元為大龍番、小龍番、臥龍番等安撫司。明置程番府，后改定番州，清襲之。1913年改為定番縣，1941年改為惠水縣。因漣江支流惠水得名。

1996年，惠水縣轄8個鎮、17個鄉：和平鎮、蘆山鎮、王佑鎮、斷杉鎮、雅水鎮、擺金鎮、三都鎮、高鎮鎮、長田鄉、大壩鄉、毛家苑鄉、大龍鄉、甲烈鄉、崗度鄉、寧旺鄉、斗底鄉、擺榜鄉、鴨絨鄉、太陽鄉、抵麻鄉、甲戎鄉、抵季鄉、羨塘鄉、長安鄉、打引鄉。縣政府駐和平鎮。

2000年第五次人口普查，惠水縣常住總人口388896人，其中：和平鎮49535人，高鎮鎮28873人，三都鎮19190人，擺金鎮23211人，雅水鎮16693人，斷杉鎮20206人，蘆山鎮20178人，王佑鎮9198人，長田鄉9702人，擺榜鄉9805人，斗底鄉5814人，甲烈鄉9503人，崗度鄉11888人，寧旺鄉8716人，鴨絨鄉16456人，太陽鄉13519人，羨塘鄉18007人，甲戎鄉12887人，抵季鄉17211人，大龍鄉14200人，大壩鄉8997人，抵麻鄉7400人，長安鄉9097人，打引鄉9906人，毛家苑鄉18704人。

2002年11月25日，經貴州省政府批準，毛家苑鄉更名為好花紅鄉，所轄行政區域為原毛家苑鄉行政區域。調整后，惠水縣轄8個鎮、17個鄉：和平鎮、高鎮鎮、三都鎮、擺金鎮、雅水鎮、斷杉鎮、蘆山鎮、王佑鎮、長田鄉、斗底鄉、甲烈鄉、崗度鄉、寧旺鄉、鴨絨鄉、太陽鄉、羨塘鄉、甲戎鄉、抵季鄉、大龍鄉、大壩鄉、擺榜鄉、抵麻鄉、長安鄉、打引鄉、好花紅鄉。

2003年末，惠水縣總人口43.23萬人，其中非農業人口3.59萬人，少數民族24.9萬人。轄8個鎮、17個鄉，201個村委會、9個居委會。

2007年末，惠水縣總面積2470平方千米，總人口44.4萬人，其中少數民族人口26.4萬人，非農人口4.3萬余人。轄8個鎮、17個鄉，201個行政村、4個社區、5個居委會。

2010年第六次人口普查，惠水縣常住總人口342647人，其中：和平鎮63353人，高鎮鎮25975人，三都鎮17928人，擺金鎮19640人，雅水鎮12704人，斷杉鎮17122人，蘆山鎮15065人，王佑鎮6804人，長田鄉9638人，擺榜鄉7383人，斗底鄉4218人，甲烈鄉6897人，崗度鄉9241人，寧旺鄉7351人，鴨絨鄉14335人，太陽鄉10770人，羨塘鄉15369人，甲戎鄉10283人，抵季鄉14081人，大龍鄉11613人，大壩鄉7381人，抵麻鄉7028人，長安鄉5602人，打引鄉6033人，好花紅鄉16833人。2010年末，惠水縣常住人口34.27萬人。

2011年末，惠水縣面積2470平方千米，常住人口34.04萬人，戶籍人口452767人，其中少數民族278195人，非農業人口46399人。轄8個鎮、17個鄉，9個居委會、201個行政村（其中5個民族村）。

2014年2月14日，省政府（黔府函[2014]30號）批復同意惠水縣部分鄉鎮行政區劃調整：新設置的好花紅鎮轄原三都鎮、好花紅鄉、甲戎鄉，鎮政府駐三都村；新設置的斷杉鎮轄原斷杉鎮、抵季鄉，鎮政府駐八大村；新設置的羨塘鎮轄原羨塘鄉及原太陽鄉的五星村、和平村、陰橋村、崗金村，鎮政府駐紅旗村；新設置的擺金鎮轄原擺金鎮、鴨絨鄉、斗底鄉、擺榜鄉，鎮政府駐擺金村；新設置的雅水鎮轄原雅水鎮、抵麻鄉及原太陽鄉的擺王村、擺俄村、播哨村、西牛村、蓬路村、洛平村，鎮政府駐雅水村；新設置的王佑鎮轄原王佑鎮、長安鄉、打引鄉，鎮政府駐王佑村；新設置的崗度鎮轄原崗度鄉、寧旺鄉，鎮政府駐崗度村；新設置的漣江街道轄原和平鎮、大龍鄉，街道辦事處駐西山社區；新設置的濛江街道轄原高鎮鎮、長田鄉、大壩鄉、甲烈鄉，街道辦事處駐高鎮村。調整后，全縣轄2個街道、8個鎮：漣江街道、濛江街道、擺金鎮、雅水鎮、斷杉鎮、蘆山鎮、王佑鎮、好花紅鎮、崗度鎮、羨塘鎮。縣政府駐漣江街道。