清咸豐二年（1852年）六月，湖北省石首縣藕池江堤潰決，因頻年失修，至咸豐十年，長江洪水泛濫，夾大量泥沙從原潰口傾瀉南奔，直灌洞庭。同治末年（1874年前后），洞庭湖北部淤積若干洲渚，其中烏嘴和北洲南岸新淤一個狹長的湖洲，因地處北洲之南，當地群眾稱之為“南洲”。爾后洲渚淤積連片，形成百里沃野，泛稱“南洲”。隨著南洲的形成，各地居民紛遷麋集，圍堤開荒，世代相息。是時分屬華容、岳陽、漢壽、沅江、安鄉、常德六縣管轄。

光緒二十一年（1895年），湖南巡撫吳大澄奏本清廷獲準，劃割六縣交界之地，在境內烏嘴設置“南洲直隸廳撫民府”，光緒二十三年（1897年）遷置九都（今南洲鎮）。民國二年（1913年）十月，湖南都督府下令撤銷南洲廳，改稱南洲縣；次年六月八日又根據內務部復電轉令，將南洲縣更名為南縣。新中國建國之初，南縣劃歸常德地區。1962年12月，改屬益陽地區，1994年7月后屬益陽市。

1996年，南縣面積1075.2平方千米，人口約64.5萬人。轄7個鎮、13個鄉：南洲鎮、廠窖鎮、三仙湖鎮、華閣鎮、茅草街鎮、明山頭鎮、武圣宮鎮、八百弓鄉、三岔河鄉、下柴市鄉、中魚口鄉、烏嘴鄉、北河口鄉、沙港市鄉、牧鹿湖鄉、河口鄉、荷花嘴鄉、浪拔湖鄉、麻河口鄉、游港鄉。縣政府駐南洲鎮。【注：益陽市轄大通湖、金盆、北洲子3個農場、大通湖漁場和南灣湖軍墾農場的北半部位于縣境內】

2000年第五次人口普查，南縣總人口703823人，其中（8個鎮、12個鄉）：南洲鎮94062人，華閣鎮42013人，明山頭鎮40076人，青樹嘴鎮40728人，三仙湖鎮27300人，茅草街鎮18261人，廠窖鎮35389人，武圣宮鎮28307人，河口鄉24692人，烏嘴鄉39632人，八百弓鄉34444人，中魚口鄉28151人，浪拔湖鄉23466人，荷花嘴鄉20979人，游港鄉21393人，下柴市鄉19642人，三岔河鄉18096人，麻河口鄉25950人，北河口鄉26334人，牧鹿湖鄉23707人，大通湖農場37957人，北洲子農場14912人，金盆農場18332人。

2004年，南縣轄12個鎮、11個鄉：南洲鎮、茅草街鎮、三仙湖鎮、武圣宮鎮、明山頭鎮、廠窖鎮、華閣鎮、青樹嘴鎮、麻河口鎮、河壩鎮、金盆鎮、北洲子鎮、烏嘴鄉、河口鄉、八百弓鄉、荷花嘴鄉、中魚口鄉、游港鄉、下柴市鄉、三岔河鄉、浪拔湖鄉、牧鹿湖鄉、北河口鄉。

2005年，經省民政廳（湘民行發[2005]35號）批準，南縣將20個鄉鎮調整為12個鄉鎮（9個鎮、3個鄉）【注：不包括河壩鎮、金盆鎮、北洲子鎮】，分別為華閣鎮、明山頭鎮、烏咀鄉、青樹嘴鎮、茅草街鎮、三仙湖鎮、中魚口鄉、南洲鎮、浪拔湖鄉、麻河口鎮、武圣宮鎮和廠窖鎮。將荷花嘴鄉和南洲鎮成建制合并，設立新的南洲鎮，鎮人民政府駐新顏（原荷花嘴鄉人民政府駐地）；將河口鄉和華閣鎮成建制合并，設立新的華閣鎮，鎮人民政府駐復興港（原華閣鎮人民政府駐地）；將八百弓鄉、三岔河鄉和茅草街鎮成建制合并，設立新的茅草街鎮，鎮人民政府駐茅草街（原茅草街鎮人民政府駐地）；將下柴市鄉和三仙湖鎮成建制合并，設立新的三仙湖鎮，鎮人民政府駐陳子湖（原三仙湖鎮人民政府駐地）；將游港鄉和中魚口鄉成建制合并，設立新的中魚口鄉，鄉人民政府駐班嘴；將北河口鄉和麻河口鎮成建制合并，設立新的麻河口鎮，鎮人民政府駐麻河口（原麻河口鎮人民政府駐地）；將浪拔湖鄉和牧鹿湖鄉成建制合并，設立新的浪拔湖鄉，鄉人民政府駐浪拔湖（原浪拔湖鄉人民政府駐地）。
　　

2005年末，南縣轄12個鎮、3個鄉：明山頭鎮、青樹嘴鎮、廠窖鎮、武圣宮鎮、河壩鎮、金盆鎮、北洲子鎮、南洲鎮、華閣鎮、茅草街鎮、三仙湖鎮、麻河口鎮、烏嘴鄉、中魚口鄉、浪拔湖鄉。縣政府駐南洲鎮。

2010年，經省政府批準，撤銷浪拔湖鄉，設立浪拔湖鎮。浪拔湖鎮以原浪拔湖鄉的行政區域為該鎮的行政區域，轄2個社區、24個行政村，總面積95.95平方千米，總人口5.34萬人，鎮政府駐浪拔湖（即原浪拔湖鄉政府駐地）。

2013年，省民政廳（湘民行發[2013]11號）批復對益陽市南縣部分行政區劃調整如下：一、同意撤銷大通湖漁場及沙堡洲辦事處。二、同意將南縣河壩鎮的新秀、老河口、新山、銘新4個建制村成建制劃出，與原大通湖漁場及沙堡洲辦事處的管轄范圍合并，設立沙堡洲鎮。三、行政區劃調整后，沙堡洲鎮轄新秀、老河口、新山、銘新4個建制村，總面積104.54平方公里，總人口1.39萬人，鎮人民政府駐沙堡洲；河壩鎮轄21個建制村，總面積67.8平方公里，總人口2.06萬人，鎮人民政府駐地不變。

全縣現轄14個鎮、2個鄉：明山頭鎮、青樹嘴鎮、廠窖鎮、武圣宮鎮、河壩鎮、金盆鎮、北洲子鎮、南洲鎮、華閣鎮、茅草街鎮、三仙湖鎮、麻河口鎮、浪拔湖鎮、沙堡洲鎮、烏嘴鄉、中魚口鄉。