“拜”為突厥語“巴依”一詞音譯變音而來，意為富庶。拜城縣境，漢時為姑墨國、龜茲國地，歸西域都護統領。唐時，這里有兩城：西一城為“阿悉言城”（今縣城一帶），即“拜”；東一城為“俱毗羅城”（今賽里木鎮一帶），即“賽里木”，均屬姑墨州，為安西都護府下的龜茲都督府所治。元明為別失八里轄地。

直至清乾隆二十五年（1760年）仍設“巴依”和“賽里木”兩城。光緒四年（1878年）兩城均設善后局。光緒八年（1882年）兩地合建拜城縣，隸屬溫宿直隸州。光緒二十八年（1902年）隸溫宿府。民國9年（1920年）為阿克蘇行政區所轄九縣之一。1929年后行政區劃均屬阿克蘇地區。

1996年，拜城縣轄2個鎮、11個鄉：拜城鎮、鐵熱克鎮、黑英山鄉、克孜爾鄉、賽里木鄉、托克遜鄉、亞吐爾鄉、康旗鄉、布隆鄉、米吉克鄉、溫巴什鄉、大橋鄉、老虎臺鄉。

2000年第五次人口普查，拜城縣常住總人口203665人，其中：拜城鎮32677人、鐵熱克鎮6493人、黑英山鄉12252人、克孜爾鄉8466人、賽里木鄉14878人、托克遜鄉15046人、亞吐爾鄉16174人、康其鄉15443人、布隆鄉11221人、米吉克鄉12648人、溫巴什鄉14935人、大橋鄉8549人、老虎臺鄉10976人、大宛其農場5961人、察爾其農場15400人、拜城縣種羊場2546人。

2003年，拜城縣總面積15916.81平方千米，總人口204773人。轄4鎮、10鄉：拜城鎮、鐵熱克鎮、察爾齊鎮、賽里木鎮；托克遜鄉、亞吐爾鄉、康其鄉、布隆鄉、米吉克鄉、溫巴什鄉、大橋鄉、老虎臺鄉、黑英山鄉、克孜爾鄉。縣政府駐拜城鎮。

2010年第六次人口普查，拜城縣常住總人口229252人，其中：拜城鎮49207人，鐵熱克鎮6479人，察爾齊鎮18485人，賽里木鎮15142人，黑英山鄉12538人，克孜爾鄉8516人，托克遜鄉14530人，亞吐爾鄉16870人，康其鄉17290人，布隆鄉9390人，米吉克鄉14756人，溫巴什鄉15613人，大橋鄉9963人，老虎臺鄉11997人，大宛其農場6515人，種羊場1961人。