漢景帝四年（公元前153年）置江都縣，以“縣臨大江，為一都之會”故名。三國時廢，西晉復建。1949年江都縣與揚州市分治，縣府遷仙女廟。1994年4月26日，國務院批準撤銷江都縣，設立江都市（縣級）。2011年，撤銷江都市，設立揚州市江都區。
1995年3月，將正誼鄉的4個村劃歸江都鎮管轄。1996年，江都市面積1332平方千米，人口107萬人。轄25個鎮、15個鄉：江都鎮、宜陵鎮、磚橋鎮、張綱鎮、麾村鎮、真武鎮、小紀鎮、嘶馬鎮、雙溝鎮、邵伯鎮、吳橋鎮、大橋鎮、丁溝鎮、丁伙鎮、樊川鎮、郭村鎮、花蕩鎮、錦西鎮、高徐鎮、浦頭鎮、七里鎮、武堅鎮、楊莊鎮、宗村鎮、昭關鎮、華陽鄉、富民鄉、濱湖鄉、二姜鄉、東匯鄉、黃思鄉、高漢鄉、昌松鄉、三周鄉、塘頭鄉、吳堡鄉、謝橋鄉、中閘鄉、永安鄉、周西鄉。市政府駐江都鎮。
2000年，撤銷磚橋鎮并入江都鎮，撤銷錦西鎮并入丁伙鎮，撤銷七里鎮并入宜陵鎮，撤銷楊莊鎮、濱湖鄉并入真武鎮，撤銷宗村鎮、華陽鄉、富民鄉并入小紀鎮，撤銷東匯鄉并入樊川鎮，撤銷昌松鄉、中閘鄉并入大橋鎮，撤銷謝橋鄉并入吳橋鎮，撤銷高漢鄉并入浦頭鎮，撤銷吳堡鄉銷設立吳堡鎮，撤銷三周鄉、永安鄉設立永安鎮，撤銷黃思鄉、周西鄉設立周西鎮，撤銷二姜鄉、塘頭鄉設立塘頭鎮。調整后，江都市轄24個鎮。
2000年第五次人口普查，全市總人口1053023人，其中：江都鎮178780人，小紀鎮40832人，吳堡鎮21425人，武堅鎮19102人，周西鎮20017人，高徐鎮28026人，樊川鎮32138人，永安鎮30875人，真武鎮58145人，宜陵鎮51821人，丁溝鎮32659人，麾村鎮27464人，郭村鎮28610人，塘頭鎮54507人，邵伯鎮54263人，昭關鎮28963人，雙溝鎮33825人，丁伙鎮44952人，大橋鎮72419人，吳橋鎮48018人，浦頭鎮46999人，嘶馬鎮35461人，花蕩鎮31343人，張綱鎮32379人。
2001年9月，撤銷張綱鎮，并入江都鎮。2002年，江都市面積1330平方千米，其中建成區面積18.15平方千米；轄23個鎮：江都鎮、邵伯鎮、大橋鎮、丁伙鎮、小紀鎮、樊川鎮、嘶馬鎮、真武鎮、丁溝鎮、宜陵鎮、郭村鎮、吳橋鎮、雙溝鎮、麾村鎮、花蕩鎮、浦頭鎮、高徐鎮、昭關鎮、武堅鎮、周西鎮、永安鎮、塘頭鎮、吳堡鎮，共有52個居委會、310個村委會。
2003年底，江都市面積1330平方千米，其中建成區面積20平方千米；轄23個鎮：江都鎮、邵伯鎮、大橋鎮、丁伙鎮、小紀鎮、樊川鎮、嘶馬鎮、真武鎮、丁溝鎮、宜陵鎮、郭村鎮、吳橋鎮、雙溝鎮、麾村鎮、花蕩鎮、浦頭鎮、高徐鎮、昭關鎮、武堅鎮、周西鎮、永安鎮、塘頭鎮、吳堡鎮，共有53個居委會、303個村委會。
2004年底，江都市轄23個鎮，總人口106.46萬人：江都鎮98.80平方千米/201729人，小紀鎮71.98平方千米/43828人，吳堡鎮44.80平方千米/22466人，武堅鎮42.00平方千米/20060人，周西鎮19.80平方千米/21369人，高徐鎮61.00平方千米/29561人，樊川鎮46.20平方千米/37052人，永安鎮61.50平方千米/33620人，真武鎮54.20平方千米/56567人，宜陵鎮59.86平方千米/51154人，丁溝鎮55.00平方千米/31550人，麾村鎮47.32平方千米/28717人，郭村鎮40.15平方千米/30321人，塘頭鎮62.77平方千米/56784人，邵伯鎮55.05平方千米/44333人，昭關鎮59.60平方千米/33470人，雙溝鎮42.78平方千米/34258人，丁伙鎮80.20平方千米/46363人，大橋鎮84.41平方千米/70842人，吳橋鎮55.00平方千米/50897人，浦頭鎮42.90平方千米/45966人，嘶馬鎮38.45平方千米/35173人，花蕩鎮32.80平方千米/30879人（數據來源：江蘇省統計年鑒）。
2005年，經江蘇省政府（蘇政復[2005]29號文件）和揚州市政府（揚府復[2005]10號文件）批準，江都市進行鄉鎮行政區劃調整：（1）將雙溝鎮與江都鎮合并設立仙女鎮，鎮政府駐江都市城區。行政區劃調整后，仙女鎮行政區域面積140.38平方千米，人口23.6萬人，轄19個居委會、43個村委會。（2）將花蕩鎮、嘶馬鎮與大橋鎮合并設立大橋鎮，鎮政府駐大橋。行政區劃調整后，大橋鎮行政區域面積160.16平方千米，人口13.69萬人，轄7個居委會、45個村委會。（3）將塘頭鎮與郭村鎮合并設立郭村鎮，鎮政府駐周樓。行政區劃調整后，郭村鎮行政區域面積104.6平方千米，人口8.7萬人，轄3個居委會、23個村委會。（4）將高徐鎮、吳堡鎮與小紀鎮合并設立小紀鎮，鎮政府駐小紀。行政區劃調整后，小紀鎮行政區域面積178.23平方千米，人口9.6萬人，轄4個居委會、36個村委會。（5）將周西鎮與武堅鎮合并設立武堅鎮，鎮政府駐武堅。行政區劃調整后，武堅鎮行政區域面積85.58平方千米，人口4.14萬人，轄2個居委會、15個村委會。（6）將永安鎮與樊川鎮合并設立樊川鎮，鎮政府駐樊川。行政區劃調整后，樊川鎮行政區域面積116.11平方千米，人口7.1萬人，轄3個居委會、21個村委會。（7）將麾村鎮與丁溝鎮合并設立丁溝鎮，鎮政府駐丁溝。行政區劃調整后，丁溝鎮行政區域面積99.93平方千米，人口6萬人，轄2個居委會、22個村委會。（8）將昭關鎮與邵伯鎮合并設立邵伯鎮，鎮政府駐邵伯。行政區劃調整后，邵伯鎮行政區域面積95.83平方千米，人口7.8萬人，轄4個居委會、23個村委會。
2009年末，江都市總面積1330平方千米、總人口37.59萬戶、106.59萬人。其中：仙女鎮面積141.58平方千米/136471人，小紀鎮面積177.78平方千米/92876人，武堅鎮面積61.8平方千米/41806人，樊川鎮面積117.58平方千米/68977人，真武鎮面積67.12平方千米/54276人，宜陵鎮面積59.86平方千米/50439人，丁溝鎮面積102.32平方千米/61514人，郭村鎮面積104.5平方千米/87934人，邵伯鎮面積114.65平方千米/77863人，丁伙鎮面積80.2平方千米/45600人，大橋鎮面積155.66平方千米/137071人，吳橋鎮面積55.96平方千米/49966人，浦頭鎮面積42.9平方千米/43188人（數據來源：江蘇省統計年鑒）。