五代置建昌縣，明置石阡鎮，因鎮內石阡河得名。一說石阡為仡佬族地名，石為石崖，阡意為洞，則有考于侗語“天”的漢譯音，在侗語中“天”是“千”，石阡的得名，是以縣城東的五老山和五老山第一峰——龍山崖畔的“風鬼洞”。永樂十一年（1413）置石阡府，民國二年（1913）改石阡縣。1949年11月解放，建立縣人民政府，屬銅仁專區。

1996年，石阡縣轄7個鎮、11個鄉（其中9個民族鄉）：湯山鎮、龍塘鎮、白沙鎮、本莊鎮、花橋鎮、五德鎮、中壩鎮、甘溪仡佬族侗族鄉、坪山仡佬族侗族鄉、國榮鄉、聚鳳仡佬族侗族鄉、河壩場鄉、龍井侗族仡佬族鄉、大沙壩仡佬族侗族鄉、楓香侗族仡佬族鄉、青陽苗族仡佬族侗族鄉、石固仡佬族侗族鄉、坪地場仡佬族侗族鄉。縣政府駐湯山鎮。

2000年第五次人口普查，石阡縣總人口334508人，其中：湯山鎮45472人，本莊鎮37618人，白沙鎮22909人，龍塘鎮28705人，花橋鎮15144人，五德鎮15401人，中壩鎮15003人，河壩場鄉16686人，國榮鄉13286人，聚風仡佬族侗族鄉17292人，龍井仡佬族侗族鄉22880人，大沙壩仡佬族侗族鄉15093人，楓香仡佬族侗族鄉8301人，青陽苗族仡佬族侗族鄉10823人，石固仡佬族侗族鄉12289人，坪地場仡佬族侗族鄉18092人，甘溪仡佬族侗族鄉12209人，坪山仡佬族侗族鄉7305人。

2003年末，石阡縣總人口38.4萬人，其中少數民族23.2萬人；非農業人口2.37萬人。轄7個鎮、11個鄉（其中9個民族鄉），301個村委會、5個社區居委會。

2007年末，石阡縣總面積2173平方千米，總人口39.16萬人，其中非農業人口2.92萬人。轄7個鎮、11個鄉（其中9個民族鄉），87個行政村、5個社區。

2010年第六次人口普查，石阡縣常住總人口304387人，其中：湯山鎮56972人，本莊鎮34497人，白沙鎮19354人，龍塘鎮24452人，花橋鎮12770人，五德鎮12796人，中壩鎮12010人，河壩場鄉13596人，國榮鄉10185人，聚鳳仡佬族侗族鄉15778人，龍井仡佬族侗族鄉20492人，大沙壩仡佬族侗族鄉13884人，楓香仡佬族侗族鄉6788人，青陽苗族仡佬族侗族鄉8916人，石固仡佬族侗族鄉10311人，坪地場仡佬族侗族鄉15245人，甘溪仡佬族侗族鄉9787人，坪山仡佬族侗族鄉6554人。2010年末，石阡縣常住人口30.45萬人。

2011年末，石阡縣面積2173平方千米。常住人口30.27萬人；戶籍人口410233人，其中農業人口375230人，非農業人口35003人。轄7個鎮、11個鄉（其中9個民族鄉），9個社區、302個行政村。