荷蘭人占領(lǐng)臺(tái)南，于大員港建立奧倫治城，后更名為“熱蘭遮城”（今安平古堡）。并建“普羅民遮城”（今赤崁樓）。
　　1661年，明朝將領(lǐng)鄭成功收復(fù)臺(tái)灣，將臺(tái)南赤崁地區(qū)改為“東都明京”，并設(shè)立一府二縣；府名為“承天府”（即今赤崁城）。鄭成功死后，其子鄭經(jīng)繼位，把東都明京改為“東寧”。
　　清代，清政府在臺(tái)南設(shè)臺(tái)灣府，為全臺(tái)首府。
　　1895年日軍進(jìn)駐臺(tái)南市區(qū)，開(kāi)始其殖民統(tǒng)治。并設(shè)置臺(tái)南縣，后改為臺(tái)南廳。1920年臺(tái)南廳與嘉義廳改制為臺(tái)南州，臺(tái)南州廳設(shè)立于州轄市臺(tái)南市。
　　1945臺(tái)灣光復(fù)。國(guó)民政府改臺(tái)南州為臺(tái)南縣，州轄臺(tái)南市改制為省轄市，而脫離臺(tái)南縣轄區(qū)，1946年并入臺(tái)南縣安順鄉(xiāng)（改名為安南區(qū)）。

　　1945年10月臺(tái)灣正式歸還。國(guó)民黨政府接管臺(tái)灣，考慮到地方自治的需要，乃將日本統(tǒng)治時(shí)期的五州三廳，改為八縣，并將日本統(tǒng)治時(shí)期的11市改為9省轄市、2縣轄市。其中：臺(tái)南市管轄區(qū)域：東為、東區(qū)虎尾寮，位于東經(jīng)120°14′17″；西為安平區(qū)上鯤（左魚右身），位于東經(jīng)120°7′45″；南為南區(qū)灣里，位于北緯22°54′43″；北為北區(qū)鄭子寮，位于北緯23°1′15″。本市四周東與臺(tái)南縣的永康、安定二鄉(xiāng)為鄰，西臨臺(tái)灣海峽，南接臺(tái)南縣的仁德鄉(xiāng)及高雄縣的茄萣鄉(xiāng)，北以曾文溪與臺(tái)南縣的七股、西港二鄉(xiāng)為界。面積滿潮時(shí)為175.6456平方千米，人口152798人。管轄東、西、南、北、中及安平等6區(qū)。市政府于1945年12月14日正式成立，市政府設(shè)于臺(tái)南市南區(qū)。

　　1950年臺(tái)灣省調(diào)整各縣市行政區(qū)域，其中臺(tái)南市行政區(qū)域照舊。臺(tái)南市管轄東區(qū)、西區(qū)、南區(qū)、北區(qū)、中區(qū)、安平、安南等7區(qū)。人口201691人，面積175.6456平方千米。管轄區(qū)域：東為東區(qū)后甲里，位于東經(jīng)120°14′10″；西為安平區(qū)城西里，位于東經(jīng)120°3′0″；南為南區(qū)灣里，位于北緯22°55′0″；北為安南區(qū)曾文溪南岸，位于北緯23°5′12″。中心位置為位于東經(jīng)120°11′54″，北緯22°59′26″。本市四至：東鄰臺(tái)南縣的仁德、永康、新市三鄉(xiāng)，西臨臺(tái)灣海峽，南隔二層溪與高雄縣茄萣鄉(xiāng)接壤，北至曾文溪與臺(tái)南縣安定、西港、七股等鄉(xiāng)為鄰。市政府設(shè)于南區(qū)。

　　1952年，東區(qū)的五妃、竹溪二里和公明里的一部分劃歸南區(qū)；中區(qū)的萬(wàn)壽里及東區(qū)的大廟、圍上二里各一部分，設(shè)立公正里，歸北區(qū)；中區(qū)的廣慈里劃歸北區(qū)。1979年，南區(qū)的漁光里劃歸安平區(qū)。
　　2003年1月1日，臺(tái)南市中區(qū)與西區(qū)合并為中西區(qū)。