庫車系突厥語譯音，維吾爾語地名，胡同之意。“因其地為達南疆腹地之要街，故名。”“庫車”一名自古有多種寫法，有“丘慈”、“屈茲”、“曲先”、“鳩茲”、“庫叉”等。1758年定名為庫車。一說，“庫車”系古代龜茲語，意為“龜茲人的城”。

庫車縣歷史悠久，史稱龜茲，是西域三十六國之一，是漢唐時期新疆南部城邦國政治、經濟、文化的中心。漢時西域都護府設于此。唐時安西都護府駐地，五代至宋稱龜茲回鶻，元明時期改稱亦力巴力，清乾隆二十三年（1758年）定名庫車，設庫車辦事大臣。1884年設庫車直隸撫民廳，轄現沙雅、新和縣境。1902年改設庫車直隸州，歸屬阿克蘇道，轄沙雅縣。1913年改設庫車縣，1922年隸屬新疆省第四區行政督察專員公署。1950年屬阿克蘇專區，設庫車鎮。1971年隸屬阿克蘇地區。1953年遭受百年不遇的洪災，今庫車縣城是當時按新型城市設計規劃并重建的。

1996年，庫車縣面積7.5萬平方千米，人口約35.4萬，其中維吾爾族占90.44%，漢族占8.9%，轄1個鎮、13個鄉：庫車鎮、烏恰鄉、伊西哈拉鄉、玉奇吾斯塘鄉、阿拉哈格鄉、比西巴格鄉、齊滿鄉、哈尼喀塔木鄉、墩闊坦鄉、牙哈鄉、烏尊鄉、阿克吾斯塘鄉、塔里木鄉、阿格鄉。縣政府駐庫車鎮。

2000年第五次人口普查，庫車縣常住總人口388593人，其中：庫車鎮69251人、烏恰鄉35181人、伊西哈拉鄉24260人、玉奇吾斯塘鄉25064人、阿拉哈格鄉35031人、比西巴格鄉24466人、齊滿鄉34576人、哈尼喀塔木鄉31625人、墩闊坦鄉16178人、牙哈鄉28499人、阿克吾斯塘鄉14330人、烏尊鄉25505人、阿格鄉3384人、塔里木鄉3895人、水電二處4101人、石油局塔北前指872人、二八臺農場4067人、良種繁育場2719人、庫孜翁牧場648人、草湖牧場921人、庫車種羊場2850人、勞改支隊農場1170人。

2003年，庫車縣總面積14528.74平方千米，總人口405894人。轄9鎮、6鄉：庫車鎮、烏恰鎮、伊西哈拉鎮、牙哈鎮、阿拉哈格鎮、墩闊坦鎮、齊滿鎮、烏尊鎮、雅克拉鎮、阿格鄉、阿克吾斯瑭鄉、比西巴格鄉、哈尼喀塔木鄉、塔里木鄉。縣政府駐庫車鎮。

2008年4月16日，正式撤銷庫車鎮，設立熱斯坦、薩克薩克、新城、東城4個街道。調整后，全縣轄4個街道、8個鎮、6個鄉。

2010年第六次人口普查，庫車縣常住總人口462588人，其中：熱斯坦街道13298人，薩克薩克街道18156人，新城街道44184人，東城街道27114人，烏恰鎮41557人，阿拉哈格鎮38197人，齊滿鎮35871人，墩闊坦鎮17965人，牙哈鎮31856人，烏尊鎮29243人，依西哈拉鎮32132人，雅克拉鎮1029人，玉奇吾斯塘鄉27355人，比西巴格鄉26131人，哈尼喀塔木鄉35430人，阿克吾斯塘鄉16027人，阿格鄉6960人，塔里木鄉3877人，水電二處2260人，二八臺農場4413人，良種繁胄場2678人，庫孜翁牧場1551人，草湖牧場1136人，庫車種羊場3008人，庫車監獄360人，克其力克農場800人。