果洛古稱俄洛、郭羅克。古為黨項(xiàng)羌地，唐置軌州（今果洛南部地區(qū)）、又置山居、奉、巖、遠(yuǎn)等州，后屬吐蕃轄地，宋屬吐蕃廝政權(quán)，元屬吐蕃等路宣慰司，明屬朵甘思宣慰司，明末清初屬和碩特蒙古政權(quán)，清隸成龍義道松潘漳臘營，民國十八年（1929年）歸青海省直轄，曾置果洛行政督察區(qū)、青海省第三行政督察區(qū)，至1946年撤銷既設(shè)機(jī)構(gòu)，果洛藏族諸部仍由部落頭人管理，有大小部落200余個，均由世襲的千百戶頭人分別統(tǒng)治。
1950年設(shè)果洛區(qū)，為青海省直屬區(qū)。1952年6月，西北軍政委員會組建果洛工作團(tuán)；同年8月4日，工作團(tuán)進(jìn)駐果洛吉邁。1954年1月1日果洛區(qū)改設(shè)果洛藏族自治區(qū)（相當(dāng)于專區(qū)級），自治區(qū)人民政府駐查郎寺；同年12月設(shè)甘德縣；果洛藏族自治區(qū)轄1縣。1955年果洛藏族自治區(qū)改設(shè)果洛藏族自治州，州人民委員會駐達(dá)日縣吉邁，轄甘德、久治（駐智清松多）、班瑪（駐賽來唐）、達(dá)日（駐達(dá)日）4縣（久治、班瑪、達(dá)日3縣均為1955年新設(shè)縣）。1957年由甘德縣部分地區(qū)設(shè)瑪多縣，駐黃河沿；由達(dá)日、甘德2縣部分地區(qū)合并設(shè)瑪沁縣，駐中心站（依蓋齊）；果洛藏族自治州轄6縣。
1958年果洛藏族自治州人民委員會駐甘德縣麥倉。1959年自治州人民委員會遷駐瑪沁縣；將瑪多縣劃歸海南藏族自治州；原屬海南藏族自治州的同德縣劃入果洛藏族自治州；達(dá)日縣遷駐吉邁；瑪沁縣由依蓋齊遷駐大武。1962年將同德縣劃歸海南藏族自治州，瑪多縣（駐黃河沿）由海南藏族自治州劃回果洛藏族自治州；果洛藏族自治州轄瑪沁（駐大武）、甘德（駐吾勤）、久治（駐智清松多）、班瑪（駐賽來唐）、達(dá)日（駐吉邁）、瑪多（駐黃河沿）等6縣。1974年瑪多縣由黃河沿遷駐瑪查里；果洛藏族自治州轄瑪沁（駐大武）、甘德（駐吾勤）、久治（駐智清松多）、班瑪（駐賽來唐）、達(dá)日（駐吉邁）、瑪多（駐瑪查里）等6縣。
1999年末，果洛藏族自治州總面積78444平方千米，總?cè)丝?28606人（根據(jù)青海省志），其中藏族11.2萬人。轄瑪沁、瑪多、甘德、達(dá)日、班瑪和久治6縣，51個鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），183個牧委會。
2000年第五次全國人口普查，果洛州總?cè)丝?37940人。其中：瑪沁縣35778人、班瑪縣22088人、甘德縣25494人、達(dá)日縣24354人、久治縣19336人、瑪多縣10890人。
2001年3月5日青海省人民政府青政函[2001]14號文批復(fù)：①撤銷瑪沁縣拉加、軍功2鄉(xiāng)，合并設(shè)立拉加鎮(zhèn)；撤銷當(dāng)項(xiàng)鄉(xiāng)，并入當(dāng)洛鄉(xiāng)。②撤銷瑪多縣清水、花石峽、黑海3鄉(xiāng)，合并設(shè)立花石峽鎮(zhèn)（鎮(zhèn)政府駐地設(shè)在原花石峽鄉(xiāng)）。③撤銷甘德縣東吉、柯曲2鄉(xiāng)，合并設(shè)立柯曲鎮(zhèn)。④撤銷達(dá)日縣吉邁鄉(xiāng)，設(shè)立吉邁鎮(zhèn)；德昂鄉(xiāng)政府駐地遷至查干溝口。⑤撤銷班瑪縣莫壩鄉(xiāng)，設(shè)立并命名為賽來塘鎮(zhèn)（政府駐地不變）；撤銷班前鄉(xiāng)，并入燈塔鄉(xiāng)。⑥撤銷久治縣康賽鄉(xiāng)，設(shè)立并命名為智青松多鎮(zhèn)（政府駐地不變）。
2006年8月，果洛州新增1個鎮(zhèn)，鄉(xiāng)鎮(zhèn)總數(shù)由45個（7鎮(zhèn)38鄉(xiāng)）調(diào)整為44個（8鎮(zhèn)36鄉(xiāng)）。瑪沁縣撤銷昌麻河鄉(xiāng)，并入優(yōu)云鄉(xiāng)。瑪多縣撤銷黑河鄉(xiāng)，設(shè)立瑪查里鎮(zhèn)（鎮(zhèn)政府遷駐瑪查里）。