西漢元鼎三年(前114年)設目旬卷縣。西魏時設鳴沙縣。北宋屬西夏轄。元改鳴沙縣為鳴沙州,屬寧夏府路。明、清時屬中衛縣。
1933年析中衛縣東部置中寧縣,駐寧安堡,取中衛、安寧兩地之首字命名。原為寧夏省直轄,1945年一度屬寧夏省第二行政督察專員區(駐中寧縣)管轄,不久后該專區撤銷,中寧縣復歸省直管。
1949年9月18日,中寧縣人民政府成立,屬寧夏省。1954年寧夏省撤銷并入甘肅省,置甘肅省銀川專區,中寧縣屬銀川專區。1958年寧夏回族自治區成立,中寧縣直屬自治區。1972年設立銀南專區,中寧縣歸屬銀南專區管轄。1998年,屬地級吳忠市管轄。
2003年12月31日,國務院批準(國函[2003]139號),將吳忠市的中寧縣劃歸中衛市管轄。