1990年2月，撤銷原蕪湖市郊區、四褐山區、裕溪口區，設立鳩江區（3月30日正式成立）。

1996年，鳩江區面積156.7平方千米，人口約14.3萬人，轄2街道2鎮1鄉：四褐山街道、裕溪口街道、灣里鎮、大橋鎮、官陡鄉。區政府駐九華山路。

1997年，撤銷官陡鄉，設立官陡鎮，鎮政府駐官陡。

2000年第五次人口普查，鳩江區常住總人口164440人，其中：四褐山街道30966人，裕溪口街道11486人，官陡鎮50409人，灣里鎮39391人，大橋鎮32188人。

2003年末，鳩江區位于蕪湖市區東北部。東與蕪湖縣交界，西和巢湖市的無為縣接壤，南鄰鏡湖、新蕪區，東北、西北分別與馬鞍山市的當涂縣、巢湖市的和縣相連。面積153平方千米，人口51003戶、158636人。轄四褐山、裕溪口2個街道和大橋、灣里、官陡3個鎮，20個社區、31個行政村。區政府位于九華北路與天門山東路交匯處。

2004年，《關于同意將蕪湖縣清水鎮劃入市區的批復》（民地字[2004]49號）：將蕪湖縣的清水鎮劃入蕪湖市鳩江區。撤銷清水鎮，分設清水、荊山、大閘、張鎮4個街道辦事處。2004年底，鳩江區轄6個街道、3個鎮。（實際沒有實施）

2005年9月13日，國務院（國函[2005]77號）批準同意調整蕪湖市部分行政區劃：將鳩江區的荊山街道以及灣里鎮的廣福、蓮塘2個居委會劃歸鏡湖區管轄。（實際調整情況是）2006年2月9日，蕪湖市政府批準：將鳩江區廣福、蓮塘2個居委會劃歸鏡湖區管轄，將蕪湖縣清水鎮（不含原荊山鎮區域）劃歸鳩江區管轄。區劃調整后的鳩江區面積由153平方千米增加到232平方千米，人口由16.43萬人增加到23.42萬人。【2006年3月，將大橋鎮（今龍山街道）劃歸蕪湖經濟技術開發區管理；同年對三鎮進行“撤鎮改街”，對部分村進行“撤村改居”】

2007年10月（一說9月），將清水街道的同和、新民、南辛、張拐、蘇子、新勝、安樂、木龍、金華、中心、勝和、代垛12個行政村劃出設立萬春街道，由蕪湖經濟技術開發區管理。

2010年上半年，原長江大橋綜合開發區部分區域劃入鳩江區。2010年末，全區轄7個街道：四褐山街道、裕溪口街道、灣里街道、官陡街道、清水街道、龍山街道、萬春街道。其中龍山、萬春2個街道由蕪湖市開發區管理。

2010年第六次人口普查，鳩江區常住總人口319820人，其中：四褐山街道29277人，裕溪口街道4570人，官陡街道79165人，灣里街道51556人，清水街道36464人，龍山街道88699人，萬春街道25540人，蕪湖經濟技術開發區4549人。

2011年7月14日，《國務院關于同意安徽省撤銷地級巢湖市及部分行政區劃調整的批復》（國函[2011]84號）：將和縣的沈巷鎮劃歸蕪湖市鳩江區管轄（8月實施）。區劃調整后，鳩江區面積470平方千米，人口32.5萬人，轄7個街道、1個鎮（四褐山街道、裕溪口街道、官陡街道、灣里街道、清水街道、龍山街道、萬春街道、沈巷鎮）和鳩江經濟開發區，共有51個居委會，18個村委會。（其中，龍山街道、萬春街道由蕪湖經濟技術開發區管理）

2013年3月，經省政府同意，省民政廳批復同意蕪湖市鳩江區與無為縣部分行政區劃調整：將無為縣的二壩鎮（2012年批復）、湯溝鎮（民地字[2013]34號）整建制劃歸蕪湖市鳩江區管轄（4月1號蕪湖市正式宣布將兩鎮劃歸鳩江區管轄）。調整后，鳩江區轄3個鎮和7個街道，面積697平方千米，人口48.2萬人。2014年，將無為縣的白茆鎮整建制劃歸蕪湖市鳩江區管轄（民地字[2014]42號）。