1996年4月22日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[1996]29號）同意調(diào)整長沙市行政區(qū)劃；行政區(qū)劃調(diào)整后，芙蓉區(qū)轄原東區(qū)的韭菜園、府后街、五里牌、瀏正街、文藝路、解放路、都正街、朝陽街、人民路9個街道辦事處，原郊區(qū)的馬王堆、東岸2個鄉(xiāng)和火星鎮(zhèn)，區(qū)人民政府駐韭菜園路62號。

1996年6月19日，長沙市人民政府《關(guān)于調(diào)整市轄區(qū)行政區(qū)劃的通知》：芙蓉區(qū)轄原東區(qū)韭菜園、府后街、五里牌、瀏正街、文藝路、解放路、都正街、朝陽街、人民路9個街道辦事處，原郊區(qū)馬王堆（不含五一、火焰、友誼、高橋4個村）、東岸2個鄉(xiāng)和火星鎮(zhèn)。區(qū)政府駐韭菜園路62號。行政區(qū)域四至范圍：東面以東岸鄉(xiāng)與長沙縣星沙鎮(zhèn)、朗梨鎮(zhèn)鄉(xiāng)界為界；南面以原東區(qū)與南區(qū)界沿人民路至花橋及瀏陽河為界，與雨花區(qū)接壤；西面以黃興路為界；北面以中山路、八一路、迎賓路、湘湖漁場、馬王堆鄉(xiāng)、東岸鄉(xiāng)與綜合農(nóng)場鄉(xiāng)（場）界為界，與開福區(qū)毗鄰。原郊區(qū)管轄的農(nóng)、林、牧、漁場，分別劃歸各區(qū)管轄：芙蓉區(qū)轄原郊區(qū)湘湖漁場、國營東屯渡農(nóng)場。

2000年第五次人口普查，芙蓉區(qū)總?cè)丝?90074人，其中：文藝路街道39449人，朝陽街街道46363人，韭菜園街道43357人，瀏正街街道13580人，解放路街道14596人，府后街街道12838人，都正街街道13629人，五里牌街道15742人，火星街道24544人，馬王堆街道47893人，東屯渡街道33393人，湘湖街道14951人，東岸鄉(xiāng)69739人。

2005年底，芙蓉區(qū)轄12個街道、1個鄉(xiāng)：文藝路街道、朝陽街街道、韭菜園街道、瀏正街街道、解放路街道、府后街街道、都正街街道、五里牌街道、火星街道、馬王堆街道、東屯渡街道、湘湖街道、東岸鄉(xiāng)。區(qū)政府駐韭菜園。

2008年，湖南省民政廳批準(zhǔn)（湘民行發(fā)[2008] 8號）：將長沙縣（上“朗”下“木”）梨鎮(zhèn)韶光社區(qū)居委會劃歸芙蓉區(qū)東岸鄉(xiāng)管轄。行政區(qū)劃調(diào)整后，芙蓉區(qū)東岸鄉(xiāng)和長沙縣（上“朗”下“木”）梨鎮(zhèn)的行政區(qū)域面積、人口、所轄社區(qū)居委會個數(shù)，相應(yīng)增加和核減0.178平方千米（267.63畝）、0.19萬人、1個社區(qū)居委會，人民政府駐地均不變。（網(wǎng)友zansa注明：韶光社區(qū)其實(shí)是以韶光電子總公司等所組成的一塊廠區(qū)和住宅區(qū)。自從2001年成立了社區(qū)居委會以來，一直由芙蓉區(qū)代管，但財(cái)稅則交給長沙縣，此次只是將原有財(cái)稅關(guān)系理順，將這個由芙蓉區(qū)代管的社區(qū)正式劃歸芙蓉區(qū)全權(quán)管轄而已）

2009年，芙蓉區(qū)轄12個街道、1個鄉(xiāng)：文藝路街道、朝陽街街道、韭菜園街道、瀏正街街道、解放路街道、府后街街道、都正街街道、五里牌街道、火星街道、馬王堆街道、東屯渡街道、湘湖街道、東岸鄉(xiāng)。區(qū)政府駐東屯渡街道。

2011年末，在保持街道總數(shù)、社區(qū)基數(shù)、村域界址不變的情況下，芙蓉區(qū)撤銷瀏正街街道、都正街街道、解放路街道、府后街街道，合并組建新的定王臺街道；將馬王堆街道析置為新馬王堆街道和荷花園街道，并對相鄰的火星街道、東屯渡街道進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整；對湘湖街道、韭菜園街道、五里牌街道現(xiàn)行區(qū)劃適當(dāng)微調(diào)；撤銷東岸鄉(xiāng)建制，成立東岸鄉(xiāng)街道辦事處，在改社街道完成后，將東岸鄉(xiāng)街道辦事處拆分為東湖街道、馬坡嶺街道和東岸街道；現(xiàn)有的文藝路街道、朝陽街道保持原區(qū)劃不變。

此次區(qū)劃調(diào)整后，芙蓉區(qū)轄13個街道：文藝路街道、朝陽街街道、韭菜園街道、定王臺街道、五里牌街道、火星街道、馬王堆街道、東屯渡街道、湘湖街道、東岸街道、馬坡嶺街道、東湖街道、荷花園街道。