唐開元二十八年（740年），析休寧縣之回玉鄉(xiāng)和樂平縣之懷金鄉(xiāng)置婺源縣，以地當婺水源頭而名，隸江南西道歙州管轄，縣治清華。天復元年（901年）縣治遷弦高（即今縣城）。宋宣和三年（1121年），歙州改為徽州，婺源隸徽州管轄。元元貞元年（1295年）升為婺源州，屬徽州路。明屬徽州府，洪武二年（1369年）降州為縣。清仍明制。
　　1934年從安徽省劃入江西省，隸第五行政區(qū)。1947年劃回安徽省，隸第十行政區(qū)。1949年5月1日婺源解放，復劃歸江西省，隸樂平專區(qū)。1950年改屬浮梁專區(qū)。1952年起隸屬上饒專區(qū)（上饒地區(qū)）。現(xiàn)屬上饒市。

　　1984年，設置清華鎮(zhèn)建制（贛府廳字[1984]357號）。1985年4月18日，設立珍珠山、武口、曉林、鳳洲鄉(xiāng)（贛府廳字[1985]230號）。
　　1993年，撤銷秋口鄉(xiāng)、江灣鄉(xiāng)、賦春鄉(xiāng)、中云鄉(xiāng)，設立秋口鎮(zhèn)、江灣鎮(zhèn)、賦春鎮(zhèn)、中云鎮(zhèn)（贛民字[1993]34號批復）。
　　1994年11月25日，撤銷許村鄉(xiāng)、鎮(zhèn)頭鄉(xiāng)、大畈鄉(xiāng)、思口鄉(xiāng)，設立許村鎮(zhèn)、鎮(zhèn)頭鎮(zhèn)、大畈鎮(zhèn)、思口鎮(zhèn)（贛民字[1994]238號批復）。
　　1997年8月18日，撤銷太白鄉(xiāng)，設立太白鎮(zhèn)（贛民字[1997]175號批復）。至此，全縣面積2947.4平方千米，人口32.5萬。轄11個鎮(zhèn)、16個鄉(xiāng)：紫陽鎮(zhèn)、清華鎮(zhèn)、大畈鎮(zhèn)、江灣鎮(zhèn)、思口鎮(zhèn)、秋口鎮(zhèn)、賦春鎮(zhèn)、鎮(zhèn)頭鎮(zhèn)、中云鎮(zhèn)、許村鎮(zhèn)、太白鎮(zhèn)、沱川鄉(xiāng)、段莘鄉(xiāng)、古坦鄉(xiāng)、浙源鄉(xiāng)、溪頭鄉(xiāng)、鄣頭鄉(xiāng)、甲路鄉(xiāng)、曉鳙鄉(xiāng)、武口鄉(xiāng)、瀲溪鄉(xiāng)、龍山鄉(xiāng)、高砂鄉(xiāng)、珍珠山鄉(xiāng)、曉林鄉(xiāng)、梅林鄉(xiāng)、鳳洲鄉(xiāng)。
　　1999年5月31日，撤銷武口鄉(xiāng)，并將梅林鄉(xiāng)的上梅洲行政村、瀲溪鄉(xiāng)的東嶺塢行政村劃歸紫陽鎮(zhèn)（贛民字[1999]125號批復）。至此，全縣轄11個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)。
　　2000年根據(jù)第五次人口普查，全縣總人口318658人，其中：紫陽鎮(zhèn)40771人，清華鎮(zhèn)16446人，秋口鎮(zhèn)20600人，江灣鎮(zhèn)15430人，大畈鎮(zhèn)6088人，思口鎮(zhèn)12319人，中云鎮(zhèn)11212人，賦春鎮(zhèn)21162人，鎮(zhèn)頭鎮(zhèn)11233人，許村鎮(zhèn)13075人，太白鎮(zhèn)14923人，瀲溪鄉(xiāng)6364人，曉容鄉(xiāng)7131人，溪頭鄉(xiāng)11805人，段莘鄉(xiāng)15200人，梅林鄉(xiāng)9810人，高砂鄉(xiāng)13750人，龍山鄉(xiāng)8817人，甲路鄉(xiāng)7202人，浙源鄉(xiāng)12335人，沱川鄉(xiāng)6216人，鄣山鄉(xiāng)8229人，古坦鄉(xiāng)9246人，珍珠山鄉(xiāng)10761人，曉林鄉(xiāng)3349人，風洲鄉(xiāng)5184人。
　　2001年12月3日，撤銷瀲溪鄉(xiāng)，西坑行政村劃歸紫陽鎮(zhèn)；楊溪、善坑行政村劃歸梅林鄉(xiāng)；撤銷曉林鄉(xiāng)，劃歸中云鎮(zhèn)；撤銷曉鳙鄉(xiāng)，劃歸江灣鎮(zhèn)（贛民字[2001]570號批復）。
　　2002年底，婺源縣面積2947.51平方千米，總人口33.5萬人。轄11個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)，10個居委會、173個行政村。縣政府駐紫陽鎮(zhèn)。
　　2003年8月19日，鄣山鄉(xiāng)更名為大鄣山鄉(xiāng)（贛民字[2003]190號批復）。2003年9月28日，撤銷高砂鄉(xiāng)，成建制劃歸紫陽鎮(zhèn)管轄（贛民字[2003]252號批復）。2003年10月21日，撤銷梅林鄉(xiāng)，成建制劃歸紫陽鎮(zhèn)管轄；撤銷大畈鎮(zhèn)，成建制劃歸江灣鎮(zhèn)管轄（贛民字[2003]273號批復）。2003年底，全縣總人口33.5萬人，轄10鎮(zhèn)10鄉(xiāng)。
　　2005年3月17日，江西省民政廳《關于同意婺源縣撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)的批復》（贛民字[2005]26號）：同意撤銷婺源縣龍山鄉(xiāng)，成建制劃歸中云鎮(zhèn)管轄；撤銷鳳洲鄉(xiāng)，成建制劃歸許村鎮(zhèn)管轄（贛民字[2005]26號批復）。
　　2006年1月20日，撤銷甲路鄉(xiāng)，成建制劃歸賦春鎮(zhèn)管轄；撤銷古坦鄉(xiāng)，成建制劃歸大鄣山鄉(xiāng)管轄（贛民字[2006]5號批復）。
　　2008年設立蚺城街道，由紫陽鎮(zhèn)劃出花園域、涵春、文博、儒學前、蚺城、文公、天佑7個社區(qū)，香田、東嶺塢、上梅洲、城關4個行政村組成。