肇東市名稱，設治伊始，因其地位居肇州之東，故取名“肇東”。清代，系郭爾羅斯后旗游牧地。清光緒年間出放蒙荒，墾民漸稠。1906年2月1日（清光緒三十二年正月初八日），黑龍江將軍奏準，設置肇州廳的同時，于昌五城（今昌五鎮）設肇東分防經歷。翌年委任官員，至1908年（清光緒三十四年）肇東分防經歷正式到任。中華民國成立后，1912年11月5日，裁撤肇東分防經歷，改設肇東設治局。設治員賀良楫奉命于11月30日前往“昌五”，12月4日開辦，啟用關防。1914年7月1日，奉令將設治局改設肇東縣，縣公署駐昌五城。隸屬龍江道。1929年2月，裁撤道制，由黑龍江省直轄。時為二等縣。

東北淪陷后，初隸黑龍江省，1934年12月改隸濱江省。1935年9月，將縣境西南部的第三區大部（今四站、西八里、澇洲、德昌、五里明鄉鎮一帶）劃歸郭爾羅斯后旗管轄。1937年12月3日，偽縣公署由昌五城遷至滿溝站（原名甜草崗，今肇東站），滿溝成為縣城，后稱“滿溝街”。為與縣名統一，1940年5月1日，將滿溝街改稱肇東街。1945年“九三”抗日戰爭勝利后，同年12月，劃歸哈西專區管轄。專員公署駐肇東縣城。1946年3月，劃歸吉江行政區。同年4月，將郭爾羅斯后旗的八里、四興（今四站鎮）、向陽、三星、同仁村和呼蘭縣的樂安、安居、長發、萬寶村劃歸新設置的樂安縣管轄；5月，撤銷吉江行政區，劃歸嫩江省；7月，撤銷樂安縣，并入肇東縣。

1947年2月至9月，隸屬黑嫩聯合省第四專區管轄。黑嫩聯合省分設后，肇東縣隸屬嫩江省。1949年5月，嫩、黑兩省合并為黑龍江省，隸屬黑龍江省管轄。1954年8月，松、黑兩省合并后，由黑龍江省直轄。1958年8月，劃歸哈爾濱市領導。1960年1月，將萬寶公社劃歸哈爾濱市。同年5月，將肇東縣劃歸松花江專區管轄。1965年6月，松花江專區更名為綏化專區，肇東縣隸屬綏化專區。1986年9月8日，國務院批準，撤銷肇東縣，設立肇東市（縣級），以原肇東縣的行政區域為肇東市的行政區域，隸屬綏化地區管轄。

1992年末，肇東市位于黑龍江省中西部，松嫩平原東部。東與蘭西縣、呼蘭縣和哈爾濱市為鄰，南與雙城市以松花江為界，西與肇源縣、肇州縣接壤，北與安達市毗連。全市總面積4338平方千米，建成區面積20平方千米。總人口80.4萬人，其中非農業人口18.8萬人；少數民族有滿、蒙古、回、達斡爾、朝鮮族等。轄10鎮、16鄉。市政府駐地肇東鎮。（以上摘自《黑龍江省志·地名錄》，有改動）

2000年第五次人口普查，全市總人口832657人，其中：肇東鎮174525人，尚家鎮39364人，姜家鎮27838人，里木店鎮22623人，五站鎮29943人，四站鎮26583人，澇洲鎮16619人，五里明鎮32429人，昌五鎮38047人，宋站鎮39258人，新城鄉19102人，海城鄉23007人，先進鄉17615人，太平鄉22945人，民主鄉17170人，黎明鄉24088人，東發鄉31303人，合居鄉18797人，西八里鄉24998人，德昌鄉31042人，洪河鄉26089人，躍進鄉29295人，向陽鄉27705人，安民鄉24179人，宣化鄉26355人，明久鄉21738人。