阿合奇縣位于新疆維吾爾自治區(qū)西部，地處帕米爾北部、天山南麓、托什干河上游。東鄰烏什縣，東南、南部和西南分別與柯坪、巴楚、阿圖什縣接壤，西部和北部與吉爾吉斯斯坦共和國(guó)交界。總面積11545.38平方千米，總?cè)丝?萬人（2012年）。有柯爾克孜、維吾爾、漢、回、哈薩克、壯等民族。全縣轄1個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)：阿合奇鎮(zhèn)、庫蘭薩日克鄉(xiāng)、色帕巴依鄉(xiāng)、蘇木塔什鄉(xiāng)、哈拉奇鄉(xiāng)、哈拉布拉克鄉(xiāng)。縣境內(nèi)有：國(guó)營(yíng)馬場(chǎng)、食品牧場(chǎng)、良種場(chǎng)。縣政府駐阿合奇鎮(zhèn)，距烏魯木齊公路里程1180千米。
地勢(shì)西北高東南低，自西向東傾斜，海拔1730～5958米。天山南脈橫貫全境，北部為闊克夏勒嶺，南部為喀拉鐵克山，托什干河自西向東貫穿全境，形成兩山夾一谷的特殊地貌。主要河流是托什干河及上游支流。屬中溫帶大陸性氣候。春季多風(fēng)，夏季短而不炎熱，秋季涼爽，冬季酷寒積雪少，且不穩(wěn)定。年均氣溫6.2℃，年均降水185毫米。
特產(chǎn)有白皮大蒜、野生沙棘、安息茴香等。主干公路東經(jīng)烏什接314國(guó)道通阿克蘇，向西有簡(jiǎn)易公路可通阿圖什。名勝古跡有吾曲古城遺址、巴勒根迪古炮臺(tái)、別迭里烽燧、斯?fàn)柟寺樵鞝柛晒疟ぁ焯m薩日克協(xié)依提（古墓葬群）、玉其開、吐魯庫雙人墓，還有吉魯蘇溫泉、阿合奇沙棘林自然風(fēng)景區(qū)等。是中國(guó)三大史詩《瑪納斯》的發(fā)源地之一。