘縣。西晉永嘉四年（310），屬寧州梁水郡新豐縣。北周時，屬西爨（白蠻）地。隋代屬南寧州總管府昆州。唐初馬關(guān)屬南寧州都督府郎州地，唐南詔時屬通海都督僚子部。宋代大理國前期，屬通海都督矣部，后期屬最寧府矣尼迦部。元至元八年（1271），屬南路總管府阿僰萬戶舍資千戶。至元十三年（1276）屬臨安路矣尼迦部。明代先屬八寨長官司，直隸云南布政使司，后屬臨安府阿迷州教化三部長官司。

清康熙五年（1666）8月，臨安府析置開化府，今馬關(guān)屬開化府地。雍正六年（1728）九月設(shè)“馬白關(guān)”。雍正七年（1730）12月，開化府置文山縣，今馬關(guān)屬文山縣地。雍正八年（1730）7月，置迤東道，開化府屬之。同年設(shè)馬白同知專理對外事務(wù)。嘉慶二十四年（1819）6月，置安平廳，改馬白同知為安平撫彝同知。安平廳署設(shè)于開化（今文山）與知府衙門同城。道光二年（1822）3月，析文山縣屬東安、逢春、永平三地入安平廳。

光緒十一年（1885）“中法戰(zhàn)爭”結(jié)束后，中國喪失了對越南的宗主國地位，越南變成了法國殖民地。光緒十三年（1887），中法兩國互派官員至中越邊境勘定邊界，都龍等地回歸中國，取名歸仁里，為安平廳管轄。同年10月，置臨安開廣道，開化府改屬臨安開廣道。光緒卅二年（1906）9月26日，安平廳衙門由開化移至馬白，治理逢春、東安、永平、歸仁4里。

民國二年（1913）4月，改安平廳為安平縣，屬蒙自道。民國三年（1914）1月，因其與貴州安平縣同名，安平縣改為馬關(guān)縣。民國18年（1929），廢道后直屬省。同年11月，由馬關(guān)析置設(shè)西疇縣。民國31年（1942），隸第二行政督察區(qū)（駐文山縣）。民國33年（1944）6月，馬關(guān)縣為一等縣，總面積2782平方千米，總戶數(shù)15472戶，總?cè)丝?04191人，其中男性52347人、女性51844人。全縣轄1鎮(zhèn)、9鄉(xiāng)；112保、1604甲。民國37年（1948），隸第四行政督察區(qū)（駐硯山縣）。

1950年3月，馬關(guān)縣屬文山專區(qū)。1957年5月24日，國務(wù)院全體會議第49次會議決定設(shè)置文山僮族苗族自治州（1965年10月12日國務(wù)院批復(fù)：文山僮族苗族自治州改為文山壯族苗族自治州），馬關(guān)縣屬文山州。1996年，馬關(guān)縣面積2676平方千米，人口約33.9萬人，其中少數(shù)民族16.3萬人。轄8個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：馬白鎮(zhèn)、八寨鎮(zhèn)、仁和鎮(zhèn)、木廠鎮(zhèn)、夾寒箐鎮(zhèn)、小壩子鎮(zhèn)、都龍鎮(zhèn)、金廠鎮(zhèn)、山車鄉(xiāng)、南撈鄉(xiāng)、坡腳鄉(xiāng)、大栗樹鄉(xiāng)、浪橋鄉(xiāng)、蔑廠鄉(xiāng)、古林箐鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，馬關(guān)縣常住總?cè)丝?50002人，其中：馬白鎮(zhèn)60859人，八寨鎮(zhèn)25816人，仁和鎮(zhèn)31759人，木廠鎮(zhèn)25059人，夾寒箐鎮(zhèn)36635人，小壩子鎮(zhèn)14151人，都龍鎮(zhèn)32400人，金廠鎮(zhèn)8440人，南撈鄉(xiāng)12927人，山車鄉(xiāng)11378人，坡腳鄉(xiāng)12162人，大栗樹鄉(xiāng)31288人，浪橋鄉(xiāng)15812人，篾廠鄉(xiāng)17377人，古林箐鄉(xiāng)13939人。

2006年3月16日，省政府批準(zhǔn)撤銷山車鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入坡腳鄉(xiāng)，并將坡腳鄉(xiāng)改設(shè)為坡腳鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐原坡腳鄉(xiāng)政府駐地；撤銷浪橋鄉(xiāng)，其行政區(qū)域并入八寨鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐地不變。調(diào)整后，馬關(guān)縣轄馬白、坡腳、八寨、仁和、木廠、夾寒箐、小壩子、都龍、金廠9鎮(zhèn)和南撈、大栗樹、篾廠、古林箐4鄉(xiāng)。共有4個居委會、120個行政村，2197個村民小組。全縣總面積2755平方千米，總?cè)丝?5.7萬人。

2010年第六次人口普查，馬關(guān)縣常住總?cè)丝?67507人，其中：馬白鎮(zhèn)79534人，八寨鎮(zhèn)43755人，仁和鎮(zhèn)30290人，木廠鎮(zhèn)24158人，夾寒筲鎮(zhèn)36947人，小壩子鎮(zhèn)13453人，都龍鎮(zhèn)36961人，金廠鎮(zhèn)8589人，坡腳鎮(zhèn)21953人，南撈鄉(xiāng)12939人，大栗樹鄉(xiāng)30273人，篾廠鄉(xiāng)16729人，古林箐鄉(xiāng)11926人。

2014年，八寨鎮(zhèn)、都龍鎮(zhèn)被列為全國重點鎮(zhèn)。