清雍正年間分設(shè)都江廳和獨山州同，1913年分別改為都江縣和三合縣。1941年并三合、都江二縣置三都縣，取二縣首字命名。1957年9月28日，改三都水族自治縣。
1996年，三都水族自治縣轄7個鎮(zhèn)、14個鄉(xiāng)：三合鎮(zhèn)、大河鎮(zhèn)、普安鎮(zhèn)、都江鎮(zhèn)、中和鎮(zhèn)、周覃鎮(zhèn)、九阡鎮(zhèn)、拉攬鄉(xiāng)、豐樂鄉(xiāng)、爛土鄉(xiāng)、交梨鄉(xiāng)、壩街鄉(xiāng)、打魚鄉(xiāng)、羊福鄉(xiāng)、巫不鄉(xiāng)、水龍鄉(xiāng)、塘州鄉(xiāng)、三洞鄉(xiāng)、恒豐鄉(xiāng)、楊拱鄉(xiāng)、廷牌鄉(xiāng)。縣政府駐三合鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，三都水族自治縣總?cè)丝?97442人，其中：三合鎮(zhèn)36875人，大河鎮(zhèn)12129人，普安鎮(zhèn)18322人，都江鎮(zhèn)14995人，中和鎮(zhèn)10441人，周覃鎮(zhèn)14315人，九阡鎮(zhèn)19745人，拉攬鄉(xiāng)4406人，豐樂鄉(xiāng)20124人，爛土鄉(xiāng)17676人，交梨鄉(xiāng)18345人，壩街鄉(xiāng)9182人，打魚鄉(xiāng)10929人，羊福鄉(xiāng)6519人，巫不鄉(xiāng)4299人，水龍鄉(xiāng)13578人，塘州鄉(xiāng)16893人，三洞鄉(xiāng)16902人，廷牌鄉(xiāng)17681人，恒豐鄉(xiāng)8686人，揚拱鄉(xiāng)5400人。
2003年末，三都水族自治縣總?cè)丝?2.59萬人，其中，非農(nóng)業(yè)人口1.72萬人；少數(shù)民族人口30.47萬人，占總?cè)丝诘?3.49%。少數(shù)民族人口中，水族人口20.29萬人，占全縣總?cè)丝诘?2.23%。轄10個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，270個行政村、4個居委會。
2007年末，三都水族自治縣總面積2400平方千米，總?cè)丝?2.82萬人，其中少數(shù)民族31.81萬人，非農(nóng)業(yè)人口2.09萬人。轄10個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，270個行政村、4個居委會。
2010年第六次人口普查，三都水族自治縣常住總?cè)丝?83139人，其中：三合鎮(zhèn)39204人，大河鎮(zhèn)10401人，合江鎮(zhèn)14520人，豐樂鎮(zhèn)17972人，普安鎮(zhèn)15915人，都江鎮(zhèn)14553人，中和鎮(zhèn)10419人，周覃鎮(zhèn)13104人，廷牌鎮(zhèn)16374人，九阡鎮(zhèn)18455人，交梨鄉(xiāng)16147人，拉攬鄉(xiāng)3699人，打魚鄉(xiāng)10231人，壩街鄉(xiāng)9892人，羊福鄉(xiāng)5795人，巫不鄉(xiāng)4158人，水龍鄉(xiāng)14783人，塘州鄉(xiāng)17651人，三洞鄉(xiāng)18197人，恒豐鄉(xiāng)7172人，揚拱鄉(xiāng)4497人。2010年末，三都縣常住人口28.36萬人。
2011年末，三都水族自治縣常住人口28.14萬人，戶籍人口36.04萬人。轄10個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)：三合鎮(zhèn)、大河鎮(zhèn)、合江鎮(zhèn)、豐樂鎮(zhèn)、普安鎮(zhèn)、都江鎮(zhèn)、中和鎮(zhèn)、周覃鎮(zhèn)、廷牌鎮(zhèn)、九阡鎮(zhèn)、交梨鄉(xiāng)、拉攬鄉(xiāng)、打魚鄉(xiāng)、壩街鄉(xiāng)、羊福鄉(xiāng)、巫不鄉(xiāng)、水龍鄉(xiāng)、塘州鄉(xiāng)、三洞鄉(xiāng)、恒豐鄉(xiāng)、楊拱鄉(xiāng)。縣政府駐三合鎮(zhèn)政府路。
2014年8月7日，省政府（黔府函[2014]152號）批復同意撤銷三合鎮(zhèn)、普安鎮(zhèn)、大河鎮(zhèn)、豐樂鎮(zhèn)、合江鎮(zhèn)、都江鎮(zhèn)、周覃鎮(zhèn)、廷牌鎮(zhèn)、九阡鎮(zhèn)、中和鎮(zhèn)、交梨鄉(xiāng)、拉攬鄉(xiāng)、水龍鄉(xiāng)、打魚鄉(xiāng)、壩街鄉(xiāng)、巫不鄉(xiāng)、羊福鄉(xiāng)、塘州鄉(xiāng)、三洞鄉(xiāng)、恒豐鄉(xiāng)、揚拱鄉(xiāng)等21個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），設(shè)置新的三合街道和中和鎮(zhèn)、周覃鎮(zhèn)、普安鎮(zhèn)、大河鎮(zhèn)、都江鎮(zhèn)、九阡鎮(zhèn)。新設(shè)置的三合街道轄原三合鎮(zhèn)、拉攬鄉(xiāng)和原水龍鄉(xiāng)祥寨村、偉寨村，街道辦事處駐堯人山社區(qū)；新設(shè)置的中和鎮(zhèn)轄原中和鎮(zhèn)、塘州鄉(xiāng)及原三洞鄉(xiāng)（除群力村外）和原水龍鄉(xiāng)（除祥寨村、偉寨村外），鎮(zhèn)政府駐中和村；新設(shè)置的周覃鎮(zhèn)轄原周覃鎮(zhèn)、廷牌鎮(zhèn)、恒豐鄉(xiāng)和原三洞鄉(xiāng)群力村，鎮(zhèn)政府駐新榮村；新設(shè)置的普安鎮(zhèn)轄原普安鎮(zhèn)、交梨鄉(xiāng)，鎮(zhèn)政府駐普屯村；新設(shè)置的大河鎮(zhèn)轄原大河鎮(zhèn)、豐樂鎮(zhèn)、合江鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐懷所村；新設(shè)置的都江鎮(zhèn)轄原都江鎮(zhèn)、打魚鄉(xiāng)、壩街鄉(xiāng)、巫不鄉(xiāng)、羊福鄉(xiāng)，鎮(zhèn)政府駐上江村；新設(shè)置的九阡鎮(zhèn)轄原九阡鎮(zhèn)、揚拱鄉(xiāng)，鎮(zhèn)政府駐九阡村。調(diào)整后，全縣轄1個街道、6個鎮(zhèn)：三合街道、大河鎮(zhèn)、普安鎮(zhèn)、都江鎮(zhèn)、中和鎮(zhèn)、周覃鎮(zhèn)、九阡鎮(zhèn)。